SRRM1 - SRRM1

SRRM1

Protein SRRM1 PDB 1mp1.png

Dostupné struktury

Lidské vyhledávání UniProt: PDBe RCSB

Seznam id kódů PDB
1MP1

Identifikátory

SRRM1, 160-KD, POP101, SRM160, serinová a argininová repetitivní matice 1

Externí ID

OMIM: 605975 HomoloGene: 136796 Genové karty: SRRM1

Umístění genu (člověk)

Chr.	Chromozom 1 (lidský)^[1]

Kapela	1p36.11	Start	24,631,716 bp^[1]
Kapela	1p36.11	Konec	24,673,267 bp^[1]

Exprese RNA vzor

Další údaje o referenčních výrazech

Genová ontologie
Molekulární funkce	• Vazba DNA • GO: 0001948 vazba na proteiny • Vazba RNA
Buněčná složka	• jaderná matice • cytosol • katalytický krok 2 spliceosom • spliceosomální komplex • buněčné jádro • nukleoplazma • jaderná skvrna
Biologický proces	• Sestřih RNA prostřednictvím transesterifikačních reakcí • Sestřih mRNA prostřednictvím spliceosomu • ukončení transkripce RNA polymerázy II • Zpracování mRNA • Zpracování mRNA 3'-end • export mRNA z jádra • Sestřih RNA • Export RNA z jádra
Zdroje:Amigo / QuickGO

Druh

Člověk

Myš


10250


n / a


ENSG00000133226


n / a


Q8IYB3


n / a

RefSeq (mRNA)


NM_001303448 NM_001303449 NM_005839


n / a

RefSeq (protein)

NP_001290377 NP_001290378 NP_005830 NP_001353494 NP_001353495
NP_001353496 NP_001353497 NP_001353498 NP_001353499 NP_001353500 NP_001353501 NP_001353502 NP_001353504 NP_001353505 NP_001353506 NP_001353507 NP_001353510 NP_001353511 NP_001353513 NP_001353514 NP_001353515 NP_001353516 NP_001353517 NP_001353518 NP_001353519 NP_001353520 NP_001353521 NP_001353522 NP_001353523 NP_001353524 NP_001353525 NP_001353526 NP_001353527 NP_001353528 NP_001353529


n / a

Místo (UCSC)

Chr 1: 24,63 - 24,67 Mb

n / a

PubMed Vyhledávání

^[2]

n / a

Zobrazit / upravit člověka

Serin / arginin repetitivní matrix protein 1 je protein že u lidí je kódován SRRM1 gen.^[3]^[4]

Interakce

SRRM1 bylo prokázáno komunikovat s CDC5L.^[5]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000133226 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Blencowe BJ, Issner R, Nickerson JA, Sharp PA (květen 1998). „Koaktivátor sestřihu pre-mRNA“. Genes Dev. 12 (7): 996–1009. doi:10,1101 / gad 12. 7. 996. PMC 316672. PMID 9531537.
^ "Entrez Gene: SRRM1 serin / arginin repetitive matrix 1".
^ Ajuh P, Kuster B, Panov K, Zomerdijk JC, Mann M, Lamond AI (prosinec 2000). „Funkční analýza lidského komplexu CDC5L a identifikace jeho složek hmotnostní spektrometrií“. EMBO J.. 19 (23): 6569–81. doi:10.1093 / emboj / 19.23.6569. PMC 305846. PMID 11101529.

