C11orf16 - C11orf16
| C11orf16 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasy | C11orf16chromozom 11 otevřený čtecí rámec 16 | ||||||||||||||||||||||||
| Externí ID | MGI: 1928824 HomoloGene: 49631 Genové karty: C11orf16 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortology | |||||||||||||||||||||||||
| Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (protein) | |||||||||||||||||||||||||
| Místo (UCSC) | Chr 11: 8,92 - 8,93 Mb | Chr 7: 109,71 - 109,72 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed Vyhledávání | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
16. Gene C11orf, otevřený čtecí rámec 16 chromozomu 11, je a protein u lidí, který je kódován C11orf16 gen.[5][6] Má 7 exonů a velikost 467 aminokyselin.
Gen
Umístění
Gen C11orf16 je umístěn na chromozomu 11 (p15.4), začíná na 8 920 076 bp a končí na 8 933 006 bp.
Genové sousedství
Gen ASCL3 a AKIP1 jsou sousední geny C11orf16 na chromozomu 11.
Výraz
Člověk
Gen nemá vysokou expresi v tělních tkáních. Hodnoty percentilu ve vzorku jsou vyšší u pankreatu, vaječníků a slepého střeva.
Myší mozek
Přestože gen nemá významně vysokou expresi v DNA myší mozek, je nejvíce vyjádřen ve středním mozku, izokortexu, čichových oblastech a dřeni.
Transkripční faktory
Některé transkripční faktory, které mají vyšší podobnost matrice, jsou protein zinkového prstu 219 podobný Kruppelovi, protein zinkový prst 263, ZKSCAN12 (protein zinkový prst s doménami KRAB a SCAN 12), transkripční faktor specifický pro chorion GCMa a protein vázající prvek Ras 1.[7]
mRNA
Isoform
Předpokládaná varianta X1 transkriptu C11orf16 je dlouhá 2386 bp a má přístupové číslo NCBI XM_017018013.1.[8]
Homologie
Paralogy
Ne paralogy byly nalezeny pro gen C11orf16 prostřednictvím NCBI VÝBUCH.
Ortology
| Popis | Běžné jméno | NCBI přístupové ID | Obálka dotazu | Hodnota E. | Identita | Datum odchylky (MYA) |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Člověk | NP_065694.2 | 100 % | 0 | 100% | N / A |
| Pongo abelii | Orangutan sumaterský | PNJ24628 | 84% | 0 | 95% | 15.2 |
| Aotus nancymaae | Noční opice Nancy Ma | XP_012312127.1 | 88% | 0 | 84% | 42.6 |
| Chinchilla lanigera | Činčila dlouhosrstá | XP_013367496.1 | 97% | 0 | 68% | 88 |
| Equus przewalskii | Kůň Převalského | XP_008512245.1 | 98% | 0 | 73% | 94 |
| Cervus elaphus hippelaphus | Středoevropský jelen | OWK17675.1 | 99% | 0 | 67% | 94 |
| Hipposideros armiger | Velký kulatý list netopýr | XP_019511755.1 | 99% | 0 | 65% | 94 |
| Neomonachus schauinslandi | Havajský mnich pečeť | XP_021541375.1 | 99% | 0 | 66% | 94 |
| Lipotes vexillifer | Baiji | XP_007459933.1 | 98% | 0 | 68% | 94 |
| Myotis brandtii | Brandtova pálka | XP_005874017.1 | 98% | 1e-174 | 67% | 94 |
| Chelonia mydas | Zelená mořská želva | XP_007057171.1 | 83% | 1e-57 | 37% | 320 |
| Balearica regulorum gibbericeps | Jeřáb šedý | XP_010311948.1 | 70% | 6e-5 | 40% | 320 |
Zachování
Gen C11orf16 je konzervován u mnoha živočišných druhů včetně savců, ptáků a plazů.
Protein
Molekulární váha
Předpokládaná molekulová hmotnost proteinu kódovaného C11orf16 je 51 kilo Daltonů.[9][10]
Domény a motivy
Bylo nalezeno několik proteinových domén a motivů, včetně proteinu podobného CHD5, tyrosinkinázy místo fosforylace, fosforylační místo proteinkinázy C, N-myristoylační místo, fosforylační místo kaseinkinázy II a fosforylační místo proteinkinázy závislé na cGMP.[11] Obrázek označuje umístění motivů.
Sekundární struktura
Předpokládá se, že bílkovina je tvořena 21,2% alfa šroubovice, 15,2% prodlouženého vlákna a 63% náhodná cívka.
Posttranslační úpravy
Žádné transmembránové šroubovice,[12] byla nalezena potenciální GPI-modifikační místa nebo TM-proteiny. Bylo tam sedm předpovězených sumoylačních míst,[13] několik fosforylačních citací, přičemž většina z nich je unsp,[14] a devět glykosylačních míst.[15]
Prediktor subcelulární lokalizace
Předpokládá se, že protein bude lokalizován do jádra s pravděpodobností 47,8%; mitochondrie s pravděpodobností 26,1%.[17]
Interakce proteinů
Proteiny C1orf105 (otevřený čtecí rámec chromozomu 1 105), PWWP2A Bylo zjištěno, že SMYD1 (doména SET a MYND obsahující 1) interagují s C11orf16.[18]
Klinický význam
Sdružení nemocí
Předpokládá se také, že protein kódovaný genem C11orf16 bude mít 19,61% sekvenční identitu supresor nádoru p53 - vazebný protein, který naznačuje, že tento gen může být zapojen do procesu potlačujícího nádor.[19]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000176029 - Ensembl, Květen 2017
- ^ A b C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031022 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ Uprostřed C, Bahr A, Mujica A, Sampson N, Bikar SE, Winterpacht A, Zabel B, Hankeln T, Schmidt ER (srpen 2001). „Srovnávací genomové sekvenování odhaluje nápadně podobnou architekturu konzervované syntetické oblasti na lidském chromozomu 11p15.3 (včetně genu ST5) a myším chromozomu 7“. Cytogenet Cell Genet. 93 (3–4): 284–90. doi:10.1159/000056999. PMID 11528127. S2CID 27611036.
- ^ „Entrez Gene: C11orf16 chromozom 11 otevřený čtecí rámec 16“.
- ^ "Genomatix".
- ^ „NCBI Nucleotide“.
- ^ "Expasy".
- ^ "Sigma protilátky".
- ^ "Motif Scan".
- ^ „TMHMM“.
- ^ „SUMOplot“.
- ^ „NetPhos“.
- ^ „YingOYang“.
- ^ "Protter".
- ^ „PSORTII“.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ "Tětiva".
- ^ „ŠVÝCARSKÝ MODEL“. Archivovány od originál dne 2018-05-07. Citováno 2018-05-06.
externí odkazy
- Člověk C11orf16 umístění genomu a C11orf16 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.
- C11orf16 informace o Genové karty
Další čtení
- Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y a kol. (2006). „Diverzifikace transkripční modulace: identifikace a charakterizace domnělých alternativních promotorů lidských genů ve velkém měřítku“. Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10,1101 / gr. 4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
- Rual JF, Venkatesan K, Hao T a kol. (2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
- Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). „Normalizace a odčítání: dva přístupy k usnadnění objevování genů“. Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10,1101 / gr. 6.9.791. PMID 8889548.
- Maruyama K, Sugano S (1994). „Oligo-capping: jednoduchá metoda k nahrazení struktury cap eukaryotických mRNA oligoribonukleotidy“. Gen. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.