Databáze toxinů a toxinových cílů - Toxin and Toxin-Target Database
 | |
|---|---|
| Obsah | |
| Popis | Toxiny a toxinová cílová databáze |
| Typy dat zajat | Jedy s malými molekulami, toxické sloučeniny a toxiny, chemické struktury, popis toxických sloučenin, chemická taxonomie, toxinové cíle a transportéry, cílové proteinové sekvence, mechanismy působení, smrtelné dávky, chemické vlastnosti, nomenklatura, synonyma, NMR spektra, MS spektra, genová regulace , koncentrace |
| Kontakt | |
| Výzkumné centrum | University of Alberta and Metabolomické inovační centrum |
| Laboratoř | Dr. David Wishart |
| Primární citace | T3DB: databáze toxických exponátů.[1] |
| Datum vydání | 2009 |
| Přístup | |
| webová stránka | http://www.t3db.ca |
| Stáhnout URL | http://www.t3db.ca/downloads |
| Smíšený | |
| Uvolnění dat frekvence | Každé 3-4 roky s pravidelnými opravami a aktualizacemi |
| Kurátorská politika | Ručně upraveno |
The Databáze toxinů a toxinových cílů (T3DB),[1][2] také známý jako Toxický Exposome Databáze, je volně přístupná online databáze běžných látek, které jsou pro člověka toxické, spolu s nimi protein, DNA nebo varhany cíle. Databáze v současné době obsahuje téměř 3 700 toxických sloučenin nebo jedy popsáno téměř 42 000 synonymy. Tento seznam obsahuje různé skupiny uživatelů toxiny, včetně běžných znečišťující látky, pesticidy, léky, toxiny z potravin, toxiny pro domácnost a průmysl / pracoviště, toxiny z cigaret a uremické toxiny. Tyto toxické látky jsou spojeny s 2 086 odpovídajícími cílovými záznamy protein / DNA. Celkově existuje 42 433 cílových asociací toxická látka-toxin. Každý záznam o toxických sloučeninách (ToxCard) v T3DB obsahuje téměř 100 datových polí a obsahuje informace, jako jsou chemické vlastnosti a deskriptory, mechanismy působení, toxicita nebo smrtelná dávka hodnoty, molekulární a buněčné interakce, lékařské (symptomy a léčba) informace (obr. 1-3), NMR an MS spektra, a geny regulované nahoru a dolů. Tato informace byla získána z více než 18 000 Zdroje, který zahrnuje jiné databáze, vládní dokumenty, knihy a vědecká literatura.
T3DB se primárně zaměřuje na poskytování mechanismů toxicita a identifikaci cílových proteinů pro běžné toxické látky. I když existuje řada dalších databází toxických sloučenin, jejich důraz je kladen na pokrytí velkého množství chemických sloučenin, které jsou téměř nikdy neviditelné mimo chemickou laboratoř. T3DB se pokouší zachytit údaje pouze o těch toxických látkách, které jsou hojné nebo v širokém rozsahu a byly detekovány nebo měřeny u lidí. T3DB je plně prohledávatelný a podporuje rozsáhlý text, sekvenci, chemická struktura, relační dotaz a spektrální vyhledávání. Je jak po vzoru, tak s ním úzce souvisí Lidská databáze metabolomu (HMDB ) a DrugBank. Mezi potenciální aplikace T3DB patří metabolomika a studie expozice životního prostředí, toxická sloučenina metabolismus predikce, predikce interakce toxin / lék a obecné povědomí o toxických látkách.
Rozsah a přístup
Všechna data v T3DB jsou nechráněná nebo jsou odvozena z nechráněného zdroje. Je volně přístupný a dostupný komukoli. Kromě toho je téměř každá datová položka plně vysledovatelná a výslovně odkazuje na původní zdroj. Data T3DB jsou k dispozici prostřednictvím veřejného webového rozhraní a ke stažení.
Viz také
Reference
- ^ A b Wishart, D; Arndt D; Pon A; Sajed T; Guo AC; Djoumbou Y; Knox C; Wilson M; Liang Y; Grant J; Liu Y; Goldansaz SA; Rappaport SM. (Leden 2015). „T3DB: databáze toxických expozic“. Výzkum nukleových kyselin. 43 (Problém s databází): D928-34. doi:10.1093 / nar / gku1004. PMC 4383875. PMID 25378312.
- ^ Limetka; Pon A; Djoumbou Y; Knox C; Shrivastava S; Guo AC; Neveu V; Wishart DS. (Leden 2010). „T3DB: komplexně anotovaná databáze běžných toxinů a jejich cílů“. Výzkum nukleových kyselin. 38 (Problém s databází): D781-6. doi:10.1093 / nar / gkp934. PMC 2808899. PMID 19897546.