C9orf135 - C9orf135
| C9orf135 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | C9orf135, otevřený čtecí rámec chromozomu 9 135 | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | MGI: 1914733 HomoloGene: 49850 Genové karty: C9orf135 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 9: 69,82 - 69,91 Mb | Chr 19: 23,56 - 23,65 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
C9orf135 je gen, který kóduje 229 aminokyselina protein. Nachází se na Chromozom 9 z Homo sapiens genom v 9q12.21.[5] Protein má a transmembránový doména z aminokyselin 124-140 a a glykosylace místo na aminokyselině 75. C9orf135 je součástí genu GRCh37 na chromozomu 9 a je obsažen v doména neznámé funkce nadčeleď 4572.[6] C9orf135 je také známý pod názvem LOC138255, což je popis umístění genu na chromozomu 9.1.[7]
Existují určité důkazy spojující gen c9orf135 s předčasným selháním vaječníků.[8] U postižených žen dochází k autozomálně recesivní mikroduplikaci, která může souviset s předčasným selháním vaječníků. A Polymorfismus jednoho nukleotidu (SNP) byl spojen gen c9orf135 Parkinsonova choroba; statisticky významná mutace byla pozorována na a Manhattan spiknutí.[9] Je zapotřebí dalšího výzkumu, aby se zjistilo, zda se c9orf135 týká Parkinsonovy choroby.[9]
mRNA
Délka mRNA c9orf135 je 906 nukleotidů.[10] 5 'a 3' nepřekládané oblasti (UTR) obsahují vlásenky.[11] 3 'UTR obsahuje 123 nukleotidů a 5' UTR obsahuje 18 nukleotidů. MRNA kóduje protein se sekundární strukturou složenou z beta-listů a alfa-šroubovic.[12]
Sekundární struktura c9orf135
Struktura 5 'smyčky UTR c9orf135 mRNA
Struktura 3 'UTR smyčky m9NA c9orf135
Protein
Vlastnosti c9orf135
Je pravděpodobné, že c9orf135 je jaderný protein, protože má vlastnosti, které se shodují spíše s vlastnostmi jaderných proteinů než se sekrečními cestami.[13][14] Kromě toho existuje signál nukleární lokalizace (PEKVKKL) z aminokyseliny 67 až 73 na c9orf135.[15] C9orf135 je rozpustný s průměrnou hydrofobicitou -0,772. Záporná hodnota hydrofobicity je způsobena jejími mírně kyselými vlastnostmi.[16]
Posttranslační úpravy
Serine fosforylace Místa byla pozorována v aminokyselinových pozicích 7, 50, 86, 98 a 194. Threoninová fosforylace probíhá na 34, 129, 155 a 201. Fosforylace tyrosinu stránky se vyskytují na 78, 160, 177 a 209. Také, a N-koncová acetylace místo je přítomno na aminokyselině 3. Mezi aminokyselinami 11 a 12 je místo štěpení signálu.[17]
Interakce s proteiny
PB2 interaguje s c9orf135, který byl nalezen z dvouhybridního kvasinkového testu. Informace poskytované o PB2 (Polymerase Basic Protein 2) je, že jde o virový protein, který se podílí na virus chřipky A.. Je primárně zapojen do Víčko krádež, při které se váže na čepičku pre-mRNA, nakonec odštěpí 10-13 nukleotidů. PB2 je také důležitý pro zahájení replikace virových genomů. Je také známo, že PB2 inhibuje interferon typu 1 inhibicí mitochondriálního antivirového signálního proteinu MAVS.[18]
Mutace
Bylo identifikováno 11 různých běžných variant genomu DNA lidského genu c9orf135. Všechny mutace v těchto variantách genomu byly shrnuty do následující tabulky.[19] Mutace, které byly přítomny na úrovních 0,01 frekvence nebo vyšších, byly začleněny do tabulky; synonymní mutace byly vyloučeny.
