AIFM1 - AIFM1 - Wikipedia

AIFM1
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	1M6I, 4 BUR, 4BV6, 4FDC, 4LII, 5FS7, 5FS9, 5FS6, 5FS8
Identifikátory
Aliasy	AIFM1, AIF, CMT2D, CMTX4, COWCK, COXPD6, NADMR, NAMSD, PDCD8, DFNX5, faktor indukující apoptózu, asociovaný s mitochondriemi 1, apoptóza indukující faktor asociovaný s mitochondriemi 1, AUNX1, SEMDHL
Externí ID	OMIM: 300169 MGI: 1349419 HomoloGene: 3100 Genové karty: AIFM1
Umístění genu (člověk)
Chr.	X chromozom (lidský)
Konec	130,165,887 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	X chromozom (myš)
Konec	48,513,563 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001948 vazba na proteiny; • aktivita dimerizace bílkovin; • aktivita oxidoreduktázy; • vazba flavinadenin dinukleotidů; • Aktivita NAD (P) H oxidázy; • Vazba FAD; • aktivita oxidoreduktázy, působící na NAD (P) H; • Vazba DNA;
Buněčná složka	• mitochondriální vnitřní membrána; • cytoplazma; • cytosol; • membrána; • perinukleární oblast cytoplazmy; • mitochondriální mezimembránový prostor; • mitochondrie; • buněčné jádro;
Biologický proces	• neuronový apoptotický proces; • reakce na ischemii; • kondenzace chromozomů; • buněčná odpověď na deprivaci kyslíku a glukózy; • aktivace aktivity endopeptidázy cysteinového typu zapojené do apoptotického procesu; • pozitivní regulace neuronového apoptotického procesu; • regulace apoptotické fragmentace DNA; • buněčná odpověď na peroxid vodíku; • vnitřní apoptotická signální dráha v reakci na stres endoplazmatického retikula; • pozitivní regulace apoptotického procesu; • buněčná odpověď na oxid dusnatý; • reakce na L-glutamát; • oxidačně-redukční proces; • pozitivní regulace buněčné smrti; • sestava komplexu mitochondriálních dýchacích řetězců I.; • reakce na toxickou látku; • buněčná odpověď na estradiolový stimul; • neuronová diferenciace; • buněčná odpověď na aldosteron; • apoptotický proces;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	9131
	26926
	ENSG00000156709
	ENSMUSG00000036932
	O95831
	Q9Z0X1
	NM_001130846; NM_001130847; NM_004208; NM_145812; NM_145813
	NM_001290364; NM_012019
	NP_001124318; NP_001124319; NP_004199; NP_665811
	NP_001277293; NP_036149
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Faktor 1 indukující apoptózu, mitochondriální je protein že u lidí je kódován AIFM1 gen na X chromozomu.^[5]^[6] Tento protein se lokalizuje do mitochondrie, stejně jako jádro, kde provádí jadernou fragmentaci jako součást kaspáza -nezávislý apoptóza.^[7]

Struktura

AIFM1 je vyjádřen jako 613-zbytek prekurzorový protein, který obsahuje mitochondriální cílovou sekvenci (MTS) na své N-terminál a dvě nukleární vedoucí sekvence (NLS). Po importu do mitochondrií se prvních 54 zbytků N-konce odštěpí za vzniku zralého proteinu, který se vloží do vnitřní mitochondriální membrána. Zralý protein obsahuje FAD kofaktor a složí se do tří strukturálních domén: FAD-vazebná doména, NAD-vazebná doména a C-terminál. Zatímco C-terminál je zodpovědný za proapoptotickou aktivitu AIFM1, vazba FAD a NAD vazebné domény sdílejí klasickou Rossmannovu topologii s jinými flavoproteiny a aktivitou reduktázy závislou na NAD (P) H.^[7]

Tři alternativní přepisy kódující různé izoformy byly identifikovány pro tento gen.^[6] Dvě alternativně sestříhané izoformy mRNA odpovídají inkluzi / exkluzi C-terminálních a reduktázových domén.^[7] Na chromozomu 10 byl identifikován pseudogen, o kterém se předpokládá, že souvisí s tímto genem.^[6]

Funkce

Tento gen kóduje flavoprotein nezbytný pro nukleární rozložení v apoptotických buňkách, které se nacházejí v mitochondriálních buňkách mezimembránový prostor ve zdravých buňkách. Indukce apoptózy vede ke štěpení tohoto proteinu ve zbytku 102 pomocí calpains a / nebo katepsiny do rozpustné a proapoptogenní formy, která se translokuje do jádra, kde působí kondenzaci a fragmentaci chromozomů.^[6]^[7] Tento genový produkt navíc indukuje mitochondrie k uvolňování apoptogenních proteinů cytochromu ca kaspázy-9.^[6] AIFM1 také přispívá reduktáza činnost v redox metabolismus.^[7]

