SYBR Safe - SYBR Safe - Wikipedia

SYBR Safe
SYBR Safe.svg
Jména
Název IUPAC
(Z) -4 - ((3-methylbenzo [d] thiazol-2 (3H) -yliden) methyl) -1-propylchinolin-1 -um 4-methylbenzensulfonát
Identifikátory
Vlastnosti
C28H28N2Ó3S2
Molární hmotnost504.66 g · mol−1
RozpustnostRozpustný v dimethylsulfoxid
Pokud není uvedeno jinak, jsou uvedeny údaje o materiálech v nich standardní stav (při 25 ° C [77 ° F], 100 kPa).
šekY ověřit (co je šekY☒N ?)
Reference Infoboxu

SYBR Safe je kyaninové barvivo[1] používá se jako nukleová kyselina skvrna v molekulární biologie.[2] SYBR Safe je jedním z řady barviv SYBR vyráběných společností Life Technologies Corporation. SYBR Safe se váže na DNA. Výsledný komplex DNA-barvivo absorbuje modré světlo (λmax = 509 nm) a vyzařuje zelené světlo (λmax = 524 nm).

Bezpečnost

SYBR Safe je uváděn na trh jako bezpečnější alternativa k ethidiumbromid.[3] Jelikož je však samotná molekula o něco větší než ethidiumbromid, neváže se tak snadno na kolonu gelové extrakce, takže je méně efektivní při pokusu o klonování fragmentu DNA do plazmidu. SYBR Safe má velmi podobný struktura na thiazolovou oranžovou,[4][5][6] který má methylovou skupinu připojenou k nabitému dusíku, zatímco SYBR Safe má N-propylová skupina. Ukázalo se, že thiazolová oranžová je třikrát až čtyřikrát méně mutagenní než ethidiumbromid, zatímco SYBR Safe je čtyřikrát až pětkrát méně mutagenní.[7] Podle webu Life Technologies navíc SYBR Safe není smrtelný u potkanů ​​při dávkách vyšších než 5 g / kg a potkani nevykazují příznaky akutní toxicity. Thiazolová oranžová vykazuje při této dávce toxicitu.

Podobná cyaninová barviva

  • TO (Thiazole Orange)
  • SYBR Green I
  • SYBR Green II
  • SYBR zlato
  • YO (oxazolová žlutá)
  • PG (PicoGreen)

Viz také

  • GelGreen - konkurenční produkt s jinou molekulární strukturou a velikostí

Poznámky a odkazy

  1. ^ Evenson WE; Boden LM; Muzikar KA; O'Leary DJ (2012). „Přiřazení 1H a 13C NMR pro kyaninová barviva SYBR Safe a thiazolová oranžová“. Journal of Organic Chemistry. 77 (23): 10967–10971. doi:10.1021 / jo3021659. PMID  23137048.
  2. ^ nejčastěji se používá jako DNA barvivo v elektroforéza na agarózovém gelu
  3. ^ Haines, Alicia M .; Tobe, Shanan S .; Kobus, Hilton J .; Linacre, Adrian (březen 2015). "Vlastnosti barviv pro barvení nukleových kyselin používaných při gelové elektroforéze". Elektroforéza. 36 (6): 941–944. doi:10.1002 / elps.201400496.
  4. ^ O'Neil, Casey S .; Beach, Jacie L .; Gruber, Todd D. (červen 2018). „Thiazolová oranžová jako každodenní náhrada za ethidiumbromid a nákladná barviva DNA pro elektroforézu“. Elektroforéza. 39 (12): 1474–1477. doi:10.1002 / elps.201700489.
  5. ^ Evenson, William E .; Boden, Lauren M .; Muzikar, Katy A .; O’Leary, Daniel J. (27. listopadu 2012). „Přiřazení 1H a 13C NMR pro kyaninová barviva SYBR Safe a thiazolová oranžová“. The Journal of Organic Chemistry. 77 (23): 10967–10971. doi:10.1021 / jo3021659. PMID  23137048.
  6. ^ Biancardi, Alessandro; Tarita, Biver; Alberto, Marini; Benedetta, Mennucci; Fernando, Secco (2011). „Thiazolová oranžová (TO) jako sonda světelného spínače: kombinovaná kvantově-mechanická a spektroskopická studie“. Fyzikální chemie Chemická fyzika. 13 (27): 12595–12602. doi:10.1039 / C1CP20812H.
  7. ^ Evenson WE; Boden LM; Muzikar KA; O'Leary DJ (2012). „Přiřazení 1H a 13C NMR pro kyaninová barviva SYBR Safe a thiazolová oranžová“. Journal of Organic Chemistry. 77 (23): 10967–10971. doi:10.1021 / jo3021659. PMID  23137048.