Další čtení

Wang HY, Lin W, Dyck JA, Yeakley JM, Songyang Z, Cantley LC, Fu XD (1998). „SRPK2: diferenciálně exprimovaná kináza specifická pro SR proteiny zapojená do zprostředkování interakce a lokalizace faktorů sestřihu pre-mRNA v buňkách savců“. J. Cell Biol. 140 (4): 737–50. doi:10.1083 / jcb.140.4.737. PMC 2141757. PMID 9472028.
Wilson KF, Fortes P, Singh US, Ohno M, Mattaj IW, Cerione RA (1999). „Komplex vázající nukleární čepici je novým cílem transdukce signálu spojeného s receptorem růstového faktoru“. J. Biol. Chem. 274 (7): 4166–73. doi:10.1074 / jbc.274.7.4166. PMID 9933612.
Eldridge AG, Li Y, Sharp PA, Blencowe BJ (1999). „Spojovací koaktivátor SRm160 / 300 je vyžadován pro funkci zesilovače exonu“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 96 (11): 6125–30. doi:10.1073 / pnas.96.11.6125. PMC 26846. PMID 10339552.
Blencowe BJ, Baurén G, Eldridge AG, Issner R, Nickerson JA, Rosonina E, Sharp PA (2000). „Spojovací podjednotky SRm160 / 300 spojující“. RNA. 6 (1): 111–20. doi:10.1017 / S1355838200991982. PMC 1369899. PMID 10668804.
Le Hir H, Moore MJ, Maquat LE (2000). „Sestřih pre-mRNA mění složení mRNP: důkazy o stabilní asociaci proteinů na spojích exon-exon“. Genes Dev. 14 (9): 1098–108. PMC 316578. PMID 10809668.
McGarvey T, Rosonina E, McCracken S, Li Q, Arnaout R, Mientjes E, Nickerson JA, Awrey D, Greenblatt J, Grosveld G, Blencowe BJ (2000). „Akutní protein spojený s akutní myeloidní leukémií, DEK, tvoří interakci závislou na sestřihu s komplexy exon-produkt“. J. Cell Biol. 150 (2): 309–20. doi:10.1083 / jcb.150.2.309. PMC 2180225. PMID 10908574.
Le Hir H, Izaurralde E, Maquat LE, Moore MJ (2000). „Spliceosom ukládá více proteinů 20–24 nukleotidů před mRNA exon-exonové spoje“. EMBO J.. 19 (24): 6860–9. doi:10.1093 / emboj / 19.24.6860. PMC 305905. PMID 11118221.
Lykke-Andersen J, MD Shu, Steitz JA (2001). "Sdělení polohy spojení exon-exon do sledovacího zařízení mRNA proteinem RNPS1". Věda. 293 (5536): 1836–9. doi:10.1126 / science.1062786. PMID 11546874.
McCracken S, Lambermon M, Blencowe BJ (2002). „SRm160 sestřihový koaktivátor podporuje transkripci 3'-end štěpení“. Mol. Buňka. Biol. 22 (1): 148–60. doi:10.1128 / MCB.22.1.148-160.2002. PMC 134228. PMID 11739730.
Szymczyna BR, Pineda-Lucena A, Mills JL, Szyperski T, Arrowsmith CH (2002). „Přiřazení rezonancí 1H, 13C a 15N a sekundární struktura PWI domény ze SRm160 s použitím NMR se sníženou rozměrností“. J. Biomol. NMR. 22 (3): 299–300. doi:10.1023 / A: 1014904502424. PMID 11991360.
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR, Grigorieff N, Moore MJ (2002). „Čištění a charakterizace nativních spliceosomů vhodných pro trojrozměrnou strukturní analýzu“. RNA. 8 (4): 426–39. doi:10.1017 / S1355838202021088. PMC 1370266. PMID 11991638.
Lejeune F, Ishigaki Y, Li X, Maquat LE (2002). „Komplex exonového spojení je detekován na mRNA vázané na CBP80, ale ne na eIF4E v savčích buňkách: dynamika remodelace mRNP“. EMBO J.. 21 (13): 3536–45. doi:10.1093 / emboj / cdf345. PMC 126094. PMID 12093754.
Meissner M, Lopato S, Gotzmann J, Sauermann G, Barta A (2003). „Proto-onkoprotein TLS / FUS je spojen s jadernou matricí a komplexován s sestřihovými faktory PTB, SRm160 a SR proteiny“. Exp. Cell Res. 283 (2): 184–95. doi:10.1016 / S0014-4827 (02) 00046-0. PMID 12581738.
Szymczyna BR, Bowman J, McCracken S, Pineda-Lucena A, Lu Y, Cox B, Lambermon M, Graveley BR, Arrowsmith CH, Blencowe BJ (2003). „Struktura a funkce PWI motivu: nová doména vázající nukleové kyseliny, která usnadňuje zpracování pre-mRNA“. Genes Dev. 17 (4): 461–75. doi:10.1101 / gad.1060403. PMC 196000. PMID 12600940.
Wagner S, Chiosea S, Nickerson JA (2003). „Prostorové cílení a domény vázající jadernou matici SRm160“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 100 (6): 3269–74. doi:10.1073 / pnas.0438055100. PMC 152281. PMID 12624182.
McCracken S, Longman D, Johnstone IL, Cáceres JF, Blencowe BJ (2003). „Evolučně konzervovaná role SRm160 při zpracování na 3'-konci, která funguje nezávisle na tvorbě komplexu exonového spojení“. J. Biol. Chem. 278 (45): 44153–60. doi:10,1074 / jbc.M306856200. PMID 12944400.
Wagner S, Chiosea S, Ivshina M, Nickerson JA (2004). „FRAP in vitro odhaluje ATP-závislou jadernou mobilizaci proteinu komplexu exonového spojení SRm160“. J. Cell Biol. 164 (6): 843–50. doi:10.1083 / jcb.200307002. PMC 2172284. PMID 15024032.
Brill LM, Salomon AR, Ficarro SB, Mukherji M, Stettler-Gill M, Peters EC (2004). „Robustní fosfoproteomické profilování míst fosforylace tyrosinu z lidských T buněk pomocí imobilizované kovové afinitní chromatografie a tandemové hmotnostní spektrometrie“. Anální. Chem. 76 (10): 2763–72. doi:10.1021 / ac035352d. PMID 15144186.

externí odkazy

SRRM1 umístění lidského genu v UCSC Genome Browser.
SRRM1 podrobnosti o lidském genu v UCSC Genome Browser.

Tento článek o gen na lidský chromozom 1 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.