C11orf54 - C11orf54
Otevřený čtecí rámec chromozomu 11 54 (C11orf54) je a protein že u lidí je kódován C11orf54 gen.[5] Gen "Homo sapiens", C11orf54, je také známý jako PTD012 a PTOD12. Exponáty C11orf54 hydroláza aktivita na p-nitrofenylacetát a působí na esterové vazby, ačkoli celková funkce není vědeckou komunitou stále plně pochopena. Protein je vysoce konzervovaný a nejvzdálenější homolog nalezen je v bakteriích.[6]
Gen
C11orf54 se nachází na chromozom 11 v 11q21. Běžné aliasy genu jsou PTD012 a PT0D12. Gen se skládá z 13 exonů a rozpětí 23730 bp. C11orf54 je lemován TAF1D a MED17.[6]
mRNA
Hydroláza proteinu ester c11orf54 existuje jako monomer a je složena z 315 aminokyselin. Pro C11orf54 existuje 6 izoforem. Viz tabulka 1.[6]
| Varianta | Isoform | Délka (bp) | Přístupové číslo |
|---|---|---|---|
| 1 | ester hydroláza C11orf54 izoforma a | 2726 | NM_001286067.1 |
| 2 | ester hydroláza C11orf54 izoforma a | 2589 | NM_001286068.1 |
| 3 | ester hydroláza C11orf54 izoforma a | 2594 | NM_001286069.1 |
| 4 | ester hydroláza C11orf54 izoforma b | 2444 | NM_014039.3 |
| 5 | ester hydroláza C11orf54 izoforma c | 2442 | NM_001286070.1 |
| 6 | ester hydroláza C11orf54 izoforma d | 2417 | NM_001286071.1 |
Aminokyselinová sekvence obsahuje doména neznámé funkce 1907. V tomto přepisu se nachází motiv HxHxxxxxxxxxH, který koordinuje iont zinku zapojený do aktivity hydrolázy.[7] An LR motiv hnízda se nachází na lys262 a Arg263. Hnízdový motiv LR tvoří vodíkové vazby mezi NH skupinami a anionty; acetátový anion je koordinován s LR hnízdem.[8]
Protein
Primární sekvence
Tabulka 2 ukazuje různé charakteristiky proteinové sekvence u lidí a jiných ortologů.[9]
| Organismus | Molekulová hmotnost (kiloDalton) | Isoelektrický bod | Vysoce zkreslené aminokyseliny | Opakování |
|---|---|---|---|---|
| Člověk | 35.1 | 5.9 | F | AEFS |
| Myš | 35.0 | 5.9 | H | Žádný |
| 13 linkovaný sysel | 35.1 | 6.0 | F, H | PAEF |
| Obrovská Panda | 35.2 | 6.5 | F | PAEF |
Sekundární struktura
Protein C11orf54 existuje jako monomer v roztoku. Protein má kulovitý tvar 20 beta vlákna a 4 alfa helixy, obsahující 9 antiparalelních beta řetězců tvořících oblast beta šroubů. Oblast P-šroubu C11orf54 má strukturální podobnost s vazebnou doménou cyklického adenosin 3 ', 5'-monofosfátu (cAMP) regulační podjednotky proteinové kinázy A. Ion zinku je navázán na motiv HxHxxxxxxxxxH nalezený v sekvenci.[7]
Subcelulární lokalizace
Předpokládá se, že C11orf54 bude lokalizován 60,9% v cytoplazmě, 21,7% v jádře, 13,0% mitochondriální a 4,3% v Golgiho aparátu.[10]
Expresní a posttranslační úpravy
Viz obrázek jedna.[11][12] Protein je vysoce exprimován v ledvinách a mírně exprimován v nadledvinách, tlustém střevě, játrech, varlatech a štítné žláze.[13]
Homologie
Paralogy
Pro C11orf54 neexistují žádné paralogy.[5]
Ortology
Protein Ester Hydrolase C11orf54 má mnoho ortologů (viz tabulka). Je vysoce konzervovaný (60–100% identita) u savců, plazů, ptáků a ryb. Protein je mírně konzervovaný (30-59,99% identita) u bezobratlých, obojživelníků, Cnidaria, Mollusca, hub a bakterií. Není zachována v archaea.[9] Nejvzdálenějšími ortology jsou bakterie. Obrázek 2 ukazuje nezakořeněný fylogenetický strom několika ortologů C11orf54.[5]
