Tombusvirus 5 'UTR - Tombusvirus 5′ UTR

Tombusvirus 5 'UTR
RF00171.jpg
Identifikátory
SymbolTombus_5
RfamRF00171
Další údaje
RNA typCis-reg
DoményViry
TAKSO: 0000204
PDB strukturPDBe

Tombusvirus 5 'UTR je důležité cis-regulační oblast Virus Tombus genom.

Tomato bushy stunt virus je prototypem člena Tombusviridae rodina. Genom tohoto viru je pozitivní smysl jednořetězcová RNA. Replikace probíhá prostřednictvím negativního řetězce RNA meziproduktu. Kromě virových proteinů p33 a RNA-dependentní RNA polymerázy p92 a neznámých faktorů hostitele, konzervované a strukturní oblasti v 5 'nepřekládaná oblast (5 'UTR) jsou důležité pro regulaci replikace genomu.

Byly hlášeny 2 RNA domény v 5 'UTR, 5' doména ve tvaru T (TSD) následovaná kmenovou smyčkou (SL5)[1][2] a navazující doména (DSD).[3] Předpokládá se, že interakce TSD-DSD se účastní zprostředkování replikace virové RNA.[3]

Zajímavou vlastností Tombusviru je jeho schopnost podporovat replikaci defektních interferujících (DI) RNA. Tyto subvirové replikony jsou malé, nekódující, deleční mutanty virového genomu, které udržují cis působící RNA prvky nezbytné pro replikaci [1]

jiný nekódující RNA struktury v Tombusvirus zahrnují 3 'UTR region IV[4] a interní replikační prvek.[5]

Reference

  1. ^ A b Wu B, Vanti WB, White KA (2001). „RNA doména v 5 'nepřekládané oblasti genomu viru rajčatového huňatého kousku moduluje replikaci virové RNA“. J. Mol. Biol. 305 (4): 741–756. doi:10.1006 / jmbi.2000.4298. PMID  11162089.
  2. ^ Ray D, Na H, White KA (2004). „Strukturální vlastnosti multifunkční RNA domény ve tvaru T, které zprostředkovávají účinnou replikaci RNA rajčatového huňatého stunt viru“. J. Virol. 78 (19): 10490–10500. doi:10.1128 / JVI.78.19.10490-10500.2004. PMC  516415. PMID  15367615.
  3. ^ A b Ray D, Wu B, White KA (2003). „Druhá funkční RNA doména v 5 'UTR genomu viru Tomato bushy stunt virus: interakce uvnitř a mezi doménami zprostředkovávají replikaci virové RNA“. RNA. 9 (10): 1232–1245. doi:10,1261 / rna.5630203. PMC  1370487. PMID  13130137.
  4. ^ Fabian MR, Na H, Ray D, White KA (2003). „Sekundární struktury 3'-terminální RNA jsou důležité pro akumulaci DI RNA z rajčatového hustého stunt viru“. Virologie. 313 (2): 567–580. doi:10.1016 / S0042-6822 (03) 00349-0. PMID  12954222.
  5. ^ Monkewich, S; Lin HX; Fabian MR; Xu W; Na H; Ray D; Chernysheva OA; Nagy PD; White KA (2005). „Oblast kódující polymerázu p92 obsahuje interní prvek RNA požadovaný v rané fázi replikace genomu Tombusvirus“. J Virol. 79 (8): 4848–4858. doi:10.1128 / JVI.79.8.4848-4858.2005. PMC  1069561. PMID  15795270.

externí odkazy