TMEM241 - TMEM241

Transmembránový protein 241 (aka C18orf45, hVVT) je všudypřítomný protein transportující cukr, který je u lidí kódován genem TMEM241.[1]

Gen

U lidí je TMEM241 gen 142 188 bp lokalizovaný na 18q11.2, který obsahuje 24 exonů.[2]

Genové sousedství

TMEM241 se nachází poblíž CABLES1, RIOK3 a NPC1 na chromozomu 18.[3]

mRNA

Vlásenka TMEM241 Isoform 1 5 'UTR (nepřekládaná oblast)

Primární mRNA pro lidský TMEM241, izoforma 1,[3] obsahuje 5 'UTR sponka do vlasů smyčka konzervovaná u primátů. Primární mRNA pro lidskou izoformu TMEM241 1 obsahuje vazebná místa ve svém 3 'UTR pro miRNA 520f-5p, 378a-5p a 6866-5p.[4]

Protein

Obecné vlastnosti

Existuje více než 10 variant transkriptů předpokládaných pro lidský gen TMEM241 nalezených na BLAST. TMEM241 Isoform 1 je přibližně 31 kDa ve hmotě. Protein má izoelektrický bod 8,7. a je zvláště bohatý na aminokyselinu fenylalanin, obsahující dvojnásobek normálního podílu této aminokyseliny.[5]

Chráněné domény

Strukturální detaily izoformy TMEM241 1
Schéma kola alfa šroubovice izoformy 1 TMEM241 ukazující interakce hydrofobní a hydrofilní oblasti s lipidovou membránou.

TMEM241 se skládá z 9 transmembránových domén tvořících hydrofobní integrální složku membrány[2] složený převážně z alfa helixy.[6][7][8] TMEM241 obsahuje VRG4 (glykosylace odporu proti vandátu)[9]) doména s homologií s doménou transportéru cukru VRG4 z Saccharomyces cerevisiae (droždí).[10]

Posttranslační úprava

TMEM241 Isoform 1 Stránky po translační modifikaci

Předpokládá se, že TMEM241 podstoupí různé fosforylace,[11] glykace,[11] palmitoylace.[12] Například izoforma TMEM241 1[13] má fosforylační místa na S6, 64, 170, 177, 291, 295 a 296;[11] glykační místa na K125, 169 a 172;[11] místa palmitoylace na C13, 15, 221.[12]

Interagující proteiny

Existují určité důkazy, s nimiž může tento protein interagovat keratin vlákno založené na a dvě hybridní obrazovka s keratinovým proteinem KRT40.[14]

Výraz

TMEM241 je pravděpodobně exprimován ve všech tkáních v různých úrovních od bazální po střední expresi.[15] Některé studie zjistily změny v expresi TMEM241. Například v případech akutní megakaryoblastická leukémie Bylo zjištěno, že TMEM241 je jedním z nejvíce regulovaných genů.[16] V jiném případě bylo zjištěno, že TMEM241 je nadregulován během rozvinuté proteinové odpovědi po nadměrné expresi Ero1α (Endoplazmatické retikulum oxidoreduclin 1α).[10]

Homologie

TMEM241 je v eukaryotech zachována.

Ortology

Míra divergence TMEM241

TMEM241 je konzervován u všech zvířat a homology se nacházejí u eukaryot. TMEM241 má 19% globální identitu a 60% identitu s GDP-manosovým transportérem od S. cerevisiae, který obsahuje doménu VRG4. Je pravděpodobné, že TMEM241 je kvůli této podobnosti transportérem GDP-manózy. Graf vpravo ukazuje relativní úroveň ochrany TMEM241 u mnoha druhů organismu pomocí principu a Molekulární hodiny.

Odborný názevBěžné jménoOdchylka od H. sapiens (m.y.a)[17]Délka bílkovin (aminokyseliny)% Identity k H. sapiens[18][19]Přístupové číslo
Homo sapiensČlověk0296100NP_116322
Mus musculusMyš90.129784NP_001276595
Calidris pugnaxRuff (pták)320.529680XP_003219697
Python bivittatusKrajta320.529674XP_014793906
Xenopus laevisŽába354.429369NP_001091222
Salmo salarLosos436.829663XP_014036453
Octopus bimaculoidesChobotnice90329135XP_014776992
Halyomorpha halysKněžice90325732XP_014284006
Saccharomyces cerevisiaeDroždí1335.521625AJS02580
Coccomyxa subellipsoideaZelené řasy1570.529628XP_005651133

Paralogy

TMEM241 má u lidí dva paralogy, které mají homology v rámci eukaryot, UGTREL8[20] a UGTREL7.[21] TMEM241, UGTREL8 a UGTREL7 jsou rodina proteinů transportujících cukr s blízkou identitou s transportérem GDP-manózy identifikovaným v S. cerevisiae.