| Umístění | Pozice aminokyselin | Mutace | Frekvence |
|---|---|---|---|
| 5 'UTR | 57 | N / A | 0.386 |
| 5 'UTR | 93 | N / A | 0.047 |
| 5 'UTR | 138 | N / A | 0.018 |
| Exon | 169 | Missense K30T | 0.018 |
| Exon | 237 | Missense R53K | 0.047 |
| Exon | 456 | Missense E126K | 0.01 |
Genový výraz
c9orf135 je ve vysokých hladinách exprimován v pojivové tkáni a tkáni varlat.[20] Je pravděpodobné, že exprese c9orf135 je exprimována v nízkých hladinách v lidských buňkách. Bylo také zjištěno, že c9orf135 se nachází v signifikantně vyšších úrovních v pupeční šňůře dospělého člověka oproti lidské pupeční šňůře plodu.[21] Dále u žen s ovariální adenokarcinom exprese c9orf135 je mnohem vyšší v epiteliálních buňkách ve vaječnících.[22] Ženy s Syndromu polycystických vaječníků mají nižší výraz c9orf135 než lidé, kteří tento stav nemají.[23]
Fetální a dospělý pupečníkový výraz
Normální povrchové epitelie vaječníků a epiteliální buňky rakoviny vaječníků
Syndrom polycystických vaječníků oproti obézním ženám ohledně c9orf135.
Množství aminokyselin
Srovnání mezi c9orf135 z Mus musculus (House Mouse) a Pteropus alecto (Black Flying Fox) je zde popsán. Nebyly zjištěny žádné významné aminokyseliny, které by se v c9orf135 lišily od zbytku myšího těla. V Black Flying Fox však bylo chudé na valiny a bohaté na tryptofan. Jak je patrné z výsledků u lidí, liška černá sdílela pouze výsledky přebytku tryptofanu. Byly použity myši House Mouse a Black Flying Fox, protože sdílely 64% a 79% podobnost v genomu c9orf135. Analýza ukazuje, že alanin a tyrosin mohou předvídat zajímavá místa, protože obě obsahují výsledky, které se liší od ostatních průměrů lidských genů.[16]
| Zajímavá aminokyselina | Kompoziční procento | Ve srovnání s běžným množstvím bílkovin v H. sapiens |
|---|---|---|
| Alanin | 3.1% | Méně než průměr |
| Tyrosin | 5.2% | Více než průměr |
| Trytofan | 3.1% | Více než průměr |
Homologie
c9orf135 je konzervován prostřednictvím eukaryot, od savců, plazů a Annelida.
Ortology
Ortology c9orf135 byly sekvenovány v BLAST a bylo vybráno 20 ortologů. Ortology byly všechny mnohobuněčné organismy a byly omezeny na vodní živočichy, plazy, obojživelníky a teplokrevná zvířata. Protistové, bakterie, archea a houby také neměli ortology. Při sekvenování c9orf135 v BLAST však nebyly nalezeny žádné paralogy. Úplný seznam ortologů k c9orf135 najdete v tabulce. Časový strom byl program, který byl použit k nalezení evolučního větvení zobrazeného v MYA[24] Pro c9orf135 nebyly nalezeny žádné paralogy.
| Rod / druh | Běžné jméno | Divergence from Humans (MYA) | Přístupové číslo | Délka aminokyselin | Sekvenční identita | Sekvenční podobnost |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Člověk | -- | Q5VTT2 | 229 | -- | -- |
| Pongo abelii | Orangutan sumaterský | 15.8 | XP_002819904 | 206 | 86% | 87% |
| Rhinopithecus roxellana | Zlatá opice s nosem | 29.1 | XP_010361250 | 229 | 93% | 95% |
| Mus musculus | House Mouse | 90.9 | EDL41604 | 228 | 64% | 73% |
| Pteropus alecto | Black Flying Fox | 97.5 | XP_785964 | 230 | 79% | 86% |
| Equus przewalskii | Kůň Převalského | 97.5 | XP_008504806 | 183 | 77% | 86% |
| Panthera tigris altaica | Sibiřský tigr | 97.5 | XP_007077537 | 187 | 73% | 83% |
| Ovis aries | Ovce | 97.5 | XP_014948670 | 207 | 69% | 77% |
| Elephantulus edwardii | Cape Elephant Shrew | 105 | XP_006894485 | 254 | 72% | 82% |
| Pelodiscus sinensis | Čínská softshellová želva | 320.5 | XP_006137902 | 217 | 55% | 68% |
| Gekko japonicus | Gekko | 320.5 | XP_015275999 | 221 | 52% | 64% |
| Alligator mississippiensis | Americký aligátor | 320.5 | XP_014464144 | 212 | 51% | 64% |
