UTOPIA (bioinformatické nástroje) - UTOPIA (bioinformatics tools)

UTOPIE
Nástroje UTOPIA na počítači Mac
Nástroje UTOPIA na počítači Mac
VývojářiSteve Pettifer,
Terri Attwood,
David Parry-Smith,
D.N. Perkins,
A.W. Payne,
A.D. Michie,
Phillip W. Lord,
J.N. Selley,
Phil McDermott,
James Marsh,
James Sinnott,
Dave Thorne,
Benjamin Blundell
NapsánoC ++, Python
Operační systémLinux, Mac a Windows
webová stránkautopie.cs.Manchester.ac.Spojené království

UTOPIE (Uživatelsky přívětivé nástroje pro provoz aplikací informatiky) je sada bezplatných nástrojů pro vizualizaci a analýzu bioinformatika data. Na základě ontologie - řízený datový model, obsahuje aplikace pro prohlížení a zarovnávání proteinové sekvence, vykreslování složitých molekulárních struktur ve 3D a pro vyhledávání a používání zdrojů, jako jsou webové služby a datové objekty.[1][2][3][4] Existují dvě hlavní součásti, sada pro analýzu proteinů a dokumenty UTOPIA.

Sada pro analýzu proteinů utopie

Utopie Analýza proteinů suite je kolekce interaktivních nástrojů pro analýzu proteinové sekvence a proteinová struktura. V popředí jsou uživatelsky přívětivé a pohotové vizualizační aplikace, v zákulisí propracovaný model, který jim umožňuje spolupracovat a skrývá mnoho zdlouhavé práce s řešením formáty souborů a webové služby.[1]

Dokumenty utopie

Dokumenty utopie přináší nový vědecký pohled na čtení vědecké literatury, kombinující pohodlí a spolehlivost Přenosný formát dokumentu (pdf) díky flexibilitě a síle webu.[3][5][6]

Dějiny

V letech 2003 až 2005 byla práce na UTOPIA financována prostřednictvím Severozápadní centrum e-Science se sídlem v University of Manchester podle Rada pro výzkum ve strojírenství a fyzikálních vědách, SPOJENÉ KRÁLOVSTVÍ Ministerstvo obchodu a průmyslu a Evropská síť pro molekulární biologii (EMBnet). Od roku 2005 práce pokračují pod EMBRACE Evropská síť excelence.

UTOPIA's CINEMA (Color INteractive Editor for Multiple Alignments), nástroj pro Sekvenční zarovnání, je nejnovější inkarnací softwaru původně vyvinutého v The University of Leeds na podporu analýzy Receptory spojené s G proteinem (GPCR).[7] SOMAP,[8] na konci 80. let 20. století byl vyvinut postup vícenásobného zarovnání orientovaný na obrazovku VMS počítačový operační systém, použitý černobílý textový VT100 video terminál a doporučené kontextová nápověda a rozbalovací nabídky nějakou dobu předtím, než se jednalo o standardní funkce operačního systému.

Po SOMAPu následovala a Unix nástroj s názvem VISTAS[9] (VIsualizing Structures And Sequences), která zahrnovala schopnost vykreslit 3D molekulární strukturu a generovat grafy a statistické reprezentace vlastností sekvencí.

První nástroj v rámci KINA[10] banner vyvinutý na University of Manchester byl a Jáva applet na bázi spuštěný prostřednictvím webových stránek, což je stále dostupný ale již není udržována. Samostatná verze Java s názvem CINEMA-MX,[11] byl také vydán, ale již není snadno dostupný.

A C ++ verze CINEMA s názvem CINEMA5 byla vyvinuta brzy jako součást projektu UTOPIA a byla vydána jako samostatná aplikace pro zarovnání sekvence. Nyní byl nahrazen verzí nástroje integrovaného s dalšími vizualizačními aplikacemi UTOPIA a jeho název se vrátil jednoduše na CINEMA.

