SYBR Green I - SYBR Green I - Wikipedia

SYBR Green I
SYBR Green I.png
Jména
Název IUPAC
N ', N'-dimetyl-N- [4 - [(E) - (3-methyl-1,3-benzothiazol-2-yliden) methyl] -l-fenylchinolin-l-ium-2-yl] -N-propylpropan-1,3-diamin
Identifikátory
3D model (JSmol )
ChEMBL
Vlastnosti
C32H37N4S+
Molární hmotnost509.73 G /mol
RozpustnostNormálně dodáván solvatovaný v dimethylsulfoxid
Pokud není uvedeno jinak, jsou uvedeny údaje o materiálech v nich standardní stav (při 25 ° C [77 ° F], 100 kPa).
☒N ověřit (co je šekY☒N ?)
Reference Infoboxu

SYBR Green I (SG) je asymetrický kyaninové barvivo[1] používá se jako nukleová kyselina skvrna v molekulární biologie. Rodina barviv SYBR je vyráběna společností Molecular Probes Inc., nyní ve vlastnictví Thermo Fisher Scientific. SYBR Green I se váže DNA. Výsledný komplex DNA-barvivo nejlépe absorbuje modré světlo 497 nanometrů (λmax = 497 nm) a vyzařuje zelené světlo (λmax = 520 nm). Barvení se přednostně váže na dvouvláknovou DNA, ale obarví jednovláknovou (ss) DNA s nižším výkonem. SYBR Green může také barvit RNA s nižším výkonem než ssDNA.

Vzorek sledě spermatu obarveného SYBR Green v a kyveta osvětleno modrým světlem v epifluorescenční mikroskop. Zelená SYBR ve vzorku se váže na DNA spermií a po navázání fluoreskuje a při osvětlení modrým světlem vydává zelené světlo
Spektrogram SYBR Green I

Použití

SYBR Green nachází uplatnění v několika oblastech biochemie a molekulární biologie. Používá se jako barvivo pro kvantifikaci dvouvláknové DNA v některých metodách kvantitativní PCR.[2] Používá se také k vizualizaci DNA v Gelová elektroforéza. K barvení lze použít vyšší koncentrace SYBR Green agarózové gely za účelem vizualizace přítomné DNA. Kromě značení čistých nukleových kyselin lze SYBR Green také použít pro značení DNA v buňkách průtoková cytometrie a fluorescenční mikroskopie. V těchto případech RNáza může být vyžadováno ošetření ke snížení pozadí z RNA v buňkách.

Bezpečnost

SYBR Green I je prodáván jako náhrada za ethidiumbromid, potenciální člověk mutagen, protože je bezpečnější pracovat i bez komplexních problémů s likvidací odpadu ethidia. Nicméně jakékoli malá molekula schopné vázat DNA s vysokou afinitou karcinogen, včetně SYBR Green.

Ve studii využívající Amesův test, který měří schopnost chemických látek vyvolat mutace, nebyl při stanovení při stejné koncentraci zjištěn jasný vzorec relativních mutagenit ethaniumbromidu a SYBR green I.[3] Ethidiumbromid byl při vyšších koncentracích mutagennější.

Podobná cyaninová barviva

Viz také

Poznámky a odkazy

  1. ^ Zip H; Brunner H; Bernhagen J; Vitzthum F (2004). „Vyšetřování interkalace DNA a povrchové vazby pomocí SYBR Green I, stanovení její struktury a metodologické důsledky“. Výzkum nukleových kyselin. 32 (12): e103. doi:10.1093 / nar / gnh101. PMC  484200. PMID  15249599.
  2. ^ Mackay IM; Arden KE; Nitsche A (březen 2002). „PCR v reálném čase ve virologii“. Nucleic Acids Res. 30 (6): 1292–305. doi:10.1093 / nar / 30.6.1292. PMC  101343. PMID  11884626.
  3. ^ Singer VL; Lawlor TE; Yue S (únor 1999). „Srovnání mutagenity gelu na bázi nukleové kyseliny SYBR Green I a mutagenity ethidiumbromidu v testu reverzní mutace mikroorganismu Salmonella / savce (Amesův test)“. Mutační výzkum. 439 (1): 37–47. doi:10.1016 / s1383-5718 (98) 00172-7. PMID  10029672.