Otevřený jazyk syntetické biologie - Synthetic Biology Open Language

The Otevřený jazyk syntetické biologie (SBOL)[1] je navrhovaný datový standard pro výměna syntetická biologie vzory mezi softwarové balíčky.[2] Vyvíjí ji skupina SBOL Developers Group[3] od roku 2008. Tato skupina si klade za cíl vyvinout standard způsobem, který je otevřený a demokratický, aby zahrnoval co nejvíce zájmů a aby se zabránilo nadvládě nad jedinou společností. Tato skupina si rovněž klade za cíl vyvinout a vylepšit designový standard v průběhu času, protože oblast syntetické biologie odráží tento vývoj.

A jazyk grafického modelování K vizualizaci návrhů SBOL byl také vytvořen tzv. SBOL visual.[4]

Standardní vizuální symboly syntetické biologie Open Language (SBOL): promotér, vazebné místo primeru, CD, místo omezení, atd.

Zprávy

Verzedatum
1.0Listopadu 2011
1.1Říjen 2012
2.0Červenec 2015
2.1.0Říjen 2016[5]

Reference

  1. ^ „Otevřený jazyk syntetické biologie (SBOL)“.
  2. ^ Galdzicki, Michal; Clancy, Kevin P; Oberortner, Ernst; Pocock, Matthew; Quinn, Jacqueline Y; Rodriguez, Cesar A; Roehner, Nicholas; Wilson, Mandy L; Adam, Laura; Anderson, J. Christopher; Bartley, Bryan A; Beal, Jacob; Chandran, Deepak; Chen, Joanna; Densmore, Douglas; Endy, Drew; Grünberg, Raik; Hallinan, Jennifer; Hillson, Nathan J; Johnson, Jeffrey D; Kuchinsky, Allan; Lux, Matthew; Misirli, Goksel; Peccoud, Jean; Plahar, Hector A; Sirin, Evren; Stan, Guy-Bart; Villalobos, Alan; Wipat, Anil; Gennari, John H; Myers, Chris J; Sauro, Herbert M (6. června 2014). „Otevřený jazyk syntetické biologie (SBOL) poskytuje komunitní standard pro komunikaci vzorů v syntetické biologii“. Přírodní biotechnologie. 32 (6): 545–550. doi:10,1038 / nbt.2891. PMID  24911500.
  3. ^ https://sbolstandard.org/development/gov/
  4. ^ Quinn, Jacqueline Y .; Cox, Robert Sidney; Adler, Aaron; Beal, Jacob; Bhatia, Swapnil; Cai, Yizhi; Chen, Joanna; Clancy, Kevin; Galdzicki, Michal; Hillson, Nathan J .; Le Novère, Nicolas; Maheshwari, Akshay J .; McLaughlin, James Alastair; Myers, Chris J .; P, Umesh; Pocock, Matthew; Rodriguez, Cesar; Soldatova, Larisa; Stan, Guy-Bart V .; Swainston, Neil; Wipat, Anil; Sauro, Herbert M. (3. prosince 2015). „SBOL Visual: Grafický jazyk pro genetické vzory“. PLOS Biology. 13 (12): e1002310. doi:10.1371 / journal.pbio.1002310. PMC  4669170. PMID  26633141.
  5. ^ Beal, Jacob; Cox, Robert Sidney; Grünberg, Raik; McLaughlin, James; Nguyen, Tramy; Bartley, Bryan; Bissell, Michael; Choi, Kiri; Clancy, Kevin; MacKlin, Chris; Madsen, Curtis; Misirli, Goksel; Oberortner, Ernst; Pocock, Matthew; Roehner, Nicholas; Samineni, Meher; Zhang, Michael; Zhang, Zhen; Zundel, Zach; Gennari, John H .; Myers, Chris; Sauro, Herbert; Wipat, Anil (2016). „Otevřená verze syntetické biologie (SBOL) verze 2.1.0“. Journal of Integrative Bioinformatics. 13 (3): 291. doi:10.1515 / jib-2016-291. PMID  28187407.