MicA RNA - MicA RNA

SraD RNA
RF00078.jpg
Identifikátory
SymbolSraD
Alt. SymbolysraD
RfamRF00078
Další údaje
RNA typGen; sRNA
DoményBakterie
TAKSO: 0000655
PDB strukturPDBe

The MicA RNA (také známý jako SraD) je malý nekódující RNA který byl objeven v E-coli během velkoplošné obrazovky.[1] Vyjádření SraD je velmi hojné stacionární fáze, ale v systému bylo možné detekovat nízké hladiny exponenciálně roste buňky také.

Funkce

Tato RNA váže Hfq protein a reguluje úrovně genová exprese podle antisense mechanismus. Je známo, že cílí na gen OmpA E-coli a uzavírá vazebné místo pro ribozomy.[2] Za podmínek napětí v obálce je indukována transkripce micA. Slída, RybB RNA a MicL RNA transkripce je pod kontrolou faktor sigma sigma (E).[3][4][5] v E-coli, SraD také interaguje v cis a trans s druhy mRNA, luxS, ompA and phoP, resp. Toto pozorování popisuje MicA jako první známou sRNA, která provádí antisense regulaci v obou strukturních konfiguracích. Je známo, že MicA interaguje s mRNA kódující homolog syntázy snímající kvora, LuxS v E. coli a obě RNA jsou zpracovávány dvouvláknovou RNA endonukleázou, RNázou III. [6] Na základě jeho zachování to pravděpodobně platí u blízkých příbuzných a může to sloužit jako dlouhá nepolapitelná spojnice mezi stresem obálky a snímáním kvora.

PhoPQ dvousložkový systém je potlačen MicA. RNA se pravděpodobně spáruje s ribozomální vazebné místo phoP mRNA, čímž inhibuje translaci. To spojuje micA s buněčnými procesy, jako je Přeprava Mg (2+), virulence, Úpravy LPS a odolnost vůči antimikrobiálním peptidům.[7][8]

v S. typhimurium Bylo prokázáno, že společnost MicA je součástí biofilm formace. Bylo zjištěno, že luxS Bylo zjištěno, že proces tvorby mutantního biofilmu závisí na MicA v případech, kdy je kódující oblast genu odstraněna, nicméně stále není známo, do jaké míry je MicA zapojen do tohoto mechanismu. [9]

Místně zaměřená mutagensis byla použita ke konstrukci mutovaných forem forem MicA za účelem zkoumání determinantů RNA důležitých pro jeho stabilitu a funkci.[10] Každá zkoumaná 'doména' (5'lineární doména, strukturovaná oblast se dvěma kmenovými smyčkami, sekvence bohatá na A / U a 3 'poly (U) ocas) byla změněna bez ovlivnění celkové sekundární struktury MicA, nicméně každá Bylo zjištěno, že „doména“ má jiný dopad na stabilitu a schopnost MicA regulovat své více cílů.[10]

Reference

  1. ^ Argaman L, Hershberg R, Vogel J, Bejerano G, Wagner EG, Margalit H, Altuvia S (červen 2001). „Nové malé geny kódující RNA v intergenních oblastech Escherichia coli“. Aktuální biologie. 11 (12): 941–50. doi:10.1016 / S0960-9822 (01) 00270-6. PMID  11448770.
  2. ^ Udekwu KI, Darfeuille F, Vogel J, Reimegård J, Holmqvist E, Wagner EG (říjen 2005). „Hfq-závislá regulace syntézy OmpA je zprostředkována antisense RNA“. Geny a vývoj. 19 (19): 2355–66. doi:10,1101 / gad.354405. PMC  1240044. PMID  16204185.
  3. ^ Udekwu KI, Wagner EG (2007). „Sigma E řídí biogenezi antisense RNA MicA“. Výzkum nukleových kyselin. 35 (4): 1279–88. doi:10.1093 / nar / gkl1154. PMC  1851643. PMID  17267407.
  4. ^ Johansen J, Rasmussen AA, Overgaard M, Valentin-Hansen P (listopad 2006). „Zachovalé malé nekódující RNA, které patří do regulonu sigmaE: role při down-regulaci proteinů vnější membrány“. Journal of Molecular Biology. 364 (1): 1–8. doi:10.1016 / j.jmb.2006.09.004. PMID  17007876.
  5. ^ Guo MS, Updegrove TB, Gogol EB, Shabalina SA, Gross CA, Storz G (červenec 2014). „MicL, nová sRNA závislá na σE, bojuje proti stresu obalu potlačením syntézy Lpp, hlavního lipoproteinu vnější membrány“. Geny a vývoj. 28 (14): 1620–34. doi:10.1101 / gad.243485.114. PMC  4102768. PMID  25030700.
  6. ^ Udekwu KI (říjen 2010). „Transkripční a post-transkripční regulace mRNA luxS Escherichia coli lux; zapojení sRNA MicA“. PLOS ONE. 5 (10): e13449. Bibcode:2010PLoSO ... 513449U. doi:10.1371 / journal.pone.0013449. PMC  2956633. PMID  20976191.
  7. ^ Coornaert A, Lu A, Mandin P, Springer M, Gottesman S, Guillier M (duben 2010). „MicA sRNA spojuje regulon PhoP se stresem buněčné obálky“. Molekulární mikrobiologie. 76 (2): 467–79. doi:10.1111 / j.1365-2958.2010.07115.x. PMC  2925231. PMID  20345657.
  8. ^ Coornaert A, Chiaruttini C, Springer M, Guillier M (leden 2013). „Posttranskripční kontrola dvousložkového systému PhoQ-PhoP Escherichia coli více sRNA zahrnuje novou párovací oblast GcvB“. Genetika PLoS. 9 (1): e1003156. doi:10.1371 / journal.pgen.1003156. PMC  3536696. PMID  23300478.
  9. ^ Kint G, De Coster D, Marchal K, Vanderleyden J, De Keersmaecker SC (listopad 2010). „Malá regulační molekula RNA MicA se podílí na tvorbě biofilmu Salmonella enterica serovar Typhimurium“. Mikrobiologie BMC. 10: 276. doi:10.1186/1471-2180-10-276. PMC  2987988. PMID  21044338.
  10. ^ A b Andrade JM, Pobre V, Arraiano CM (2013). Sumby P (ed.). „Malé RNA moduly propůjčují různé stability a různě interagují s více cíli“. PLOS ONE. 8 (1): e52866. Bibcode:2013PLoSO ... 852866A. doi:10,1371 / journal.pone.0052866. PMC  3551931. PMID  23349691.

Další čtení

externí odkazy