Klinický význam

Mutace v AIFM1 gen jsou v korelaci s Charcot-Marie-Toothova choroba (Cowchockův syndrom).^[7]^[8] Na buněčné úrovni mají mutace AIFM1 za následek nedostatky v oxidační fosforylace, což vede k závažné mitochondriální encefalomyopatii.^[6] Klinické projevy této mutace jsou charakterizovány svalová atrofie neuropatie, ataxie, psychomotorická regrese, ztráta sluchu a záchvaty.^[9]

Interakce

AIFM1 bylo prokázáno komunikovat s HSPA1A.^[10]^[11]

Vývoj

Fylogenetická analýza naznačuje, že k divergenci sekvencí AIFM1 a jiných lidských AIF (AIFM2a a AIFM3) došlo před divergencí eukaryot. Tento závěr je podpořen doménovou architekturou těchto proteinů. Jak eukaryotické, tak eubakteriální proteiny AIFM1 obsahují další doménu AIF_C.^[12]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000156709 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000036932 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Susin SA, Lorenzo HK, Zamzami N, Marzo I, Snow BE, Brothers GM, Mangion J, Jacotot E, Costantini P, Loeffler M, Larochette N, Goodlett DR, Aebersold R, Siderovski DP, Penninger JM, Kroemer G (únor 1999 ). "Molekulární charakterizace faktoru indukujícího mitochondriální apoptózu". Příroda. 397 (6718): 441–6. Bibcode:1999 Natur.397..441S. doi:10.1038/17135. PMID 9989411. S2CID 204991081.
^ ^A ^b ^C ^d ^E ^F „Entrez Gene: AIFM1 apoptosis-inducing factor, mitochondrion associated, 1“.
^ ^A ^b ^C ^d ^E ^F Ferreira P, Villanueva R, Martínez-Júlvez M, Herguedas B, Marcuello C, Fernandez-Silva P, Cabon L, Hermoso JA, Lostao A, Susin SA, Medina M (červenec 2014). „Strukturální pohledy na přechod monomer-dimer zprostředkovaný koenzymem faktoru indukujícího pro-apoptotickou apoptózu“. Biochemie. 53 (25): 4204–15. doi:10.1021 / bi500343r. PMID 24914854.
^ Rinaldi C, Grunseich C, Sevrioukova IF, Schindler A, Horkayne-Szakaly I, Lamperti C, Landouré G, Kennerson ML, Burnett BG, Bönnemann C, Biesecker LG, Ghezzi D, Zeviani M, Fischbeck KH (prosinec 2012). „Cowchock syndrom je spojen s mutací faktoru vyvolávajícího apoptózu“. American Journal of Human Genetics. 91 (6): 1095–102. doi:10.1016 / j.ajhg.2012.10.008. PMC 3516602. PMID 23217327.
^ Kettwig M, Schubach M, Zimmermann FA, Klinge L, Mayr JA, Biskup S, Sperl W, Gärtner J, Huppke P (březen 2015). „Od ventrikulomegalie po těžkou svalovou atrofii: rozšíření klinického spektra souvisejícího s mutacemi v AIFM1“. Mitochondrie. 21: 12–8. doi:10.1016 / j.mito.2015.01.01.001. PMID 25583628.
^ Ruchalski K, Mao H, Singh SK, Wang Y, Mosser DD, Li F, Schwartz JH, Borkan SC (prosinec 2003). „HSP72 inhibuje uvolňování faktoru indukujícího apoptózu v buňkách renálního epitelu s deplecí ATP“. American Journal of Physiology. Fyziologie buněk. 285 (6): C1483–93. doi:10.1152 / ajpcell.00049.2003. PMID 12930708.
^ Ravagnan L, Gurbuxani S, Susin SA, Maisse C, Daugas E, Zamzami N, Mak T, Jäättelä M, Penninger JM, Garrido C, Kroemer G (září 2001). „Protein 70 tepelného šoku antagonizuje faktor vyvolávající apoptózu“. Přírodní buněčná biologie. 3 (9): 839–43. doi:10.1038 / ncb0901-839. PMID 11533664. S2CID 21164493.
^ Klim J, Gładki A, Kucharczyk R, Zielenkiewicz U, Kaczanowski S (květen 2018). „Rekonstrukce stavu předků apoptotického aparátu u společného předka eukaryot“. G3. 8 (6): 2121–2134. doi:10,1534 / g3.118.200295. PMC 5982838. PMID 29703784.

