WcaG RNA motiv - wcaG RNA motif - Wikipedia
| wcaG RNA motiv | |
|---|---|
 Konsensuální sekundární struktura wcaG RNA | |
| Identifikátory | |
| Symbol | wcaG RNA |
| Rfam | RF01761 |
| Další údaje | |
| RNA typ | Cis-regulační prvek |
| Domény | Sinice |
| PDB struktur | PDBe |
The wcaG RNA motiv je RNA v některých zachována struktura bakterie který byl zjištěn uživatelem bioinformatika.[1] wcaG RNA se nacházejí jistě fágy které infikují sinice. Nejznámější wcaG RNA byly nalezeny v sekvencích DNA extrahováno z nekultivovaných mořské bakterie. wcaG RNA mohou fungovat jako cis-regulační prvky, vzhledem k jejich možnému konzistentnímu umístění 5 'nepřekládané oblasti z geny. Bylo navrženo wcaG RNA mohou dále fungovat jako riboswitche.
Geny předpokládaly, že budou regulovány wcaG RNA fungují při syntéze exopolysacharidy, nebo jsou indukovány vysokým množstvím světlo. Tyto druhé geny pravděpodobně souvisejí s cyanobakteriemi fotosyntéza. Zjištěno wcaG RNA v purifikovaných fágech jsou upstream od zvýrazněných indukovaných genů. Ačkoli tyto geny nejsou považovány za typické pro fágy, dříve bylo pozorováno, že fágy infikující sinice tyto geny běžně začleňují.[2][3][4]
Reference
- ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J a kol. (Březen 2010). „Srovnávací genomika odhaluje 104 kandidátských strukturovaných RNA z bakterií, archea a jejich metagenomů“. Genome Biol. 11 (3): R31. doi:10.1186 / gb-2010-11-3-r31. PMC 2864571. PMID 20230605.
- ^ Sullivan MB, Coleman ML, Weigele P, Rohwer F, Chisholm SW (květen 2005). „Tři genomy cyanofága Prochlorococcus: charakteristické rysy a ekologické interpretace“. PLoS Biol. 3 (5): e144. doi:10.1371 / journal.pbio.0030144. PMC 1079782. PMID 15828858.
- ^ Rohwer F, Thurber RV (květen 2009). "Viry manipulují s mořským prostředím". Příroda. 459 (7244): 207–212. doi:10.1038 / nature08060. PMID 19444207.
- ^ Lindell D, Jaffe JD, Coleman ML a kol. (Září 2007). „Dynamika exprese mořského viru a hostitele v celém genomu odhaluje vlastnosti společné evoluce“. Příroda. 449 (7158): 83–86. doi:10.1038 / nature06130. PMID 17805294.