TPP riboswitch - TPP riboswitch
Riboswitch TPP (prvek THI) | |
---|---|
![]() Předpovězeno sekundární struktura a zachování sekvence TPP | |
Identifikátory | |
Symbol | TPP |
Alt. Symboly | THI |
Rfam | RF00059 |
Další údaje | |
RNA typ | Cis-reg; riboswitch |
Domény | Eukaryota; Bakterie; Archaea |
JÍT | GO termín musí začínat GO: |
TAK | SO: 0000035 |
PDB struktur | PDBe 4nyc |
The TPP riboswitch, také známý jako THI prvek a Riboswitch Thi-box, je vysoce konzervovaný RNA sekundární struktura. Slouží jako riboswitch[1][2] který se váže thiamin pyrofosfát (TPP) přímo a modulovat genová exprese prostřednictvím různých mechanismů v archaea, bakterie a eukaryoty.[3][4][5] TPP je aktivní forma thiamin (vitamín B1), esenciální koenzym syntetizovaný kopulací pyrimidinových a thiazolových skupin v bakterie. Element THI je rozšířením dříve detekovaného thiamin-regulačního prvku, thi boxu, existuje značná variabilita v předpokládané délce a strukturách dalších a fakultativních kmenových smyček, které jsou v sekundárním strukturním diagramu znázorněny tmavě modře [6] Analýza operon struktur identifikovalo velké množství nových kandidátů regulovaných thiaminem geny, většinou transportéry, v různých prokaryotických organismech.[7] The rentgenová krystalová struktura TPT riboswitch aptamer byl vyřešen.[8]
Reference
- ^ Winkler W, Nahvi A, Breaker RR (říjen 2002). „Thiaminové deriváty vážou přímo messenger RNA k regulaci exprese bakteriálních genů“. Příroda. 419 (6910): 952–956. doi:10.1038 / nature01145. PMID 12410317.
- ^ Mironov AS, Gusarov I, Rafikov R, Lopez LE, Shatalin K, Kreneva RA, Perumov DA, Nudler E (listopad 2002). "Snímání malých molekul rodící se RNA: mechanismus kontroly transkripce v bakteriích". Buňka. 111 (5): 747–756. doi:10.1016 / S0092-8674 (02) 01134-0. PMID 12464185.
- ^ Sudarsan N, Barrick JE, Breaker RR (červen 2003). „Metabolit vázající RNA domény jsou přítomny v genech eukaryot“. RNA. 9 (6): 644–647. doi:10,1261 / rna.5090103. PMC 1370431. PMID 12756322.
- ^ Bocobza S, Adato A, Mandel T, Shapira M, Nudler E, Aharoni A (listopad 2007). „Regulace genů závislá na riboswitchi a její vývoj v rostlinné říši“. Geny a vývoj. 21 (22): 2874–2879. doi:10,1101 / gad.443907. PMC 2049190. PMID 18006684.
- ^ Kubodera T, Watanabe M, Yoshiuchi K, Yamashita N, Nishimura A, Nakai S, Gomi K, Hanamoto H (prosinec 2003). „Thiaminem regulovaná genová exprese Aspergillus oryzae thiA vyžaduje sestřih intronu obsahujícího doménu podobnou riboswitchi v 5'-UTR“. FEBS Dopisy. 555 (3): 516–520. doi:10.1016 / S0014-5793 (03) 01335-8. PMID 14675766.
- ^ Rodionov DA, Vitreschak AG, Mironov AA, Gelfand MS (prosinec 2002). „Srovnávací genomika biosyntézy thiaminu u prokaryot. Nové geny a regulační mechanismy“. The Journal of Biological Chemistry. 277 (50): 48949–48959. doi:10,1074 / jbc.M208965200. PMID 12376536.
- ^ Miranda-Ríos J, Navarro M, Soberón M (srpen 2001). „Konzervovaná struktura RNA (thi box) se podílí na regulaci exprese thiaminového biosyntetického genu v bakterii. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 98 (17): 9736–9741. doi:10.1073 / pnas.161168098. PMC 55522. PMID 11470904.
- ^ Serganov A, Polonskaia A, Phan AT, Breaker RR, Patel DJ (červen 2006). „Strukturální základ pro regulaci genů pomocí riboswitche snímajícího thiamin pyrofosfát“. Příroda. 441 (7097): 1167–1171. doi:10.1038 / nature04740. PMC 4689313. PMID 16728979.
- ^ Edwards TE, Ferré-D'Amaré AR (září 2006). „Krystalové struktury riboswitche thi-box vázaného na analogy thiamin pyrofosfátu odhalují adaptivní rozpoznávání RNA-malé molekuly“. Struktura. 14 (9): 1459–1468. doi:10.1016 / j.str.2006.07.008. PMID 16962976.
externí odkazy
![]() | Tento molekulární nebo buněčná biologie článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |