Sekvenování bisulfitu celého genomu - Whole genome bisulfite sequencing - Wikipedia

Sekvenování bisulfitu celého genomu (WGBS), je a sekvenování nové generace technologie použitá k určení Methylace DNA stav svobodného cytosiny zpracováním DNA pomocí hydrogensiřičitan sodný před sekvenování. Hydrogensiřičitan sodný je chemická sloučenina, která přeměňuje nemethylované cytosiny na uracil.^[1]^[2] Cytosiny, které se v uracilu nekonvertovaly, jsou methylované. Po sekvenování se nemetylované cytosiny jeví jako tyminy.

Tato technika měří úrovně methylace jednoho cytosinu v celém genomu a přímo odhaduje poměr methylovaných molekul spíše než úrovně obohacení. Tato metoda však vyžaduje v zásadě opakované sekvenování celého genomu několikrát pro každý experiment.^[3]

Reference

^ Frommer, M .; McDonald, L. E.; Millar, D. S .; Collis, C. M .; Watt, F .; Grigg, G. W .; Molloy, P.L .; Paul, C. L. (01.03.1992). „Protokol genomového sekvenování, který poskytuje pozitivní zobrazení zbytků 5-methylcytosinu v jednotlivých řetězcích DNA“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 89 (5): 1827–1831. doi:10.1073 / pnas.89.5.1827. ISSN 0027-8424. PMC 48546. PMID 1542678.
^ Clark, SJ; Harrison, J; Paul, CL; Frommer, M (11.8.1994). "Mapování vysoké citlivosti methylovaných cytosinů". Výzkum nukleových kyselin. 22 (15): 2990–2997. doi:10.1093 / nar / 22.15.2990. ISSN 0305-1048. PMC 310266. PMID 8065911.
^ Stevens, Michael; Cheng, Jeffrey B .; Li, Daofeng; Xie, Mingchao; Hong, Chibo; Maire, Cécile L .; Ligon, Keith L .; Hirst, Martin; Marra, Marco A. (01.09.2013). „Odhad absolutních úrovní methylace při rozlišení jednoho CpG z metod obohacení methylací a sekvenování restrikčními enzymy“. Výzkum genomu. 23 (9): 1541–1553. doi:10.1101 / gr.152231.112. ISSN 1088-9051. PMC 3759729. PMID 23804401.

Tento genetika článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[1] Frommer, M .; McDonald, L. E.; Millar, D. S .; Collis, C. M .; Watt, F .; Grigg, G. W .; Molloy, P.L .; Paul, C. L. (01.03.1992). „Protokol genomového sekvenování, který poskytuje pozitivní zobrazení zbytků 5-methylcytosinu v jednotlivých řetězcích DNA“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 89 (5): 1827–1831. doi:10.1073 / pnas.89.5.1827. ISSN 0027-8424. PMC 48546. PMID 1542678.

[2] Clark, SJ; Harrison, J; Paul, CL; Frommer, M (11.8.1994). "Mapování vysoké citlivosti methylovaných cytosinů". Výzkum nukleových kyselin. 22 (15): 2990–2997. doi:10.1093 / nar / 22.15.2990. ISSN 0305-1048. PMC 310266. PMID 8065911.

[3] Stevens, Michael; Cheng, Jeffrey B .; Li, Daofeng; Xie, Mingchao; Hong, Chibo; Maire, Cécile L .; Ligon, Keith L .; Hirst, Martin; Marra, Marco A. (01.09.2013). „Odhad absolutních úrovní methylace při rozlišení jednoho CpG z metod obohacení methylací a sekvenování restrikčními enzymy“. Výzkum genomu. 23 (9): 1541–1553. doi:10.1101 / gr.152231.112. ISSN 1088-9051. PMC 3759729. PMID 23804401.

[1]

[2]

[3]