Multiplex Plus druhé generace - Second Generation Multiplex Plus
Multiplex Plus druhé generace (SGM Plus), je Profilování DNA systém vyvinutý společností Applied Biosystems. Je to aktualizovaná verze Multiplex druhé generace. SGM Plus byl používán Britská národní databáze DNA od roku 1998.
Profil SGM Plus se skládá ze seznamu 10 číselných párů, jeden číselný pár pro každý z 10 genetické markery, spolu se dvěma písmeny (XX nebo XY), která označují výsledek testu pohlaví. Každý číselný pár označuje dva alela hodnoty pro značku - jedna hodnota je zděděna od každého z rodičů subjektu. Pokud jsou obě alely stejné, zaznamená se pouze jedno číslo, nikoli pár.
Genetické markery
Genetické markery (nebo loci ), které používá SGM Plus, jsou všechny krátké tandemové opakování (STR). Použité značky jsou: VWA, D8S1179, D21S11, D18S51, TH01, FGA, D3S1358, D16S539, D2S1338 a D19S433. Tam, kde označení markeru začíná písmenem D, číslice bezprostředně následující za písmenem D označují chromozóm který obsahuje značku. Například D21S11 je zapnutý chromozom 21. SGM Plus také používá amelogenin (amelo) test indikující pohlaví.
SGM Plus se liší od SGM v tom, že SGM nepoužívá značky D3S1358, D16S539, D2S1338 a D19S433.
SGM Plus má osm společných značek CODIS FGA, TH01, VWA, D3S1358, D8S1179, D16S539, D18S51 a D21S11. Liší se od CODIS v tom, že používá další značky D2S1338 a D19S433 a nepoužívá pět značek CSF1PO, TPOX, D5S818, D7S820, D13S317.[1]
| Místo označení | Chromozóm umístění | Společný motiv sekvence | Alela rozsah | Rozsah velikostí (bp) | Barvicí štítek |
|---|---|---|---|---|---|
| FGA | 4q28 | (TTTC)3TTTT TTCT (CTTT)n CTCC (TTCC)2 | 12.2-51.2 | 215–353 | NED |
| TH01 | 11p15.5 | (AATG)n | 3-14 | 165–204 | NED |
| VWA | 12p12-pter | TCTA (TCTG)3-4(TCTA)n | 10-25 | 157–209 | 5-FAM |
| D2S1338 | 2q35–37.1 | (TGCC)n(TTCC)n | 15-28 | 289–341 | 5-FAM |
| D3S1358 | 3p | TCTA (TCTG)1-3 (TCTA)n | 8-21 | 114–142 | 5-FAM |
| D8S1179 | 8 | (TCTR)n | 7-20 | 128–172 | JOE |
| D16S539 | 16q24-qter | (AGAT)n | 5-16 | 234–274 | 5-FAM |
| D18S51 | 18q21.3 | (AGAA)n | 7-39.2 | 26–345 | JOE |
| D19S433 | 19q12–13.1 | (AAGG) (AAAG) (AAGG) (TAGG) (AAGG)n | 9-17.2 | 106–140 | NED |
| D21S11 | 21q11.2 – q21 | (TCTA)n(TCTG)n[(TCTA)3TA (TCTA)3TCA (TCTA)2TCCA TA] (TCTA)n | 12-41.2 | 187–243 | JOE |
| Amelogenin | X: p22.1–22.3 Y: str. 11.2 | — | — | 107 113 | JOE |
Barvicí značky
Primery jsou označeny následujícími fluorescenčními barvivy pro detekci elektroforézou:
- 5-FAM
- JOE
- NED
Primery pro každý lokus jsou uspořádány na barvivech v následujícím pořadí, od nízké molekulové hmotnosti po velkou molekulovou hmotnost:
- 5-FAM: D3, VWA, D16, D2
- JOE: Amelo, D8, D21, D18
- NED: D19, THO, FGA
Barvy, ke kterým je každý primer připojen, se liší od barviv původního systému profilování systému SGM DNA.
Příklad profilu SGM Plus
Profil SGM Plus subjektu GT36865 z a Národní institut pro standardy a technologie papír je uveden níže:[3]
| Místo | Hodnoty alely |
|---|---|
| FGA | 22,22 |
| TH01 | 6,7 |
| VWA | 14,16 |
| D2S1338 | 19,24 |
| D3S1358 | 17,17 |
| D8S1179 | 13,14 |
| D16S539 | 9,13 |
| D18S51 | 13,16 |
| D19S433 | 14,15 |
| D21S11 | 30,30 |
| Amelogenin | XX |
Profil SGM Plus získaný z databáze DNA by pouze uvedl hodnoty alely:[5]
15,18; 6,9; 11,13; 22,22; 31,32,2; 14,17; 17,20; 11,12; 13,16,3; 15,16; XY
Každá hodnota je počet tandemové opakování v alele. Nestandardní opakování je označeno počtem kompletních opakovacích jednotek a počtem párů bází částečného opakování oddělených desetinnou čárkou.
Pravděpodobnost identity
Pravděpodobnost identifikace (také známá jako náhodná shoda) je pravděpodobnost, že dva náhodně vybraní jedinci budou mít stejný genetický profil.
Společnost Applied Biosystems odhaduje pravděpodobnost identity SGM Plus na přibližně 1 ze 13 bilionů Afroameričanů a 1 ze 3,3 bilionu kavkazských Američanů.[6]
The Komise pro lidskou genetiku uvedl, že pravděpodobnost náhodného shody je v oblasti 1 za bilion. Avšak uvedl: „Když byl systém profilování SGM Plus poprvé zaveden, došlo ve vědecké komunitě k dohodě, že identifikace s pravděpodobností shody menší než jedna ku miliardě nebudou u soudů citovány, aby se zabránilo nadhodnocování hodnoty důkazy DNA, které berou v úvahu pravděpodobnosti shody, jsou pouze odhady a zajišťují, aby použitá číslice byla pro neodborníky smysluplná. ““[7]
Spojené království Korunní prokuratura uvádí: „Profilování DNA SGM Plus DNA je mezi jednotlivci velmi diskriminační. Pravděpodobnost náhodného získání shody mezi profily dvou nepříbuzných jedinců je velmi nízká, řádově 1 ku miliardě. Zatím však nebylo možné provést požadovat statistické testování, abychom mohli citovat tuto pravděpodobnost shody, a v praxi se používá konzervativnější číslo shody 1: 1 000 milionů. “[8]
Viz také
Reference
- ^ http://www.cstl.nist.gov/strbase/pub_pres/Butler2006JFS_coreSTRreview.pdf
- ^ http://www.cstl.nist.gov/strbase/pub_pres/Butler2006JFS_coreSTRreview.pdf
- ^ "Pro záznam" (PDF). Citovat deník vyžaduje
| deník =(Pomoc) - ^ http://www.cstl.nist.gov/biotech/strbase/NISTpopdata/JFS2003IDresults.xls
- ^ „Archivovaná kopie“. Archivovány od originál dne 03.03.2010. Citováno 2010-03-02.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
- ^ Uživatelská příručka Amplification Kit AmpFlSTR SGM Plus PCR (PDF). s. 14–12.
- ^ Komise pro lidskou genetiku. Není se co skrývat, čeho se bát? str.49 (PDF) (Zpráva).
- ^ Korunní prokuratura. „B4. Náhodné (náhodné) shody DNA“.