C11orf54 - C11orf54

C11orf54
Dostupné struktury
PDBHledání ortologu: PDBe RCSB
Identifikátory
AliasyC11orf54, PTD012, PTOD012, otevřený čtecí rámec chromozomu 11 54
Externí IDOMIM: 615810 MGI: 1918234 HomoloGene: 8531 Genové karty: C11orf54
Umístění genu (člověk)
Chromozom 11 (lidský)
Chr.Chromozom 11 (lidský)[1]
Chromozom 11 (lidský)
Genomické umístění pro C11orf54
Genomické umístění pro C11orf54
Kapela11q21Start93,741,591 bp[1]
Konec93,764,749 bp[1]
Ortology
DruhČlověkMyš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNA)

NM_001199484
NM_001199485
NM_133732
NM_001359258

RefSeq (protein)

NP_001186413
NP_001186414
NP_598493
NP_001346187

Místo (UCSC)Chr 11: 93,74 - 93,76 MbChr 9: 15,28 - 15,31 Mb
PubMed Vyhledávání[3][4]
Wikidata
Zobrazit / upravit člověkaZobrazit / upravit myš

Otevřený čtecí rámec chromozomu 11 54 (C11orf54) je a protein že u lidí je kódován C11orf54 gen.[5] Gen "Homo sapiens", C11orf54, je také známý jako PTD012 a PTOD12. Exponáty C11orf54 hydroláza aktivita na p-nitrofenylacetát a působí na esterové vazby, ačkoli celková funkce není vědeckou komunitou stále plně pochopena. Protein je vysoce konzervovaný a nejvzdálenější homolog nalezen je v bakteriích.[6]

Gen

C11orf54 se nachází na chromozom 11 v 11q21. Běžné aliasy genu jsou PTD012 a PT0D12. Gen se skládá z 13 exonů a rozpětí 23730 bp. C11orf54 je lemován TAF1D a MED17.[6]

Genové okolí pro C11orf54

mRNA

Hydroláza proteinu ester c11orf54 existuje jako monomer a je složena z 315 aminokyselin. Pro C11orf54 existuje 6 izoforem. Viz tabulka 1.[6]

-
VariantaIsoformDélka (bp)Přístupové číslo
1ester hydroláza C11orf54 izoforma a2726NM_001286067.1
2ester hydroláza C11orf54 izoforma a2589NM_001286068.1
3ester hydroláza C11orf54 izoforma a2594NM_001286069.1
4ester hydroláza C11orf54 izoforma b2444NM_014039.3
5ester hydroláza C11orf54 izoforma c2442NM_001286070.1
6ester hydroláza C11orf54 izoforma d2417NM_001286071.1

[6]

Aminokyselinová sekvence obsahuje doména neznámé funkce 1907. V tomto přepisu se nachází motiv HxHxxxxxxxxxH, který koordinuje iont zinku zapojený do aktivity hydrolázy.[7] An LR motiv hnízda se nachází na lys262 a Arg263. Hnízdový motiv LR tvoří vodíkové vazby mezi NH skupinami a anionty; acetátový anion je koordinován s LR hnízdem.[8]

Protein

Primární sekvence

Tabulka 2 ukazuje různé charakteristiky proteinové sekvence u lidí a jiných ortologů.[9]

OrganismusMolekulová hmotnost (kiloDalton)Isoelektrický bodVysoce zkreslené aminokyselinyOpakování
Člověk35.15.9FAEFS
Myš35.05.9HŽádný
13 linkovaný sysel35.16.0F, HPAEF
Obrovská Panda35.26.5FPAEF

Sekundární struktura

Protein C11orf54 existuje jako monomer v roztoku. Protein má kulovitý tvar 20 beta vlákna a 4 alfa helixy, obsahující 9 antiparalelních beta řetězců tvořících oblast beta šroubů. Oblast P-šroubu C11orf54 má strukturální podobnost s vazebnou doménou cyklického adenosin 3 ', 5'-monofosfátu (cAMP) regulační podjednotky proteinové kinázy A. Ion zinku je navázán na motiv HxHxxxxxxxxxH nalezený v sekvenci.[7]

Subcelulární lokalizace

Předpokládá se, že C11orf54 bude lokalizován 60,9% v cytoplazmě, 21,7% v jádře, 13,0% mitochondriální a 4,3% v Golgiho aparátu.[10]

Expresní a posttranslační úpravy

Obrázek 1: Posttranskripční úpravy proteinu C11orf54

Viz obrázek jedna.[11][12] Protein je vysoce exprimován v ledvinách a mírně exprimován v nadledvinách, tlustém střevě, játrech, varlatech a štítné žláze.[13]

Homologie

Paralogy

Pro C11orf54 neexistují žádné paralogy.[5]

Ortology

Protein Ester Hydrolase C11orf54 má mnoho ortologů (viz tabulka). Je vysoce konzervovaný (60–100% identita) u savců, plazů, ptáků a ryb. Protein je mírně konzervovaný (30-59,99% identita) u bezobratlých, obojživelníků, Cnidaria, Mollusca, hub a bakterií. Není zachována v archaea.[9] Nejvzdálenějšími ortology jsou bakterie. Obrázek 2 ukazuje nezakořeněný fylogenetický strom několika ortologů C11orf54.[5]

