Hromadná segregační analýza - Bulked segregant analysis

Hromadná segregační analýza (BSA) je technika používaná k identifikaci genetické markery spojené s mutantem fenotyp. To umožňuje genetikům objevit geny propůjčující rezistenci nebo náchylnost k chorobám.

Tato technika zahrnuje vytvoření dvou skupin, které vykazují protichůdné fenotypy pro zajímavou vlastnost. Například jedinci v jedné skupině jsou rezistentní na onemocnění, zatímco ve druhé skupině nejsou. Poté se vytvoří dva hromadné vzorky DNA shromážděním DNA všech jednotlivců v každé skupině.

Tyto dva hromadné vzorky lze poté analyzovat pomocí technik, jako je Polymorfismus délky restrikčních fragmentů nebo RAPD detekovat podobnosti a rozdíly v různých loci genomu. Tyto dvě skupiny budou mít náhodné rozdělení ve výši alely ve všech lokusech genomu kromě lokusů, které jsou asociovány s mutací.[1] Důsledný rozdíl na lokusu mezi dvěma hromadnými vzorky pravděpodobně znamená, že lokus je spojené s mutací zájmu.

Generování testovacích skupin

U zvířat jsou jednotlivci tvořící dvě testovací skupiny obvykle produkováni křížením mezi dvěma sourozenci heterozygotní pro mutaci zájmu. Použití sourozenců je nezbytné k zajištění toho, aby alely přispívající k mutaci byly u jednotlivců stejné.

V různých lokusech skupin musí existovat minimální množství heterozygotnosti, aby bylo možné identifikovat geny, které jsou spojeny se znakem zájmu. Protože většina laboratorních kmenů je inbredních, křížení homozygotního mutovaného jedince s polymorfním kmenem je nezbytné pro vytvoření účinných testovacích skupin. Potomci jsou navzájem kříženi, aby vytvořili testovací skupiny.[2]

Techniky analýzy

Objemové vzorky DNA lze analyzovat pomocí Southern blot. Je nutné použít restrikční enzymy nebo amplifikaci PCR na DNA RFLP nebo RAPD příslušnou analýzu. V těchto technikách jsou lokusy, které jsou analyzovány, restrikční štěpící místa a sekvence, ke kterým se primery PCR připojují. Tato místa se obvykle nacházejí v celém genomu. Jakmile jsou detekovány propojené lokusy, mohou být zmapováno a byly určeny vazebné vzdálenosti mezi nimi.[3]

Reference

  1. ^ McClean, Phillip (1992). „Specialized Mapping Topics“. Státní univerzita v Severní Dakotě. Citováno 9. listopadu 2014.
  2. ^ Henke, K; Bowen, M; Harris, M (15. srpna 2013). "Perspektivy pro identifikaci mutací v zebrafish: Využití sekvenčních technologií nové generace pro dopředné genetické přístupy". Metody. 62 (3): 185–196. doi:10.1016 / j.ymeth.2013.05.015.
  3. ^ Michelmore, R; Paran, já; Kesseli, R (1. listopadu 1991). „Identifikace markerů souvisejících s geny rezistence na nemoci hromadnou segregační analýzou: Rychlá metoda detekce markerů ve specifických genomických oblastech pomocí segregace populací“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 88 (21): 9828–9832. doi:10.1073 / pnas.88.21.9828. PMC  52814. PMID  1682921.