Ruegeria - Ruegeria

Ruegeria
Vědecká klasifikace
Doména:	Bakterie
Kmen:	Proteobakterie
Třída:	Alphaproteobacteria
Objednat:	Rhodobacterales
Rodina:	Rhodobacteraceae
Rod:	Ruegeria; Uchino et al. 1999
Zadejte druh
	Ruegeria atlantica (Rüger a Höfle 1992) Uchino et al. 1999;
Druh
	Ruegeria arenilitoris Park and Yoon 2013; Ruegeria atlantica (Rüger a Höfle 1992) Uchino et al. 1999; Ruegeria conchae Závětří et al. 2012; Ruegeria faecimaris Ach et al. 2011; Ruegeria halocynthiae Kim et al. 2012; Ruegeria intermedia Kämpfer et al. 2013; Ruegeria lacuscaerulensis (Petursdottir a Kristjansson 1999) Yi et al. 2007; Ruegeria marina Huo et al. 2011; Ruegeria mobilis Muramatsu et al. 2007; Ruegeria pomeroyi (González et al. 2003) Yi et al. 2007; Ruegeria scottomollicae Vandecandelaere et al. 2008;
Synonyma
	Ruegeria Uchino et al. 1999 vychází. Martens et al. 2006; Ruegeria Uchino et al. 1999 vychází. Yi et al. 2007; Silicibacter Petursdottir a Kristjansson 1999;

v taxonomie, Ruegeria je rod z Rhodobacteraceae.^[1] Tento rod byl dříve známý jako mořský Agrobacterium před jejich reklasifikací v roce 1998. Ve skutečnosti nese jméno německého mikrobiologa Hanse-Jürgena Rügera za jeho příspěvek k taxonomii mořských druhů Agrobacterium.^[2]

Vlastnosti

Rod se vyznačuje členy, kteří jsou:^[3]

Gramnegativní (jako všechny proteobakterie)
vejčité až tyčinkovité buňky 0,6–1,6 × 1,0–4,0 µm
pohyblivé polárními bičíky, nebo nepohyblivé
ne-sporeformátoři
aerobní
oxidáza a kataláza pozitivní
nejsou schopni fotosyntetického růstu
bakteriochlorofyl a není přítomen
hlavní, důležitý chinon je ubichinon 10
mol% G + C DNA je 55–59
člen rodiny Rhodobacteraceae, který je fenotypicky, metabolicky, ekologicky rozmanitý a je definován na základě dat sekvencí 16S

Fylogeneticky je velmi blízký rodu Silicibacter, ale oba zůstávají oddělenými druhy kvůli fenotypovým rozdílům - dva druhy, pro které je to problematické, jsou Ruegeria lacuscaerulensis a Ruegeria pomeroyi.^[4]^[5]

Dva druhy, které byly z rodu odstraněny, jsou Marinovum algicola (Ruegeria algicola) a Thalassobius gelatinovorus (Ruegeria gelatinovora).^[6]^{[a tam uvedené odkazy]}

Malé nekódující RNA

Vysoce hojné bakteriální malé RNA Bylo prokázáno, že jsou přítomny v bakteriích vystavených chronickému omezením živin. v Ruegeria pomeroyi Analýza RNAseq identifikovala 99 domnělých sRNA.^[7] Regulační mechanismy bakteriálních sRNA jsou obvykle založeny na přímé interakci RNA-RNA s cílovou mRNA.^[8] Cílové genové skupiny identifikované Rivers et al. byly geny zapojené do transportu, geny zprostředkující buněčné interakce, signální transdukce a transkripční regulace.

Reference

^ ^A ^b "Položka LPSN pro Ruegeria". Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře. Citováno 24. dubna 2014.
^ Uchino Y, Hirata A, Yokota A, Sugiyama J (1998). „Reklasifikace námořních lodí Agrobacterium druhy: návrhy Stappia stellulata gen. nov., hřeben. listopad., Stappia aggregata sp. nov., nom. rev., Ruegeria atlantica gen. nov., hřeben. listopad., Ruegeria gelatinovora Hřeben. listopad., Ruegeria algicola Hřeben. listopadu a Ahrensia kieliense gen. nov., sp. nov., nom. rev ". J Gen Appl Microbiol. 44 (3): 201–210. doi:10,2323 / jgam.44.201. PMID 12501429.
^ Don J. Brenner; Noel R. Krieg; James T. Staley (26. července 2005) [1984 (Williams & Wilkins)]. George M. Garrity (ed.). Proteobakterie. Bergeyho příručka systematické bakteriologie. 2C (2. vyd.). New York: Springer. str.1388. ISBN 978-0-387-24145-6. Britská knihovna č. GBA561951.
^ YI (H.), LIM (Y.W.) a CHUN (J.): Taxonomické hodnocení rodů Ruegeria a Silicibacter: návrh na převod rodu Silicibacter Petursdottir a Kristjansson 1999 do rodu Ruegeria Uchino et al. 1999. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2007, 57, 815-819.
^ MURAMATSU (Y.), UCHINO (Y.), KASAI (H.), SUZUKI (K.) a NAKAGAWA (Y.): Ruegeria mobilis sp. listopadu., člen Alphaproteobacteria izolovaných v Japonsku a Palau. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2007, 57, 1304 - 1309
^ Vstup do Ruegerie v LPSN; Euzéby, J.P. (1997). „Seznam bakteriálních jmen se stálým názvoslovím: složka dostupná na internetu“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 47 (2): 590–2. doi:10.1099/00207713-47-2-590. PMID 9103655.
^ Rivers, Adam R .; Burns, Andrew S .; Chan, Leong-Keat; Moran, Mary Ann (01.01.2016). „Experimentální identifikace malých nekódujících RNA v modelu Marine Bacterium Ruegeria pomeroyi DSS-3“. Hranice v mikrobiologii. 7: 380. doi:10.3389 / fmicb.2016.00380. ISSN 1664-302X. PMC 4809877. PMID 27065955.
^ Gottesman, Susan; Storz, Gisela (01.12.2011). „Bakteriální malé regulátory RNA: univerzální role a rychle se vyvíjející variace“. Perspektivy Cold Spring Harbor v biologii. 3 (12): a003798. doi:10.1101 / cshperspect.a003798. ISSN 1943-0264. PMC 3225950. PMID 20980440.

