C5orf34 - C5orf34 - Wikipedia

C5orf34 (otevřený čtecí rámec 34 chromozomu 5) je protein, který je u lidí kódován C5orf34 gen (5p12).^[1][2]

C5orf34 je konzervován u savců, ptáků a plazů, přičemž nejvzdálenějším předkem je Barmský krajta, Python bivittatus. Protein C5orf34 obsahuje dvě savčí konzervované domény: DUF 4520 a DUF 4524. Předpokládá se také, že protein má doménu polo-boxu (PBD) kináza podobná pólu 4 (plk4), který předpověděl zachování ve vzdálených ortologech z kladu Aves.^[3][4]

Gen

Lidská chromozomální poloha C5orf34 gen na krátkém rameni chromozomu 5.^[5]

C5orf34 je lokalizován na negativním řetězci DNA krátkého ramene chromozomu 6 v místě 12. Gen má délku 28 744 párů bází a rozpětí od páru bází 43 486 701 k páru bází 43 515 445. Gen produkuje jeden transkript dlouhý 2 540 bazických párů a kóduje 638 aminokyselin.^[1][2][6]

Genové sousedství

Gen PAIP1 se nachází na záporném řetězci těsně pod C5orf34 a je členem rodiny vázající polyadenylát. PAIP1 sahá od základních párů 43 526 267 do 43 557 419.^[7] CCL28 se nachází downstream na negativním řetězci a sahá od párů bází 43378052 do 43413837.^[8]

Genový výraz

Existují náznaky více zdrojů, které naznačují, že u lidí je protein C5orf34 exprimován neobyčejně ve vybraných tkáních na nízké / střední úrovni, přičemž nejhojnější exprese je v tkáních žaludku, tenkého střeva, varlat, kosterního svalstva a srdečního svalu.^[9][10] Studie o Inhibitor Rho kinázy účinek na primární buněčné linie také ukázal, že C5orf34 je exprimován v dermální fibroblasty vzorků normální lidské tkáně.^[11]

Promotér

Předpokládá se, že promotorová oblast pro C5orf34 bude mezi 43515079 a 43515773 a zabírá 695 párů bází.^[12]

Protein

C5orf34 se skládá z 638 aminokyselin, má hmotnost 72,7 kDa a izoelektrický bod 7,77 u lidí.^[1][13][14]

Funkce

Ačkoli přesná funkce C5orf34 u lidí zůstává neznámá, existuje evidentní podpora založená na struktuře, která je zapojena do buněčných funkcí souvisejících s kinázou.^[15] Kromě toho se předpokládá, že C5orf34 bude jaderný, takže má potenciální zapojení do genová regulace a proliferace buněk protože jsou to dva primární dráhy přenosu signálu zahrnovat proteiny nukleární kinázy.^[16][17]

Schematické znázornění konzervovaných domén a fosforylovaných aminokyselinových zbytků v lidském C5orf34. Projekce červeného diamantu jsou konzervované fosfoserinové stránky a projekce šedého diamantu jsou konzervované fosfotreoninové stránky.^[5]

Struktura

U lidí obsahuje C5orf34 dvě domény neznámé funkce, 4520 DUF (pfam 15016) a 4524 DUF (pfam 150125), nalezený mezi zbytky 6-153 a 444–539. Protein je serin a threonin bohatý. Distribuce náboje proteinu je rovnoměrně rozptýlena, protože v proteinu nejsou izolovány žádné shluky pozitivních nebo negativních nábojů.^[13]

Predikované sekundární struktury lidského proteinu byly hodnoceny pomocí několika bioinformatických nástrojů. Všechny programy předpovídaly, že se bude skládat ze struktury proteinu alfa helixy, prodloužená vlákna, náhodné cívky a beta zatáčky. The K dispozici je server Phyre2 predikovaná struktura lidského proteinu, která indikovala domény plk polo-boxu serin / threonin-protein kinázy plk4. Server předpovídal s 96,8% spolehlivostí 20% pokrytí (130 zbytků) proteinu. Pokrytí vykazovalo zbytky konzervované polo-boxové domény a dvou DUF domén. Protein byl převážně rozpustný s průměrnou hydrofobicitou -0,478.^[15][18][19]

Posttranslační úpravy

Existuje rozsáhlý, předpokládaný fosforylace C5orf34, přičemž 32 fosfoserinů a 7 fosfotreoninů je konzervováno v ortology lidského proteinu C5orf34. Tato analýza naznačuje C5orf34 jako a fosfoprotein a podporuje strukturální předpovědi, že jde o kinázový protein. Protein obsahuje pouze jeden jaderný exportní signál zbytek, nalezený v 481-L; nicméně bylo zjištěno, že skóre NES je nízké na 0,515. Strukturní analýza proteinu ukázala, že byl izolován v jádru s 87% pravděpodobností.^[17][20][21]

Interagující proteiny

Databáze proteinových interakcí (MÁTA, TĚTIVA, IntAct, a BioGRID ) nezjistili žádné interakce s C5orf34.

Homologie a evoluce

C5orf34 je vysoce konzervovaný u primátů a savců a středně konzervovaný u plazů. Nejvzdálenější konzervovaný ortolog je v Python bivittatusnebo barmský krajta. Níže je uveden vybraný seznam ortologů k prokázání homologie tohoto genu ve vztahu k referenční sekvenci v Homo sapiens.

Ortologický prostor

Předpovězeno bylo 151 organismů ortology C5orf34.^[2] Nejvzdálenějším ortologem je barmský krajta, který se lišil od lidí před 296 miliony let, což naznačuje C5orf34 vyvinutý u plazů a ptáků.^[3][22]

Tabulka C5orf34 ortology^[3]

Paralogický prostor

Neexistují žádné předpovídané paralogy pro C5orf34 u lidí i myší.^[3]

Chráněné regiony

Vícenásobné seřazení sekvencí indikovalo zachování aminokyselinových zbytků v celém proteinu C5orf34 v řadě ortologů, přičemž nejvíce konzervované oblasti byly v obou N-konec a C-konec kde jsou umístěny DUF. 4520 DUF (pfam 15016) bylo shledáno konzervovaným na C-konci a 4524 DUF (pfam 150125) bylo zjištěno, že je konzervován na N-konci. Také doména polo-boxu plk4 bylo zjištěno, že je zachována na C-konci v uspořádání více sekvencí v přísných i vzdálených ortologech.^[22]

Reference