SETD6 - SETD6

SETD6
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	3QXY, 3RC0
Identifikátory
Aliasy	SETD6, Doména SET obsahující 6, doména SET obsahující 6, protein lysin methyltransferáza
Externí ID	OMIM: 616424 MGI: 1913333 HomoloGene: 38743 Genové karty: SETD6
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 16 (lidský)
Konec	58,521,181 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 8 (myš)
Konec	95,719,010 bp
Genová ontologie
Molekulární funkce	• aktivita methyltransferázy; • aktivita transferázy; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • Vazba NF-kappaB; • aktivita protein-lysin N-methyltransferázy;
Buněčná složka	• buněčné jádro; • nukleoplazma; • cytosol;
Biologický proces	• udržování populace kmenových buněk; • methylace histon-lysin; • methylace; • negativní regulace aktivity transkripčního faktoru NF-kappaB; • monometylace peptidyl-lysinu; • diferenciace kmenových buněk; • regulace zánětlivé reakce;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	79918
	66083
	ENSG00000103037
	ENSMUSG00000031671
	Q8TBK2
	Q9CWY3
	NM_001160305; NM_024860
	NM_001035123
	NP_001153777; NP_079136
	NP_001030295; NP_001355283
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

SET doména obsahující 6 je protein u lidí, který je kódován SETD6 gen.^[5]

SETD6 monomethyláty podjednotku RelA nukleárního faktoru kappa B (NF-kB). Monometylace RelA na lysinu 310 (RelAK310me1) vede ke konstitutivní represi cílových genů RelA rekrutováním proteinu podobného PKMT G9a (GLP), který katalyzuje H3K9me2 a vede k umlčení chromatinu a genové represi. V reakci na stimulaci TNFa a lipopolysacharidem fosforylace RelA na serinu 311 (RelAS311ph) pomocí PKCzeta fyzicky blokuje interakci mezi GLP a RelAK310me1, což vede k aktivaci transkripce.^[6]

PAK4 methylace pomocí SETD6 podporuje aktivaci dráhy Wnt / β-katenin. SETD6 váže a methyláty PAK4 jak in vitro, tak v buňkách na chromatinu. Vyčerpání SETD6 v různých buněčných liniích vede k dramatickému snížení exprese cílových genů Wnt / -katenin.^[7]

SETD6 se váže na, ale nemetyluje DJ1. Za bazálních podmínek se SETD6 a DJ1 spojují s chromatinem, který inhibuje DJ1, aby aktivoval transkripční aktivitu Nrf2. V reakci na oxidační stres jsou hladiny mRNA a proteinu SETD6 dramaticky sníženy.^[8]

SETD6 specificky váže a methyláty PLK1 během mitózy na K209 a K413. Vyčerpání SETD6, stejně jako dvojitá substituce lysinových zbytků (K209 / 413R), vede ke zvýšení katalytické aktivity PLK1, což vede k akceleraci různých mitotických kroků, končící časnou cytokinézou.^[9]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000103037 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031671 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Entrez Gene: SET doména obsahující 6“.
^ Levy D, Kuo AJ, Chang Y, Schaefer U, Kitson C, Cheung P, Espejo A, Zee BM, Liu CL, Tangsombatvisit S, Tennen RI, Kuo AY, Tanjing S, Cheung R, Chua KF, Utz PJ, Shi X , Prinjha RK, Lee K, Garcia BA, Bedford MT, Tarakhovsky A, Cheng X, Gozani O (leden 2011). „Lysinová methylace podjednotky NF-kB RelA pomocí SETD6 spojuje aktivitu histonmethyltransferázy GLP při chromatinu s tonickou represí signalizace NF-kB“. Přírodní imunologie. 12 (1): 29–36. doi:10.1038 / ni.1968. PMC 3074206. PMID 21131967.
^ Vershinin Z, Feldman M, Chen A, Levy D (březen 2016). „PAK4 methylace pomocí SETD6 podporuje aktivaci dráhy Wnt / β-katenin“. The Journal of Biological Chemistry. 291 (13): 6786–95. doi:10,1074 / jbc.M115,697292. PMC 4807267. PMID 26841865.
^ Chen A, Feldman M, Vershinin Z, Levy D (únor 2016). "SETD6 je negativní regulátor reakce na oxidační stres". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - regulační mechanismy genů. 1859 (2): 420–7. doi:10.1016 / j.bbagrm.2016.01.003. PMID 26780326.
^ Feldman M, Vershinin Z, Goliand I, Elia N, Levy D (leden 2019). „Methyltransferáza SETD6 reguluje mitotickou progresi prostřednictvím methylace PLK1“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 116 (4): 1235–1240. doi:10.1073 / pnas.1804407116. PMC 6347700. PMID 30622182.