| Ophiophagus hannah | Král kobra | 320.5 | ETE61720 | 215 | 43% | 59% |
| Salmo Salar | Atlantský losos | 429.6 | XP_013998840 | 99 | 34% | 55% |
| Esox lucius | Štika obecná | 429.6 | XP_010901691 | 154 | 30% | 47% |
| Branchiostoma floridae | Lancelet | 733 | XP_002591786 | 221 | 45% | 59% |
| Strongylocentrotus purpuratus | Mořský ježek | 747.8 | XP_785964 | 241 | 47% | 62% |
| Saccoglossus kowalevskii | Žaludový červ | 747.8 | XP_002733410 | 153 | 38% | 58% |
| Lingula anatina | Ocean Clam | 847 | XP_013398605 | 220 | 43% | 59% |
| Crassostrea gigas | Pacifická ústřice | 847 | XP_011426944 | 215 | 40% | 57% |
| Helobdella robusta | Pijavice | 847 | XP_009019861 | 256 | 29% | 44% |
Divergence c9orf135
Porovnání divergence c9orf135 s rychle se rozbíhajícími cytochrom C. a pomalu se rozbíhající fibrinogen je zobrazen v tabulce. Celkově se c9orf135 rozcházel významně rychleji než fibrinogen a mírně pomaleji než cytochrom C.
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000204711 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000033053 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ NCBI, protein, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/Q5VTT2.1
- ^ Sekvence proteinu BLAST, c9orf135, http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
- ^ Filtry výsledků. (n.d.). Získané 7. února 2016, z https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/Q5VTT2.1
- ^ Genomická analýza využívající jedno-nukleotidová pole polymorfismu s vysokým rozlišením odhaluje nové mikrodelece spojené s předčasným selháním vaječníků. McGuire, Megan M; Bowden, Wayne; Engel, Natalie J; Ahn, Hyo Won; Kovanci, Ertug et al. (2011) Fertility and sterility vol.95 (5) p. 1595-600
- ^ A b Genomické determinanty motorických a kognitivních výsledků u Parkinsonovy choroby. Chung, Sun Ju; Armasu, Sebastian M; Biernacka, Joanna M; Anderson, Kari J; Lesnick, Timothy G a kol. (2012) Parkinsonismus a související poruchy, sv. 18 (7) str. 881-6
- ^ NCBI, nukleotid, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/809279636?report=fasta
- ^ Sfold, Srna, http://sfold.wadsworth.org/cgi-bin/showcentroid.pl
- ^ I-Tasser, http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/
- ^ YLoc http://abi.inf.uni-tuebingen.de/Services/YLoc/webloc.cgi?id=86ac5008fd25bd20a065f49a970fd19c
- ^ Klasifikace SOSUI a predikce sekundární struktury membránových proteinů, http://harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/sosui/
- ^ PSORT II, PSORT II Predikce, http://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ A b SDSC Biology Workbench, SAPS, http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi#[trvalý mrtvý odkaz ]!
- ^ ExPasy, Sibinova bioinformatická analýza, http://www.expasy.org/
- ^ „Pro hledaný výraz C9orf135 byla nalezena 1 binární interakce“. Databáze molekulárních interakcí IntAct. EMBL-EBI. Citováno 2018-08-25.
- ^ NCBI SNP Geneview https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?geneId=138255&ctg=NT_008470.20&mrna=XM_011518232.1&prot=XP_011516534.1&orien=forward
- ^ EST profil, NCBI, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001308086.1
- ^ Geo profil, NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/78193260
- ^ Geo profil, normální povrchový epitel vaječníků a epiteliální buňky rakoviny vaječníků, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS3592:236519_at
- ^ Geo profil, obézní ženy se syndromem polycystických vaječníků a obézní, zdravé ženy: kosterní svalstvo, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS4133:243610_at
- ^ Hedges SB, Marin J, Suleski M, Paymer M & Kumar S (2015) Strom života odhaluje spekulace a diverzifikaci podobné hodinám. Mol Biol Evol 32: 835-845