CPSF4 - CPSF4

CPSF4
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2D9N, 2RHK
Identifikátory
Aliasy	CPSF4, CPSF30, NAR, NEB1, NEB-1, faktor specifický pro štěpení a polyadenylaci 4
Externí ID	OMIM: 603052 MGI: 1861602 HomoloGene: 38216 Genové karty: CPSF4
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 7 (lidský)
Konec	99,457,373 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 5 (myš)
Konec	145,182,041 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba nukleové kyseliny; • vazba iontů zinku; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba kovových iontů; • aktivita endoribonukleázy; • Vazba RNA;
Buněčná složka	• komplex štěpení mRNA a komplex polyadenylační specificity; • buněčné jádro; • nukleoplazma; • intracelulární membránou vázaná organela;
Biologický proces	• Zpracování mRNA; • modifikace zpracování hostitelské mRNA virem; • GO: virový proces 0022415; • Sestřih tRNA prostřednictvím endonukleolytického štěpení a ligace; • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu; • ukončení transkripce RNA polymerázy II; • mRNA polyadenylace; • export mRNA z jádra; • Zpracování mRNA 3'-end; • Hydrolýza RNA fosfodiesterovou vazbou, endonukleolytická; • pro polyadenylaci je vyžadováno štěpení pre-mRNA;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	10898
	54188
	ENSG00000160917
	ENSMUSG00000029625
	O95639
	Q8BQZ5
	NM_001081559; NM_006693; NM_001318160; NM_001318161; NM_001318162
	NM_001291248; NM_001291249; NM_178576; NM_001374716
	NP_001075028; NP_001305089; NP_001305090; NP_001305091; NP_006684
	NP_001278177; NP_001278178; NP_848671; NP_001361645
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Podjednotka faktoru štěpnosti a polyadenylační specificity 4 je protein že u lidí je kódován CPSF4 gen.^[5]^[6]^[7]

Inhibice jaderného vývozu poly (A) obsahujících mRNA způsobené virus chřipky A. Protein NS1 vyžaduje svou efektorovou doménu. Efektorová doména NS1 funkčně interaguje s buněčnou podjednotkou 30 kDa štěpení a polyadenylace specifický faktor 4, základní součást 3 'koncového mechanismu zpracování buněčných pre-mRNA.

V buňkách infikovaných virem chřipky je protein NS1 fyzicky spojen s podjednotkou faktoru 4 specifickou pro štěpení a polyadenylaci 30 kD. Vazba proteinu NS1 na protein 30 kDa in vitro brání CPSF vazba na RNA substrát a inhibuje 3 'koncové štěpení a polyadenylaci hostitelských pre-mRNA.

Tak protein NS1 selektivně inhibuje jaderný export buněčných, nikoli virových, mRNA. Několik alternativně sestříhaných variant přepisu, které kódují různé izoformy byly pro tento gen popsány.^[7]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000160917 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000029625 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Nemeroff ME, Barabino SM, Li Y, Keller W, Krug RM (červenec 1998). „Protein NS1 viru chřipky interaguje s buněčnou podjednotkou 30 kDa CPSF a inhibuje 3'koncovou tvorbu buněčných pre-mRNA“. Mol Cell. 1 (7): 991–1000. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80099-4. PMID 9651582.
^ Barabino SM, Hubner W, Jenny A, Minvielle-Sebastia L, Keller W (srpen 1997). „30-kD podjednotka štěpení savců a faktor polyadenylační specificity a jeho kvasnicový homolog jsou proteiny zinkového prstu vázající RNA“. Genes Dev. 11 (13): 1703–16. doi:10.1101 / gad.11.13.1703. PMID 9224719.
^ ^A ^b „Entrez Gene: CPSF4 štěpení a polyadenylační specifický faktor 4, 30 kDa“.

Další čtení

Jenny A, Hauri HP, Keller W (1994). "Charakterizace faktoru specificity štěpení a polyadenylace a klonování jeho 100kD podjednotky". Mol. Buňka. Biol. 14 (12): 8183–90. doi:10.1128 / MCB.14.12.8183. PMC 359357. PMID 7969155.
Thuresson AC, Aström J, Aström A a kol. (1994). „Více forem poly (A) polymeráz v lidských buňkách“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 91 (3): 979–83. doi:10.1073 / pnas.91.3.979. PMC 521437. PMID 8302877.
Hillier LD, Lennon G, Becker M a kol. (1997). „Generování a analýza 280 000 lidských sekvenčních značek“. Genome Res. 6 (9): 807–28. doi:10,1101 / gr. 6.807. PMID 8889549.
McCracken S, Fong N, Yankulov K, et al. (1997). "C-koncová doména RNA polymerázy II spojuje zpracování mRNA s transkripcí". Příroda. 385 (6614): 357–61. doi:10.1038 / 385357a0. PMID 9002523. S2CID 4307073.
de Vries H, Rüegsegger U, Hübner W a kol. (2000). „Lidský pre-mRNA štěpný faktor II (m) obsahuje homology kvasinkových proteinů a spojuje další dva štěpné faktory“. EMBO J.. 19 (21): 5895–904. doi:10.1093 / emboj / 19.21.5895. PMC 305781. PMID 11060040.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Scherer SW, Cheung J, MacDonald JR a kol. (2003). „Lidský chromozom 7: sekvence DNA a biologie“. Věda. 300 (5620): 767–72. doi:10.1126 / science.1083423. PMC 2882961. PMID 12690205.
Kaufmann I, Martin G, Friedlein A a kol. (2005). „Human Fip1 je podjednotka CPSF, která se váže na prvky RNA bohaté na U a stimuluje poly (A) polymerázu“. EMBO J.. 23 (3): 616–26. doi:10.1038 / sj.emboj.7600070. PMC 1271804. PMID 14749727.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T a kol. (2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Oh JH, Yang JO, Hahn Y a kol. (2006). "Transkriptomová analýza lidské rakoviny žaludku". Mamm. Genom. 16 (12): 942–54. doi:10.1007 / s00335-005-0075-2. PMID 16341674. S2CID 69278.
Twu KY, Kuo RL, Marklund J, Krug RM (2007). „Geny NS viru chřipky H5N1 vybrané po roce 1998 zvyšují replikaci viru v buňkách savců“. J. Virol. 81 (15): 8112–21. doi:10.1128 / JVI.00006-07. PMC 1951328. PMID 17522219.

externí odkazy

Člověk CPSF4 umístění genomu a CPSF4 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.
Přehled všech strukturálních informací dostupných v PDB pro UniProt: O95639 (Podjednotka faktoru štěpnosti a polyadenylační specificity 4) na PDBe-KB.

Tento článek o gen na lidský chromozom 7 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000160917 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000029625 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid9651582-5] Nemeroff ME, Barabino SM, Li Y, Keller W, Krug RM (červenec 1998). „Protein NS1 viru chřipky interaguje s buněčnou podjednotkou 30 kDa CPSF a inhibuje 3'koncovou tvorbu buněčných pre-mRNA“. Mol Cell. 1 (7): 991–1000. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80099-4. PMID 9651582.

[pmid9224719-6] Barabino SM, Hubner W, Jenny A, Minvielle-Sebastia L, Keller W (srpen 1997). „30-kD podjednotka štěpení savců a faktor polyadenylační specificity a jeho kvasnicový homolog jsou proteiny zinkového prstu vázající RNA“. Genes Dev. 11 (13): 1703–16. doi:10.1101 / gad.11.13.1703. PMID 9224719.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: CPSF4 štěpení a polyadenylační specifický faktor 4, 30 kDa“.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]