Stabilní izotopové sondování - Stable-isotope probing

Stabilní izotopové sondování (SIP) je technika v mikrobiální ekologie pro sledování toků živiny v biogeochemické cyklování mikroorganismy. Substrát je obohacen o těžší stabilní izotop který je konzumován organizmy, které mají být studovány.^[1]^[2] Biomarkery s těžšími izotopy začleněnými do nich lze oddělit od biomarkerů obsahujících přirozeně hojnější lehký izotop isopycnic centrifugace. Například, ¹³ CO₂ lze použít ke zjištění, které organismy jsou aktivně aktivní fotosyntéza nebo konzumovat nový fotosyntát. Jako biomarker DNA s ¹³C se potom oddělí od DNA pomocí ¹²C odstředěním. Sekvenování DNA identifikuje, které organismy konzumovaly existující sacharidy a které nedávno používaly sacharidy vyrobené z fotosyntézy.^[3]

Když je DNA biomarker, lze SIP provést pomocí izotopově značeného C, H, O nebo N, ačkoli ¹³C se používá nejčastěji. Slabší posun hustoty DNA je pozorován, když ¹⁵N- versus ¹³Substráty značené C byly použity v čisté kultuře. Naopak, při použití obou štítků byl pozorován velmi silný posun hustoty vztlaku.^[4]

Viz také

Stabilní značení izotopů aminokyselinami v buněčné kultuře

Reference

^ Dumont MG, Murrell JC (červen 2005). Msgstr "Stabilní izotopové sondování - propojení mikrobiální identity s funkcí". Recenze přírody. Mikrobiologie. 3 (6): 499–504. doi:10.1038 / nrmicro1162. PMID 15886694. S2CID 24051877.
^ Neufeld JD, Dumont MG, Vohra J, Murrell JC (duben 2007). "Metodické úvahy pro použití stabilního izotopového sondování v mikrobiální ekologii". Mikrobiální ekologie. 53 (3): 435–42. doi:10.1007 / s00248-006-9125-x. PMID 17072677. S2CID 9417066.
^ Radajewski S, Ineson P, Parekh NR, Murrell JC (únor 2000). "Stabilní izotopové sondování jako nástroj v mikrobiální ekologii". Příroda. 403 (6770): 646–9. doi:10.1038/35001054. PMID 10688198. S2CID 4395764.
^ Cupples AM, Shaffer EA, Chee-Sanford JC, Sims GK (2007). „Plovoucí hustota DNA se posune během stabilního izotopového sondování 15N-DNA“. Mikrobiologický výzkum. 162 (4): 328–34. doi:10.1016 / j.micres.2006.01.016. PMID 16563712.

Další čtení

Berry D, Loy A (prosinec 2018). "Stabilní izotopové sondování funkce lidského a zvířecího mikrobiomu". Trendy v mikrobiologii. 26 (12): 999–1007. doi:10.1016 / j.tim.2018.06.004. PMC 6249988. PMID 30001854.
Egert M, Weis S, Schnell S (říjen 2018). „Stabilní sondování na bázi izotopů na bázi RNA (RNA-SIP) k rozpletení intestinálních interakcí hostitel-mikrob“. Metody. San Diego, Kalifornie. 149: 25–30. doi:10.1016 / j.ymeth.2018.05.022. PMID 29857194.
Jiang B, Jin N, Xing Y, Su Y, Zhang D (listopad 2018). „Odhalení nekultivovatelných degradátorů pesticidů pomocí stabilního izotopového sondování (SIP)“ (PDF). Kritické recenze v biotechnologii. 38 (7): 1025–1048. doi:10.1080/07388551.2018.1427697. PMID 29385846. S2CID 1218065.
Wegener G, Kellermann MY, Elvert M (říjen 2016). "Sledovací aktivita a funkce mikroorganismů stabilním izotopovým sondováním membránových lipidů". Aktuální názor na biotechnologie. 41: 43–52. doi:10.1016 / j.copbio.2016.04.022. PMID 27179643.

[Dumont_2005-1] Dumont MG, Murrell JC (červen 2005). Msgstr "Stabilní izotopové sondování - propojení mikrobiální identity s funkcí". Recenze přírody. Mikrobiologie. 3 (6): 499–504. doi:10.1038 / nrmicro1162. PMID 15886694. S2CID 24051877.

[Neufeld_2007-2] Neufeld JD, Dumont MG, Vohra J, Murrell JC (duben 2007). "Metodické úvahy pro použití stabilního izotopového sondování v mikrobiální ekologii". Mikrobiální ekologie. 53 (3): 435–42. doi:10.1007 / s00248-006-9125-x. PMID 17072677. S2CID 9417066.

[radajeweksi-3] Radajewski S, Ineson P, Parekh NR, Murrell JC (únor 2000). "Stabilní izotopové sondování jako nástroj v mikrobiální ekologii". Příroda. 403 (6770): 646–9. doi:10.1038/35001054. PMID 10688198. S2CID 4395764.

[Cupples_2007-4] Cupples AM, Shaffer EA, Chee-Sanford JC, Sims GK (2007). „Plovoucí hustota DNA se posune během stabilního izotopového sondování 15N-DNA“. Mikrobiologický výzkum. 162 (4): 328–34. doi:10.1016 / j.micres.2006.01.016. PMID 16563712.

[1]

[2]

[3]

[4]