| Druh | Běžné jméno | Třída | Přístupové číslo | Procento identity | Divergence (medián MYA) |
|---|---|---|---|---|---|
| Microtus ochrogaster | Prairie Vole | savci | XP_005346877.1 | 87.0 | 88 |
| Chelonia mydas | Zelená mořská želva | reptilia | XP_007069537.1 | 72.8 | 320 |
| Xenopus tropicalis | Barmský python | reptilia | XP_007434894.1 | 70.9 | 320 |
| Python bivittatus | Red Junglefowl | Ave. | NP_001264206.1 | 73.4 | 320 |
| Gallus gallus | Společná kukačka | Ave. | XP_009564677.1 | 72.5 | 320 |
| Cuculus canorus | Jižní platyfish | Actinopterygii | XP_005800827.1 | 65.2 | 432 |
| Xiphophorus maculatus | Zebrafish | Actinopterygii | NP_997781.1 | 62.4 | 432 |
| Danio rerio | Žaludový červ | Enteropneusta | XP_002738479.1 | 55.6 | 627 |
| Saccoglossus kowalevskii | Krab podkovy | Merostomata | XP_013785734.1 | 56.6 | 758 |
| Limulus polyphemus | Western Clawed Frog | Obojživelníci | XP_012812415.1 | 55.1 | 353 |
| Crassostrea gigas | Pacifická ústřice | Bivalvia | XP_011412414.1 | 50.0 | 758 |
| Tribolium castaneum | Červený moučný brouk | Insecta | XP_968861.1 | 49.0 | 758 |
| Drosophila bipectinata | Ovocný let | Insecta | XP_017103988.1 | 46.0 | 758 |
| Megachile rotundata | Vojtěška včela | Insecta | XP_003702672.1 | 44.8 | 758 |
| Zymoseptoria brevis | houby | Dothideomycety | KJX93246.1 | 36.5 | 1150 |
| Cladophialophora carrionii | houby | Dothideomycety | OCT48531.1 | 35.8 | 1150 |
| Alternaria alternata | houby | Dothideomycety | XP_018384285.1 | 36.2 | 1150 |
| Candidatus Pelagibacter ubique | bakterie | Bakterie | WP_075504325.1 | 34.5 | 4090 |
| Bakterie Pelagibacteraceae | bakterie | Bakterie | OCW82973.1 | 34.1 | 4090 |
Funkce
Koordinace C11orf54 s iontem zinku přes tři histidiny a acetátový anion pravděpodobně ukáže, že funkcí proteinu je enzymatická reakce jako ester hydrolázy. Protein má vysoké číslo obratu, když reaguje str-nitrofenylacetát (0,042 s − 1) ve srovnání s 1 s − 1 rychlostí obratu zjištěnou u jiného enzymu (hovězí karboanhydráza II), který reaguje s str-nitrofenylacetát.[7]
Interagující proteiny
| Název proteinu | Zkratka |
|---|---|
| Ubikvitin C. | UBC |
| Kolagen, typ IV, alfa 3 | COL4A3 |
| Interakce s receptory hormonů štítné žlázy | TRIP13 |
| DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) boxový polypeptid podobný 60 | DDX60L |
| Glutamin-fruktóza-6-fosfát transamináza 2 | GFPT2 |
| Virusicidní aktivita superkilleru podobná 2 (S. cerevisiae) | SKIV2L |
| OTU doména, vázání aldehydu ubikvitinu 1 | OTUB1 |
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000182919 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031938 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ A b C "Entrez Gene: C11orf54 chromozom 11 otevřený čtecí rámec 54".
- ^ A b C d „C11orf54“. NCBI Gene. NCBI (Národní středisko pro biotechnologické informace).
- ^ A b C Manjasetty BA, Büssow K, Fieber-Erdmann M, Roske Y, Gobom J, Scheich C, Götz F, Niesen FH, Heinemann U (duben 2006). „Krystalová struktura Homo sapiens PTD012 odhaluje záhyb hydrolázy obsahující zinek“. Věda o bílkovinách. 15 (4): 914–20. doi:10.1110 / ps.052037006. PMC 2242484. PMID 16522806.
