Akkermansia glycaniphila - Akkermansia glycaniphila - Wikipedia

Akkermansia glycaniphila
Vědecká klasifikace
Království:
Bakterie
Kmen:
Verukomikrobie
Třída:
Verrucomicrobiae
Objednat:
Verrucomicrobiales
Rodina:
Verrucomicrobiaceae
Rod:
Akkermansia
Druh:
A. glycaniphila
Binomické jméno
Akkermansia glycaniphila
Ouwerkerk et al. 2016

Akkermansia glycanphila je druh střeva mucin -degradující bakterie. Poprvé byl izolován z mřížkovaného pythonu (Malayopython reticulatus ) výkaly v roce 2016.[1]

Etymologie

Rod byl pojmenován pro Antoon DL Akkermans (1940–2006), nizozemského mikrobiologa uznávaného pro jeho příspěvek k mikrobiální ekologii, a epiteton z nové latiny a řečtiny, což znamená „milující glykany“.[2]

Biologie a biochemie

A. glycaniphila, jako, A. muciniphila je Gramnegativní, přísně anaerobní, ne-pohyblivý, ne-výtrus -formující se bakterie oválného tvaru. Typickým kmenem je PytT (= DSM100705T= CIP 110913T). A. glycaniphila je schopen použít mucin jako jediný zdroj uhlíku a dusíku. Je kultivovatelný za stejných podmínek jako A. muciniphilia, (anaerobní podmínky na médiu obsahujícím žaludeční mucin). Při pěstování na měkkém agarovém mucinovém médiu se kolonie jeví jako bílé o průměru 0,7 mm. Dlouhá osa jednotlivých buněk je 0,6–1,0 μm. Buňky jsou pokryty vlákny a vyskytují se jednotlivě, ve dvojicích, v krátkých řetězcích a v agregátech.[1]

The bakteriální genom z A. glucaniphila PytT je kódován na jediném chromozomu 3 074 121 bp. Obsah G + C je 57,6% a obsahuje 2532 kódující oblasti, všech 21 tRNA geny a tři kompletní rRNA operony. U 72% (1 811) kódujících sekvencí bylo možné předvídat funkci. Analýza genomu odhalila přítomnost mnoha mucin-degradujících enzymů, z nichž se předpokládá, že se vylučuje řada: 54 glykosidové hydrolázy, jeden glykosylhydroláza, sedm sialidázy a tři sulfatázy. PytT genom kóduje a cytochrom bd ubichinol oxidáza, označující potenciál pro aerobní dýchání.[3]

Ekologie

Tato bakterie pravděpodobně žije oxic -anoxické rozhraní vrstvy střevního mucinu.[3] To bylo prokázáno pro A. muciniphila MucT.[4]Sekvenování amplikonu genu 16 rRNA ukazuje, že rod Akkermansia byly detekovány u zvířat s širokou paletou anatomie GI traktu (přední, zadní nebo jednoduché) a ve stravě (od býložravců po všežravce a masožravce). Bylo zjištěno u savců, divokých i domestikovaných, au savců, jako jsou ptáci, ryby a plazi, jako je barmský krajta.[5] Typy mucinu a exprimované typy glykanů se mezi těmito organismy liší, ale hlen je konzistentní vlastností jejich střevních traktů /[6] Je možné, že mikroby kolonizující hlen mají roli v ochraně hostitele před střevními patogeny a přispívají k obnově mikrobioty. [7]Kompletní genom A. glycaniphilia bylo sekvenováno.[3]

Reference

  1. ^ A b Ouwerkerk, Janneke P .; Aalvink, Steven; Belzer, Clara; de Vos, Willem M. (1. listopadu 2016). "Akkermansia glycaniphila sp. nov., anaerobní bakterie degradující mucin izolovaná ze síťovaných pythonových výkalů ". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 66 (11): 4614–4620. doi:10.1099 / ijsem.0.001399. PMID  27499019.
  2. ^ Euzéby, JP (duben 1997). „Seznam bakteriálních jmen se stálým názvoslovím: složka dostupná na internetu“. International Journal of Systematic Bacteriology. 47 (2): 590–2. doi:10.1099/00207713-47-2-590. PMID  9103655.
  3. ^ A b C Ouwerkerk, Janneke P .; Koehorst, Jasper J .; Schaap, Peter J .; Ritari, Jarmo; Paulin, Lars; Belzer, Clara; de Vos, Willem M. (5. ledna 2017). „Complete Genome Sequence of Strain Pyt, a Mucin-Degrading Specialist of the Rieticated Python Gut“. Oznámení o genomu. 5 (1). doi:10.1128 / genomA.01098-16. PMC  5255907. PMID  28057747.
  4. ^ Ouwerkerk, Janneke P .; van der Ark, Kees C. H .; Davids, Mark; Claassens, Nico J .; Finestra, Teresa Robert; de Vos, Willem M .; Belzer, Clara; Schloss, P. D. (1. prosince 2016). „Přizpůsobení Akkermansia muciniphila oxicko-anoxickému rozhraní vrstvy hlenu“. Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. 82 (23): 6983–6993. doi:10.1128 / AEM.01641-16. PMC  5103097. PMID  27663027.
  5. ^ Costello, Elizabeth K; Gordon, Jeffrey I; Secor, Stephen M; Knight, Rob (3. června 2010). „Postprandiální přestavba střevní mikrobioty v barmských krajtech“. Časopis ISME. 4 (11): 1375–1385. doi:10.1038 / ismej.2010.71. PMC  3923499. PMID  20520652.
  6. ^ Johansson, Malin E. V .; Ambort, Daniel; Pelaseyed, Thaher; Schütte, André; Gustafsson, Jenny K .; Ermund, Anna; Subramani, Durai B .; Holmén-Larsson, Jessica M .; Thomsson, Kristina A .; Bergström, Joakim H .; van der Post, Sjoerd; Rodriguez-Piñeiro, Ana M .; Sjövall, Henrik; Bäckström, Malin; Hansson, Gunnar C. (25. září 2011). "Složení a funkční role vrstev hlenu ve střevě". Buněčné a molekulární biologické vědy. 68 (22): 3635–3641. doi:10.1007 / s00018-011-0822-3. PMID  21947475.
  7. ^ Reid, G; Younes, JA; Van der Mei, HC; Gloor, GB; Knight, R; Busscher, HJ (leden 2011). „Obnova mikrobioty: přirozená a doplněná obnova lidských mikrobiálních komunit“. Recenze přírody. Mikrobiologie. 9 (1): 27–38. doi:10.1038 / nrmicro2473. PMID  21113182.

externí odkazy