DruhBěžné jménoTřídaPřístupové čísloProcento identityDivergence (medián MYA)
Microtus ochrogasterPrairie VolesavciXP_005346877.187.088
Chelonia mydasZelená mořská želvareptiliaXP_007069537.172.8320
Xenopus tropicalisBarmský pythonreptiliaXP_007434894.170.9320
Python bivittatusRed JunglefowlAve.NP_001264206.173.4320
Gallus gallusSpolečná kukačkaAve.XP_009564677.172.5320
Cuculus canorusJižní platyfishActinopterygiiXP_005800827.165.2432
Xiphophorus maculatusZebrafishActinopterygiiNP_997781.162.4432
Danio rerioŽaludový červEnteropneustaXP_002738479.155.6627
Saccoglossus kowalevskiiKrab podkovyMerostomataXP_013785734.156.6758
Limulus polyphemusWestern Clawed FrogObojživelníciXP_012812415.155.1353
Crassostrea gigasPacifická ústřiceBivalviaXP_011412414.150.0758
Tribolium castaneumČervený moučný broukInsectaXP_968861.149.0758
Drosophila bipectinataOvocný letInsectaXP_017103988.146.0758
Megachile rotundataVojtěška včelaInsectaXP_003702672.144.8758
Zymoseptoria brevishoubyDothideomycetyKJX93246.136.51150
Cladophialophora carrioniihoubyDothideomycetyOCT48531.135.81150
Alternaria alternatahoubyDothideomycetyXP_018384285.136.21150
Candidatus Pelagibacter ubiquebakterieBakterieWP_075504325.134.54090
Bakterie PelagibacteraceaebakterieBakterieOCW82973.134.14090

Funkce

Koordinace C11orf54 s iontem zinku přes tři histidiny a acetátový anion pravděpodobně ukáže, že funkcí proteinu je enzymatická reakce jako ester hydrolázy. Protein má vysoké číslo obratu, když reaguje str-nitrofenylacetát (0,042 s − 1) ve srovnání s 1 s − 1 rychlostí obratu zjištěnou u jiného enzymu (hovězí karboanhydráza II), který reaguje s str-nitrofenylacetát.[7]

Interagující proteiny

Název proteinuZkratka
Ubikvitin C.UBC
Kolagen, typ IV, alfa 3COL4A3
Interakce s receptory hormonů štítné žlázyTRIP13
DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) boxový polypeptid podobný 60DDX60L
Glutamin-fruktóza-6-fosfát transamináza 2GFPT2
Virusicidní aktivita superkilleru podobná 2 (S. cerevisiae)SKIV2L
OTU doména, vázání aldehydu ubikvitinu 1OTUB1

[14]

Reference

  1. ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000182919 - Ensembl, Květen 2017
  2. ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031938 - Ensembl, Květen 2017
  3. ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  4. ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
  5. ^ A b C "Entrez Gene: C11orf54 chromozom 11 otevřený čtecí rámec 54".
  6. ^ A b C d „C11orf54“. NCBI Gene. NCBI (Národní středisko pro biotechnologické informace).
  7. ^ A b C Manjasetty BA, Büssow K, Fieber-Erdmann M, Roske Y, Gobom J, Scheich C, Götz F, Niesen FH, Heinemann U (duben 2006). „Krystalová struktura Homo sapiens PTD012 odhaluje záhyb hydrolázy obsahující zinek“. Věda o bílkovinách. 15 (4): 914–20. doi:10.1110 / ps.052037006. PMC  2242484. PMID  16522806.
  8. ^ Langton MJ, Serpell CJ, Beer PD (2016). „Rozpoznávání anionů ve vodě: nedávné pokroky z nadmolekulární a makromolekulární perspektivy“. Angewandte Chemie International Edition. 55 (6): 1974–87. doi:10,1002 / anie.201506589. PMC  4755225. PMID  26612067.
  9. ^ A b Subramaniam S (1998). „The Biology Workbench - a plynulé databáze a analytické prostředí pro biologa“. Proteiny. 32 (1): 1–2. doi:10.1002 / (SICI) 1097-0134 (19980701) 32: 1 <1 :: AID-PROT1> 3.0.CO; 2-Q. PMID  9672036.
  10. ^ Briesemeister S, Rahnenführer J, Kohlbacher O (2010). „Odkud k proč - interpretovatelná predikce proteinové subcelulární lokalizace“. Bioinformatika. 26 (9): 1232–8. doi:10.1093 / bioinformatika / btq115. PMC  2859129. PMID  20299325.
  11. ^ Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (1999). "Posloupnost a struktura založená na predikci míst fosforylace eukaryotických proteinů". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID  10600390.
  12. ^ Gupta R, Brunak S (2002). „Predikce glykosylace v lidském proteomu a korelace s funkcí proteinu“. Pacifické symposium o biopočítačích. Pacifické symposium o biopočítačích: 310–22. doi:10.1142/9789812799623_0029. ISBN  978-981-02-4777-5. PMID  11928486.
  13. ^ Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A a kol. (Leden 2015). "Proteomika. Tkáňová mapa lidského proteomu". Věda. 347 (6220): 1260419. doi:10.1126 / science.1260419. PMID  25613900. S2CID  802377.
  14. ^ Franceschini A, Szklarczyk D, Frankild S, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Lin J, Minguez P, Bork P, von Mering C, Jensen LJ (2013). „STRING v9.1: interakční sítě protein-protein, se zvýšeným pokrytím a integrací“. Výzkum nukleových kyselin. 41 (Problém s databází): D808–15. doi:10.1093 / nar / gks1094. PMC  3531103. PMID  23203871.

Další čtení

externí odkazy