Další čtení

Weil LE, Shmidov Y, Kublanovsky M, Morgenstern D, Feldman M, Bitton R, Levy D (říjen 2018). „Oligomerizace a auto-methylace lidské lysinmethyltransferázy SETD6“. Journal of Molecular Biology. 430 (21): 4359–4368. doi:10.1016 / j.jmb.2018.08.028. PMID 30189201.
Kublanovsky M, Aharoni A, Levy D (červenec 2018). "Vylepšené rozpoznávání substrátu PKMT prostřednictvím interakcí neaktivních stránek". Sdělení o biochemickém a biofyzikálním výzkumu. 501 (4): 1029–1033. doi:10.1016 / j.bbrc.2018.05.103. PMID 29778536.
Feldman M, Levy D (leden 2018). „Peptidová inhibice katalytické aktivity methyltransferázy SETD6“. Cílový cíl. 9 (4): 4875–4885. doi:10,18632 / oncotarget.23591. PMC 5797019. PMID 29435148.
Martín-Morales L, Feldman M, Vershinin Z, Garre P, Caldés T, Levy D (listopad 2017). "SETD6 dominantní negativní mutace v rodinném kolorektálním karcinomu typu X". Lidská molekulární genetika. 26 (22): 4481–4493. doi:10,1093 / hmg / ddx336. PMID 28973356.
Chang Y, Levy D, Horton JR, Peng J, Zhang X, Gozani O, Cheng X (srpen 2011). „Strukturální základ regulací sítě NF-kB zprostředkované SETD6 prostřednictvím signalizace methyl-lysinem“. Výzkum nukleových kyselin. 39 (15): 6380–9. doi:10.1093 / nar / gkr256. PMC 3159447. PMID 21515635.
Levy D, Liu CL, Yang Z, Newman AM, Alizadeh AA, Utz PJ, Gozani O (říjen 2011). „Proteomický přístup k identifikaci nových substrátů lysinmethyltransferázy“. Epigenetika a chromatin. 4: 19. doi:10.1186/1756-8935-4-19. PMC 3212905. PMID 22024134.</ref>

Tento článek o gen na lidský chromozom 16 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000103037 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000031671 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-5] „Entrez Gene: SET doména obsahující 6“.

[6] Levy D, Kuo AJ, Chang Y, Schaefer U, Kitson C, Cheung P, Espejo A, Zee BM, Liu CL, Tangsombatvisit S, Tennen RI, Kuo AY, Tanjing S, Cheung R, Chua KF, Utz PJ, Shi X , Prinjha RK, Lee K, Garcia BA, Bedford MT, Tarakhovsky A, Cheng X, Gozani O (leden 2011). „Lysinová methylace podjednotky NF-kB RelA pomocí SETD6 spojuje aktivitu histonmethyltransferázy GLP při chromatinu s tonickou represí signalizace NF-kB“. Přírodní imunologie. 12 (1): 29–36. doi:10.1038 / ni.1968. PMC 3074206. PMID 21131967.

[7] Vershinin Z, Feldman M, Chen A, Levy D (březen 2016). „PAK4 methylace pomocí SETD6 podporuje aktivaci dráhy Wnt / β-katenin“. The Journal of Biological Chemistry. 291 (13): 6786–95. doi:10,1074 / jbc.M115,697292. PMC 4807267. PMID 26841865.

[8] Chen A, Feldman M, Vershinin Z, Levy D (únor 2016). "SETD6 je negativní regulátor reakce na oxidační stres". Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - regulační mechanismy genů. 1859 (2): 420–7. doi:10.1016 / j.bbagrm.2016.01.003. PMID 26780326.

[9] Feldman M, Vershinin Z, Goliand I, Elia N, Levy D (leden 2019). „Methyltransferáza SETD6 reguluje mitotickou progresi prostřednictvím methylace PLK1“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 116 (4): 1235–1240. doi:10.1073 / pnas.1804407116. PMC 6347700. PMID 30622182.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]