Další čtení

Daugas E, Nochy D, Ravagnan L, Loeffler M, Susin SA, Zamzami N, Kroemer G (červenec 2000). „Faktor indukující apoptózu (AIF): všudypřítomná mitochondriální oxidoreduktáza podílející se na apoptóze“. FEBS Dopisy. 476 (3): 118–23. doi:10.1016 / S0014-5793 (00) 01731-2. PMID 10913597. S2CID 2156881.
Ferri KF, Jacotot E, Blanco J, Esté JA, Kroemer G (2001). "Mitochondriální kontrola buněčné smrti vyvolané proteiny kódovanými HIV-1". Annals of the New York Academy of Sciences. 926: 149–64. doi:10.1111 / j.1749-6632.2000.tb05609.x. PMID 11193032.
Candé C, Cohen I, Daugas E, Ravagnan L, Larochette N, Zamzami N, Kroemer G (2002). „Faktor indukující apoptózu (AIF): nový efektor smrti nezávislý na kaspáze uvolněný z mitochondrií“. Biochimie. 84 (2–3): 215–22. doi:10.1016 / S0300-9084 (02) 01374-3. PMID 12022952.
Castedo M, Perfettini JL, Andreau K, Roumier T, Piacentini M, Kroemer G (prosinec 2003). "Mitochondriální apoptóza vyvolaná obálkou HIV-1". Annals of the New York Academy of Sciences. 1010 (1): 19–28. Bibcode:2003NYASA1010 ... 19C. doi:10.1196 / annals.1299.004. PMID 15033690.
Moon HS, Yang JS (únor 2006). „Role HIV Vpr jako regulátor apoptózy a efektor na okolní buňky“. Molekuly a buňky. 21 (1): 7–20. PMID 16511342.
Glass L (říjen 1975). "Klasifikace biologických sítí podle jejich kvalitativní dynamiky". Journal of Theoretical Biology. 54 (1): 85–107. doi:10.1016 / S0022-5193 (75) 80056-7. PMID 1202295.
Andersson B, Wentland MA, Ricafrente JY, Liu W, Gibbs RA (duben 1996). „Metoda„ dvojitého adaptéru “pro vylepšenou konstrukci knihovny brokovnic“. Analytická biochemie. 236 (1): 107–13. doi:10.1006 / abio.1996.0138. PMID 8619474.
Yu W, Andersson B, Worley KC, Muzny DM, Ding Y, Liu W, Ricafrente JY, Wentland MA, Lennon G, Gibbs RA (duben 1997). "Sekvenování cDNA ve velkém měřítku". Výzkum genomu. 7 (4): 353–8. doi:10,1101 / gr. 7.4.353. PMC 139146. PMID 9110174.
Susin SA, Zamzami N, Castedo M, Daugas E, Wang HG, Geley S, Fassy F, Reed JC, Kroemer G (červenec 1997). „Centrální vykonavatel apoptózy: mnohonásobná spojení mezi aktivací proteázy a mitochondriemi u apoptózy indukované Fas / APO-1 / CD95- a ceramidem“. The Journal of Experimental Medicine. 186 (1): 25–37. doi:10.1084 / jem.186.1.25. PMC 2198951. PMID 9206994.
Susin SA, Lorenzo HK, Zamzami N, Marzo I, Brenner C, Larochette N, Prévost MC, Alzari PM, Kroemer G (leden 1999). „Mitochondriální uvolňování kaspázy-2 a -9 během apoptotického procesu“. The Journal of Experimental Medicine. 189 (2): 381–94. doi:10.1084 / jem.189.2.381. PMC 2192979. PMID 9892620.
Daugas E, Susin SA, Zamzami N, Ferri KF, Irinopoulou T, Larochette N, Prévost MC, Leber B, Andrews D, Penninger J, Kroemer G (duben 2000). „Mitochondrio-nukleární translokace AIF při apoptóze a nekróze“. FASEB Journal. 14 (5): 729–39. doi:10.1096 / fasebj.14.5.729. PMID 10744629.
Joza N, Susin SA, Daugas E, Stanford WL, Cho SK, Li CY, Sasaki T, Elia AJ, Cheng HY, Ravagnan L, Ferri KF, Zamzami N, Wakeham A, Hakem R, Yoshida H, Kong YY, Mak TW , Zúñiga-Pflücker JC, Kroemer G, Penninger JM (březen 2001). "Základní role mitochondriálního faktoru indukujícího apoptózu v programované buněčné smrti". Příroda. 410 (6828): 549–54. Bibcode:2001 Natur.410..549J. doi:10.1038/35069004. PMID 11279485. S2CID 4387964.
Ravagnan L, Gurbuxani S, Susin SA, Maisse C, Daugas E, Zamzami N, Mak T, Jäättelä M, Penninger JM, Garrido C, Kroemer G (září 2001). „Protein 70 tepelného šoku antagonizuje faktor vyvolávající apoptózu“. Přírodní buněčná biologie. 3 (9): 839–43. doi:10.1038 / ncb0901-839. PMID 11533664. S2CID 21164493.
Ye H, Cande C, Stephanou NC, Jiang S, Gurbuxani S, Larochette N, Daugas E, Garrido C, Kroemer G, Wu H (září 2002). „Vazba DNA je vyžadována pro apoptogenní působení faktoru indukujícího apoptózu“. Přírodní strukturní biologie. 9 (9): 680–4. doi:10.1038 / nsb836. PMID 12198487. S2CID 7819466.
Roumier T, Vieira HL, Castedo M, Ferri KF, Boya P, Andreau K, Druillennec S, Joza N, Penninger JM, Roques B, Kroemer G (listopad 2002). „C-koncová část HIV-1 Vpr indukuje buněčnou smrt mitochondriální cestou nezávislou na kaspáze“. Buněčná smrt a diferenciace. 9 (11): 1212–9. doi:10.1038 / sj.cdd.4401089. PMID 12404120.