- ^ Langton MJ, Serpell CJ, Beer PD (2016). „Rozpoznávání anionů ve vodě: nedávné pokroky z nadmolekulární a makromolekulární perspektivy“. Angewandte Chemie International Edition. 55 (6): 1974–87. doi:10,1002 / anie.201506589. PMC 4755225. PMID 26612067.
- ^ A b Subramaniam S (1998). „The Biology Workbench - a plynulé databáze a analytické prostředí pro biologa“. Proteiny. 32 (1): 1–2. doi:10.1002 / (SICI) 1097-0134 (19980701) 32: 1 <1 :: AID-PROT1> 3.0.CO; 2-Q. PMID 9672036.
- ^ Briesemeister S, Rahnenführer J, Kohlbacher O (2010). „Odkud k proč - interpretovatelná predikce proteinové subcelulární lokalizace“. Bioinformatika. 26 (9): 1232–8. doi:10.1093 / bioinformatika / btq115. PMC 2859129. PMID 20299325.
- ^ Blom N, Gammeltoft S, Brunak S (1999). "Posloupnost a struktura založená na predikci míst fosforylace eukaryotických proteinů". Journal of Molecular Biology. 294 (5): 1351–62. doi:10.1006 / jmbi.1999.3310. PMID 10600390.
- ^ Gupta R, Brunak S (2002). „Predikce glykosylace v lidském proteomu a korelace s funkcí proteinu“. Pacifické symposium o biopočítačích. Pacifické symposium o biopočítačích: 310–22. doi:10.1142/9789812799623_0029. ISBN 978-981-02-4777-5. PMID 11928486.
- ^ Uhlén M, Fagerberg L, Hallström BM, Lindskog C, Oksvold P, Mardinoglu A a kol. (Leden 2015). "Proteomika. Tkáňová mapa lidského proteomu". Věda. 347 (6220): 1260419. doi:10.1126 / science.1260419. PMID 25613900. S2CID 802377.
- ^ Franceschini A, Szklarczyk D, Frankild S, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Lin J, Minguez P, Bork P, von Mering C, Jensen LJ (2013). „STRING v9.1: interakční sítě protein-protein, se zvýšeným pokrytím a integrací“. Výzkum nukleových kyselin. 41 (Problém s databází): D808–15. doi:10.1093 / nar / gks1094. PMC 3531103. PMID 23203871.
Další čtení
- Maruyama K, Sugano S (leden 1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (říjen 1997). "Konstrukce a charakterizace knihovny cDNA obohacené o celou délku a 5'-end". Gen. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID 9373149.
- Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R, Gassenhuber J, Glassl S, Ansorge W, Böcher M, Blöcker H, Bauersachs S, Blum H, Lauber J, Düsterhöft A, Beyer A, Köhrer K, Strack N, Mewes HW, Ottenwälder B , Obermaier B, Tampe J, Heubner D, Wambutt R, Korn B, Klein M, Poustka A (březen 2001). „Směrem ke katalogu lidských genů a proteinů: sekvenování a analýza 500 nových kompletních proteinů kódujících lidské cDNA“. Výzkum genomu. 11 (3): 422–35. doi:10,1101 / gr. GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
- Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A, Pepperkok R, Wiemann S (září 2000). „Systematická subcelulární lokalizace nových proteinů identifikovaných sekvenováním cDNA ve velkém měřítku“. Zprávy EMBO. 1 (3): 287–92. doi:10.1093 / embo-reports / kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614.
- Wan D, Gong Y, Qin W, Zhang P, Li J, Wei L, Zhou X, Li H, Qiu X, Zhong F, He L, Yu J, Yao G, Jiang H, Qian L, Yu Y, Shu H , Chen X, Xu H, Guo M, Pan Z, Chen Y, Ge C, Yang S, Gu J (listopad 2004). „Rozsáhlý screening transfekce cDNA na geny související s vývojem a progresí rakoviny“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 101 (44): 15724–9. Bibcode:2004PNAS..10115724W. doi:10.1073 / pnas.0404089101. PMC 524842. PMID 15498874.
- Rual JF, Venkatesan K, Hao T, Hirozane-Kishikawa T, Dricot A, Li N, Berriz GF, Gibbons FD, Dreze M, Ayivi-Guedehoussou N, Klitgord N, Simon C, Boxem M, Milstein S, Rosenberg J, Goldberg DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (říjen 2005). „Směrem k mapě interakční sítě lidský protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Natur.437.1173R. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.