Další čtení

Vědecké časopisy

Martens T, Heidorn T, Pukall R, Simon M, Tindall BJ, Brinkhoff T (2006). „Reklasifikace Roseobacter gallaeciensis Ruiz-Ponte et al. 1998 jako Phaeobacter gallaeciensis gen. Nov., Komb. Nov., Popis Phaeobacter inhibuje sp. Nov., Členové kmene Roseobacter produkující antibiotika, reklasifikace Ruegeria algicola (Lafay et 1995) Uchino et al. 1998 jako Marinovum algicola gen. nov., komb. nov. a upravené popisy rodů Roseobacter, Ruegeria a Leisingera ". Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 56 (Pt 6): 1293–1304. doi:10.1099 / ijs.0.63724-0. PMID 16738106.

Vědecké knihy

Garrity GM, Holt JG (2001). "Taxonomický obrys archaeí a bakterií". V DR Boone, RW Castenholz (eds.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the hluboce se rozvětvující a fototrofní bakterie (2. vyd.). New York: Springer Verlag. str.155–166. ISBN 978-0-387-98771-2.

Vědecké databáze

externí odkazy

Tento Alphaproteobacteria související článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[LPSN-1] A ^b "Položka LPSN pro Ruegeria". Seznam prokaryotických jmen se Stálým v nomenklatuře. Citováno 24. dubna 2014.

[Uchino-2] Uchino Y, Hirata A, Yokota A, Sugiyama J (1998). „Reklasifikace námořních lodí Agrobacterium druhy: návrhy Stappia stellulata gen. nov., hřeben. listopad., Stappia aggregata sp. nov., nom. rev., Ruegeria atlantica gen. nov., hřeben. listopad., Ruegeria gelatinovora Hřeben. listopad., Ruegeria algicola Hřeben. listopadu a Ahrensia kieliense gen. nov., sp. nov., nom. rev ". J Gen Appl Microbiol. 44 (3): 201–210. doi:10,2323 / jgam.44.201. PMID 12501429.

[3] Don J. Brenner; Noel R. Krieg; James T. Staley (26. července 2005) [1984 (Williams & Wilkins)]. George M. Garrity (ed.). Proteobakterie. Bergeyho příručka systematické bakteriologie. 2C (2. vyd.). New York: Springer. str.1388. ISBN 978-0-387-24145-6. Britská knihovna č. GBA561951.

[4] YI (H.), LIM (Y.W.) a CHUN (J.): Taxonomické hodnocení rodů Ruegeria a Silicibacter: návrh na převod rodu Silicibacter Petursdottir a Kristjansson 1999 do rodu Ruegeria Uchino et al. 1999. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2007, 57, 815-819.

[5] MURAMATSU (Y.), UCHINO (Y.), KASAI (H.), SUZUKI (K.) a NAKAGAWA (Y.): Ruegeria mobilis sp. listopadu., člen Alphaproteobacteria izolovaných v Japonsku a Palau. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2007, 57, 1304 - 1309

[6] Vstup do Ruegerie v LPSN; Euzéby, J.P. (1997). „Seznam bakteriálních jmen se stálým názvoslovím: složka dostupná na internetu“. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 47 (2): 590–2. doi:10.1099/00207713-47-2-590. PMID 9103655.

[7] Rivers, Adam R .; Burns, Andrew S .; Chan, Leong-Keat; Moran, Mary Ann (01.01.2016). „Experimentální identifikace malých nekódujících RNA v modelu Marine Bacterium Ruegeria pomeroyi DSS-3“. Hranice v mikrobiologii. 7: 380. doi:10.3389 / fmicb.2016.00380. ISSN 1664-302X. PMC 4809877. PMID 27065955.

[8] Gottesman, Susan; Storz, Gisela (01.12.2011). „Bakteriální malé regulátory RNA: univerzální role a rychle se vyvíjející variace“. Perspektivy Cold Spring Harbor v biologii. 3 (12): a003798. doi:10.1101 / cshperspect.a003798. ISSN 1943-0264. PMC 3225950. PMID 20980440.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]