externí odkazy

AIFM1 na Atlas genetiky a onkologie
Člověk AIFM1 umístění genomu a AIFM1 stránka s podrobnostmi o genu v UCSC Genome Browser.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000156709 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000036932 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid9989411-5] Susin SA, Lorenzo HK, Zamzami N, Marzo I, Snow BE, Brothers GM, Mangion J, Jacotot E, Costantini P, Loeffler M, Larochette N, Goodlett DR, Aebersold R, Siderovski DP, Penninger JM, Kroemer G (únor 1999 ). "Molekulární charakterizace faktoru indukujícího mitochondriální apoptózu". Příroda. 397 (6718): 441–6. Bibcode:1999 Natur.397..441S. doi:10.1038/17135. PMID 9989411. S2CID 204991081.

[entrez-6] A ^b ^C ^d ^E ^F „Entrez Gene: AIFM1 apoptosis-inducing factor, mitochondrion associated, 1“.

[pmid24914854-7] A ^b ^C ^d ^E ^F Ferreira P, Villanueva R, Martínez-Júlvez M, Herguedas B, Marcuello C, Fernandez-Silva P, Cabon L, Hermoso JA, Lostao A, Susin SA, Medina M (červenec 2014). „Strukturální pohledy na přechod monomer-dimer zprostředkovaný koenzymem faktoru indukujícího pro-apoptotickou apoptózu“. Biochemie. 53 (25): 4204–15. doi:10.1021 / bi500343r. PMID 24914854.

[pmid23217327-8] Rinaldi C, Grunseich C, Sevrioukova IF, Schindler A, Horkayne-Szakaly I, Lamperti C, Landouré G, Kennerson ML, Burnett BG, Bönnemann C, Biesecker LG, Ghezzi D, Zeviani M, Fischbeck KH (prosinec 2012). „Cowchock syndrom je spojen s mutací faktoru vyvolávajícího apoptózu“. American Journal of Human Genetics. 91 (6): 1095–102. doi:10.1016 / j.ajhg.2012.10.008. PMC 3516602. PMID 23217327.

[pmid25583628-9] Kettwig M, Schubach M, Zimmermann FA, Klinge L, Mayr JA, Biskup S, Sperl W, Gärtner J, Huppke P (březen 2015). „Od ventrikulomegalie po těžkou svalovou atrofii: rozšíření klinického spektra souvisejícího s mutacemi v AIFM1“. Mitochondrie. 21: 12–8. doi:10.1016 / j.mito.2015.01.01.001. PMID 25583628.

[pmid12930708-10] Ruchalski K, Mao H, Singh SK, Wang Y, Mosser DD, Li F, Schwartz JH, Borkan SC (prosinec 2003). „HSP72 inhibuje uvolňování faktoru indukujícího apoptózu v buňkách renálního epitelu s deplecí ATP“. American Journal of Physiology. Fyziologie buněk. 285 (6): C1483–93. doi:10.1152 / ajpcell.00049.2003. PMID 12930708.

[pmid11533664-11] Ravagnan L, Gurbuxani S, Susin SA, Maisse C, Daugas E, Zamzami N, Mak T, Jäättelä M, Penninger JM, Garrido C, Kroemer G (září 2001). „Protein 70 tepelného šoku antagonizuje faktor vyvolávající apoptózu“. Přírodní buněčná biologie. 3 (9): 839–43. doi:10.1038 / ncb0901-839. PMID 11533664. S2CID 21164493.

[12] Klim J, Gładki A, Kucharczyk R, Zielenkiewicz U, Kaczanowski S (květen 2018). „Rekonstrukce stavu předků apoptotického aparátu u společného předka eukaryot“. G3. 8 (6): 2121–2134. doi:10,1534 / g3.118.200295. PMC 5982838. PMID 29703784.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]