Reference

  1. ^ A b Pettifer, S. R.; Sinnott, J. R .; Attwood, T. K. (2004). „UTOPIA - uživatelsky přívětivé nástroje pro provoz aplikací informatiky“. Srovnávací a funkční genomika. 5 (1): 56–60. doi:10,1002 / srov. 359. PMC  2447318. PMID  18629035.
  2. ^ McDermott, P .; Sinnott, J .; Thorne, D .; Pettifer, S.; Attwood, T. (2006). "Architektura pro vizualizaci a interaktivní analýzu proteinů". Čtvrtá mezinárodní konference o koordinovaných a více pohledech v průzkumné vizualizaci (CMV'06). p. 55. doi:10.1109 / CMV.2006.3. ISBN  978-0-7695-2605-8.
  3. ^ A b Attwood, T. K.; Kell, D. B.; McDermott, P .; Marsh, J .; Pettifer, S. R.; Thorne, D. (2009). „Volání na mezinárodní záchranu: Ztráta znalostí v literatuře a sesuvu dat!“. Biochemical Journal. 424 (3): 317–333. doi:10.1042 / BJ20091474. PMC  2805925. PMID  19929850.
  4. ^ Pettifer, S.; Thorne, D .; McDermott, P .; Marsh, J .; Villéger, A .; Kell, D. B.; Attwood, T. K. (2009). „Vizualizace biologických dat: sémantický přístup k integraci nástrojů a databází“. BMC bioinformatika. 10: S19. doi:10.1186 / 1471-2105-10-S6-S19. PMC  2697642. PMID  19534744.
  5. ^ Attwood, T. K.; Kell, D. B.; McDermott, P .; Marsh, J .; Pettifer, S. R.; Thorne, D. (2010). „Dokumenty utopie: Propojení odborné literatury s výzkumnými daty“. Bioinformatika. 26 (18): i568 – i574. doi:10.1093 / bioinformatika / btq383. PMC  2935404. PMID  20823323.
  6. ^ Pettifer, S.; McDermott, P .; Marsh, J .; Thorne, D .; Villeger, A .; Attwood, T. K. (2011). „Ceci n'est pas un hamburger: Modelování a reprezentace odborného článku“. Naučené publikování. 24 (3): 207. doi:10.1087/20110309.
  7. ^ Vroling, B .; Thorne, D .; McDermott, P .; Attwood, T. K.; Vriend, G .; Pettifer, S. (2011). „Integrace informací specifických pro GPCR s články v plném textu“. BMC bioinformatika. 12: 362. doi:10.1186/1471-2105-12-362. PMC  3179973. PMID  21910883.
  8. ^ Parry-Smith, D. J .; Attwood, T. K. (1991). "SOMAP: Nový interaktivní přístup k uspořádání více proteinových sekvencí". Bioinformatika. 7 (2): 233. doi:10.1093 / bioinformatika / 7.2.233. PMID  2059849.
  9. ^ Perkins, D. N .; Attwood, T. K. (1995). "VISTAS: Balíček pro VIsualizaci struktur a sekvencí proteinů". Journal of Molecular Graphics. 13 (1): 73–75, 62. doi:10.1016 / 0263-7855 (94) 00013-I. PMID  7794837.
  10. ^ Parry-Smith, D. J .; Payne, A. W. R .; Michie, A. D .; Attwood, T. K. (1998). „KINO - nový barevný interaktivní editor pro vícenásobné zarovnání“. Gen. 221 (1): GC57 – GC63. doi:10.1016 / S0378-1119 (97) 00650-1. PMID  9852962.
  11. ^ Lord, P. W .; Selley, J. N .; Attwood, T. K. (2002). "CINEMA-MX: Modulární vícenásobný editor úprav". Bioinformatika. 18 (10): 1402–1403. doi:10.1093 / bioinformatika / 18.10.1402. PMID  12376388.