Aplikovaná matematika - Applied Maths

O oboru matematiky viz Aplikovaná matematika.
Aplikovaná matematika
PrůmyslBioinformatika, Biotechnologie
Založený1992 (1992)
Hlavní sídlo
Sint-Martens-Latem
,
Belgie
produktyBioNumerika, GelCompar II, server BioNumeris
webová stránkawww. aplikovaná matematika.com

Aplikovaná matematika NV je a bioinformatika společnost se sídlem v Sint-Martens-Latem, Belgie, vývoj softwaru pro biologické vědy.

Dějiny

Společnost Applied Maths byla založena v roce 1992 a získala celosvětové uznání pomocí softwaru GelCompar, který se používá jako standardní nástroj pro normalizaci a srovnávací analýzu elektroforéza vzory (PFGE, AFLP, RAPD, REP-PCR a varianty atd.).[1][2]

GelCompar II byl vydán v roce 1998 s cílem vypořádat se se stále rostoucím množstvím informací po úspěchu a rozšíření elektroforézy a dalších technik snímání otisků prstů v různých aplikačních oblastech v mikrobiologie, virologie a mykologie. Po zavedení konceptů polyfázické taxonomie [3] a rostoucí potřeba kombinovat genotypový, fenotypový, elektroforéza a informace o sekvenci, společnost Applied Maths vydala v roce 1996 softwarový balíček BioNumerika která je dodnes platformou pro správu, ukládání a (statistickou) analýzu všech typů biologických dat.[4] BioNumerics a GelCompar II používá několik sítí po celém světě, například Pulsenet a Calicinet, pro sdílení a identifikaci kmenových informací.[5][6]

V lednu 2016 společnost Applied Maths získala společnost bioMérieux.[7]

produkty

BioNumerika: BioNumerics je komerční sada 10 softwarových modulů používaných pro analýzu všech hlavních aplikací v bioinformatice: 1D elektroforetické gely, chromatografické a spektrometrický profily, fenotyp postavy, mikročipy, sekvence, atd.

GelCompar II: GelCompar II je sada 5 modulů vyvinutých pro analýzu vzorů otisků prstů, zahrnující normalizaci, import do relační databáze a srovnávací analýzu.

BNServer: BNserver je webová platforma, která se obvykle instaluje mezi centrálně udržovanou databázi a distribuované klienty pomocí BioNumerics, GelCompar II nebo webového prohlížeče pro výměnu biologických informací a výsledků analýz. BNServer se používá od devadesátých let při detekci epidemie potravin.[8]

Recepce

Více než 15 000 recenzovaných článků zmiňuje použití softwarových balíčků Applied Maths BioNumerics nebo Gelcompar II.[9]

externí odkazy

Reference

  1. ^ Dijkshoorn L., Towner K. J., Struelens M., 2001. Nové přístupy ke generování a analýze dat mikrobiální typizace. Elsevier, ISBN  0-444-50740-X, ISBN  978-0-444-50740-2.
  2. ^ Vauterin L. a P. Vauterin. 1992. Počítačem podporované objektivní srovnání vzorů elektroforézy pro seskupování a identifikaci mikroorganismů. Eur. Microbiol. 1: 37-41.
  3. ^ [1] Vandamme a kol., Polyphasic taxonomy, konsensuální přístup k bakteriální systematice. Microbiol. Mol. Biol. Rev.Červen 1996 sv. 60 č. 2 407-438.
  4. ^ Vauterin L, Vauterin P. Integrovaná databáze a analýza. In: Molekulární identifikace, systematika a populační struktura prokaryot (ed. Erko Stackebrandt). Springer, 2006. ISBN  978-3-540-23155-4
  5. ^ Hunter SB, Vauterin P, Lambert-Fair MA, Van Duyne MS, Kubota K, Graves L, Wrigley D, Barrett T, Ribot E (2005). „Vytvoření standardního kmene univerzální velikosti pro použití se standardizovanými protokoly gelové elektroforézy pulzního pole PulseNet: převod národních databází na nový standard velikosti“. J. Clin. Microbiol. 43 (3): 1045–1050. doi:10.1128 / JCM.43.3.1045-1050.2005. PMC  1081233. PMID  15750058.
  6. ^ Vega E .; Barclay L .; Gregoricus N .; Williams K .; Lee D .; Vinjé J. (2011). „Novel Surveillance Network for Norovirus Gastroenteritis Outbreaks, United States“. Emerg Infect Dis. 17 (8): 1389–95. doi:10,3201 / eid1708.101837. PMC  3381557. PMID  21801614.
  7. ^ bioMérieux získává Applied Maths a zdokonaluje své bioinformatické schopnosti špičkovými odbornými znalostmi a řešeními pro chytré využívání komplexních biologických dat
  8. ^ Swaminathan B, Gerner-Smidt P, Ng LK, Lukinmaa S, Kam KM, Rolando S, Gutiérrez EP, Binsztein N., 2006. „Budova PulseNet International: Propojený systém laboratorních sítí k usnadnění včasného rozpoznávání veřejného zdraví a reakce na ohniska nemocí přenášených potravinami a vznikající nemoci přenášené potravinami “. Patogeny a nemoci přenášené potravinami. Jaro 2006, 3 (1): 36-50. doi:10.1089 / fpd.2006.3.36
  9. ^ Vědecké články využívající softwarové produkty Applied Maths Vyvolány 20 June 2014