CXXC1 - CXXC1

CXXC1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	3QMB, 3QMC, 3QMD, 3QMG, 3QMH, 3QMI
Identifikátory
Aliasy	CXXC1, 2410002I16Rik, 5830420C16Rik, CFP1, CGBP, HsT2645, PCCX1, PHF18, SPP1, ZCGPC1, hCGBP, CXXC prstový protein 1
Externí ID	OMIM: 609150 MGI: 1921572 HomoloGene: 32221 Genové karty: CXXC1
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 18 (lidský)
Konec	50,288,304 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 18 (myš)
Konec	74,221,496 bp
Exprese RNA vzor
	; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba DNA; • vazba iontů zinku; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • GO: 0001158 jádrový promotor vázání sekvenčně specifické DNA pro sekvenci proximální oblasti; • aktivita histonmethyltransferázy (specifická pro H3-K4); • vazba kovových iontů; • nemetylovaná vazba CpG; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Aktivita transkripčního faktoru vázajícího DNA, specifická pro RNA polymerázu II;
Buněčná složka	• jaderná matice; • jaderná skvrna; • buněčné jádro; • nukleoplazma; • komplex histon-methyltransferáza; • cytosol; • Komplex Set1C / COMPASS;
Biologický proces	• pozitivní regulace transkripce, chráněná DNA; • Rozvinutá proteinová reakce zprostředkovaná IRE1; • methylace histonu H3-K4; • regulace transkripce, DNA-šablony; • transkripce, chráněná DNA; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	30827
	74322
	ENSG00000154832
	ENSMUSG00000024560
	Q9P0U4
	Q9CWW7
	NM_001101654; NM_014593
	NM_028868; NM_001378844
	NP_001095124; NP_055408
	NP_083144; NP_001365773
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

CpG-vazebný protein (CGBP) také známý jako Protein se zinkovým prstem typu CXXC 1 (CXXC1) nebo Prst PHD a protein obsahující doménu CXXC 1 (PCCX1) je a protein že u lidí je kódován CXXC1 gen.^[5]^[6]^[7]

Proteiny, které obsahují motiv CXXC ve své doméně vázající DNA, jako je CXXC1, rozpoznávají CpG sekvence a regulovat genová exprese.^[6]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000154832 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000024560 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Fujino T, Hasegawa M, Shibata S, Kishimoto T, Imai S, Takano T (červen 2000). „PCCX1, nový protein vázající DNA s prstem PHD a doménou CXXC, je regulován proteolýzou“. Biochem Biophys Res Commun. 271 (2): 305–310. doi:10.1006 / bbrc.2000.2614. PMID 10799292.
^ ^A ^b Voo KS, Carlone DL, Jacobsen BM, Flodin A, Skalnik DG (březen 2000). „Klonování savčího transkripčního aktivátoru, který váže nemetylované CpG motivy a sdílí CXXC doménu s DNA methyltransferázou, lidským trithoraxem a proteinem vazebné domény methyl-CpG 1“. Mol Cell Biol. 20 (6): 2108–2121. doi:10.1128 / MCB.20.6.2108-2121.2000. PMC 110827. PMID 10688657.
^ „Entrez Gene: CXXC1 CXXC finger 1 (doména PHD)“.

externí odkazy

Člověk CXXC1 umístění genomu a CXXC1 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.
Člověk SPP1 umístění genomu a SPP1 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.
Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: Q9P0U4 (Protein zinkového prstu typu CXXC 1) na PDBe-KB.

Další čtení

Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R a kol. (2001). „Směrem ke katalogu lidských genů a proteinů: sekvenování a analýza 500 nových kompletních proteinů kódujících lidské cDNA“. Genome Res. 11 (3): 422–435. doi:10,1101 / gr. GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A a kol. (2001). „Systematická subcelulární lokalizace nových proteinů identifikovaných sekvenováním cDNA ve velkém měřítku“. EMBO Rep. 1 (3): 287–292. doi:10.1093 / embo-reports / kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614.
Lee JH, Voo KS, Skalnik DG (2002). „Identifikace a charakterizace DNA vazebné domény proteinu vázajícího CpG“. J. Biol. Chem. 276 (48): 44669–44676. doi:10,1074 / jbc.M107179200. PMID 11572867.
Carlone DL, Skalník DG (2001). „CpG vazebný protein je zásadní pro časný embryonální vývoj“. Mol. Buňka. Biol. 21 (22): 7601–7606. doi:10.1128 / MCB.21.22.7601-7606.2001. PMC 99931. PMID 11604496.
Lee JH, Skalník DG (2003). „Protein vázající CpG je protein asociovaný s jadernou matricí a euchromatinem lokalizovaný v jaderných skvrnách obsahujících lidský trithorax. Identifikace signálů zaměřených na jadernou matrici“. J. Biol. Chem. 277 (44): 42259–42267. doi:10,1074 / jbc.M205054200. PMID 12200428.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–16903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–2127. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Barrios-Rodiles M, Brown KR, Ozdamar B a kol. (2005). "Vysoce výkonné mapování dynamické signalizační sítě v savčích buňkách". Věda. 307 (5715): 1621–1625. doi:10.1126 / science.1105776. PMID 15761153. S2CID 39457788.
Lee JH, Skalník DG (2006). „Protein vázající CpG (prstový protein CXXC 1) je složkou savčího Set1 histonového H3-Lys4 methyltransferázového komplexu, analogu kvasinkového komplexu Set1 / COMPASS“. J. Biol. Chem. 280 (50): 41725–41731. doi:10,1074 / jbc.M508312200. PMID 16253997.
Lim J, Hao T, Shaw C a kol. (2006). „Síť interakce protein-protein pro lidské zděděné ataxie a poruchy degenerace Purkyňových buněk“. Buňka. 125 (4): 801–814. doi:10.1016 / j.cell.2006.03.032. PMID 16713569. S2CID 13709685.
Young SR, Skalnik DG (2007). „Prstový protein 1 CXXC je vyžadován pro normální proliferaci a diferenciaci myeloidní buněčné linie PLB-985“. DNA Cell Biol. 26 (2): 80–90. doi:10.1089 / dna.2006.0535. PMID 17328666.

Tento článek o gen na lidský chromozom 18 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000154832 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000024560 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid10799292-5] Fujino T, Hasegawa M, Shibata S, Kishimoto T, Imai S, Takano T (červen 2000). „PCCX1, nový protein vázající DNA s prstem PHD a doménou CXXC, je regulován proteolýzou“. Biochem Biophys Res Commun. 271 (2): 305–310. doi:10.1006 / bbrc.2000.2614. PMID 10799292.

[pmid10688657-6] A ^b Voo KS, Carlone DL, Jacobsen BM, Flodin A, Skalnik DG (březen 2000). „Klonování savčího transkripčního aktivátoru, který váže nemetylované CpG motivy a sdílí CXXC doménu s DNA methyltransferázou, lidským trithoraxem a proteinem vazebné domény methyl-CpG 1“. Mol Cell Biol. 20 (6): 2108–2121. doi:10.1128 / MCB.20.6.2108-2121.2000. PMC 110827. PMID 10688657.

[entrez-7] „Entrez Gene: CXXC1 CXXC finger 1 (doména PHD)“.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]