% Identita[18][19]TMEM241

(H.sapiens)

UGTREL7

(H.sapiens)

8. UGTREL

(H.sapiens)

GDP Mannose Transporter

(S. cerevisiae)

TMEM241 (H. sapiens)100%19.9%23.9%19.0%
UGTREL7 (H. sapiens)19.9%100%52.2%18.8%
UGTREL8 (H. sapiens)23.9%52.2%100%19.9%
Transportér manózy GDP

(S. cerivisiae)

19.0%18.8%19.9%100%

Reference

  1. ^ „Entrez Gene: Transmembrane protein 241“. Citováno 2013-05-09.
  2. ^ A b „Transmembránový protein TMEM241 241 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2016-02-28.
  3. ^ A b „NCBI NM_032933.5“. Citováno 6. února 2016.
  4. ^ "miRDB - MicroRNA Target predikce a databáze funkčních studií". mirdb.org. Citováno 2016-04-30.
  5. ^ Brendel, V; Bucher, P; Nourbakhsh, I.R; Blaisdell, B.E .; Karlin, S (1992). "Metody a algoritmy pro statistickou analýzu proteinových sekvencí". Proc. Natl. Acad. Sci. 89 (6): 2002–2006. doi:10.1073 / pnas.89.6.2002. PMC  48584. PMID  1549558.
  6. ^ "SOSUI: Výsledek". harrier.nagahama-i-bio.ac.jp. Citováno 2016-04-24.
  7. ^ "Fobius". phobius.sbc.su.se. Citováno 2016-04-24.
  8. ^ „Server DAS-TMfilter“. mendel.imp.ac.at. Citováno 2016-04-24.
  9. ^ „VRG4 | SGD“. www.yeastgenome.org. Citováno 2016-04-30.
  10. ^ A b Hansen, H.G .; Schmidt, J. D .; Soltoft, C. L .; Ramming, T .; Geertz-Hansen, H. M .; Christensen, B .; Sorensen, E. S .; Juncker, A. S .; Appenzeller-Herzog, C .; Ellgaard, L. (1. října 2012). „Hyperaktivita oxidázy Ero1 vyvolává stres endoplazmatického retikula, ale žádná široká antioxidační odpověď“. Journal of Biological Chemistry. 287 (47): 39513–39523. doi:10,1074 / jbc.M112.405050. PMC  3501080. PMID  23027870.
  11. ^ A b C d „Vítejte v CBS“. www.cbs.dtu.dk. Citováno 2016-04-24.
  12. ^ A b „CSS-Palm - Palmitoylation Site Prediction“. csspalm.biocuckoo.org. Citováno 2016-04-24.
  13. ^ "transmembránový protein 241 izoforma 1 [Homo sapiens] - protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2016-04-30.
  14. ^ "mentha: interaktivní prohlížeč". mentha.uniroma2.it. Citováno 2016-05-04.
  15. ^ „GDS3834 / 12797 / TMEM241“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2016-04-24.
  16. ^ Pelleri, Maria; Piovesan, Allison; Caracausi, Maria; Berardi, Anna; Vitale, Lorenza; Strippoli, Pierluigi (2014). „Integrované diferenciální transkriptomové mapy akutní megakaryoblastické leukémie (AMKL) u dětí s Downovým syndromem (DS) nebo bez něj“. BMC Medical Genomics. 7 (1): 63. doi:10.1186 / s12920-014-0063-z. PMC  4304173. PMID  25476127.
  17. ^ Živé ploty, SB; Marin, J; Suleski, M; Kumar, S. „TimeTree :: The Timescale of Life“. www.timetree.org. Citováno 2016-04-27.
  18. ^ A b Pearson, W. R. (1990). "Rychlé a citlivé srovnání sekvencí s FASTP a FASTA". Metody v enzymologii. 183: 63–98. doi:10.1016 / 0076-6879 (90) 83007-v. ISBN  9780121820848. PMID  2156132.
  19. ^ A b „ALIGN“. Archivovány od originál dne 11. 8. 2003.
  20. ^ „Transportér kyseliny UDP-glukuronové / UDP-N-acetylgalaktosaminu [Homo sapien - Protein - NCBI]“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2016-02-28.
  21. ^ „SLC35D1 rodina nosičů rozpuštěných látek 35 členů D1 [Homo sapiens (člověk)] - gen - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2016-04-26.

Další čtení