Robert J. Schmitz - Robert J. Schmitz

Robert J. Schmitz
narozený1980
Státní občanstvíSpojené státy
VzděláváníSalk Institute
Alma materUniversity of Arizona, University of Wisconsin, Madison
Známý jakoVytváření epigenetických rekombinantních inbredních linií.
Vědecká kariéra
PoleGenomika, Epigenetika, Biologie rostlin
InstituceUniversity of Georgia
TezeVernalizace: model pro zkoumání epigenetiky a regulace eukaryotických genů u Arabidopsis thaliana  (2007)
Doktorský poradceRichard Amasino
Ostatní akademičtí poradciJoseph R. Ecker
webová stránkaschmitzlab.genetika.uga.edu

Robert J. Schmitz je americký rostlinný biolog a epigenomicista na University of Georgia kde studuje generační a fenotypové důsledky rostlinných epialleles a také vývoj nových technik k identifikaci a studiu cis-regulačních sekvencí. Je docentem na katedře genetiky a profesorem UGA Foundation Endowed Pant Sciences Professor.[1]

Vzdělání a kariéra

Schmitz navštěvoval University of Arizona pro své bakaláře a University of Wisconsin pro jeho PhD.[2] Jako doktorand pracoval v laboratoři Richard Amasino studium role epigenetických modifikací na jarovizace v Arabidopsis thaliana. Vystudoval Wisconsin v roce 2007.[1] Od roku 2007 do roku 2013 působil jako postdoktorand u Joe Eckera na VŠE Salk Institute. V roce 2013 byl najat jako odborný asistent na Katedře genetiky na Gruzínské univerzitě v Aténách, kde nadále pracuje jako docent a ředitel gruzínského genomického a bioinformatického jádra.[1]

Výzkum

Jako postdoktor Schmitz vyvinul technologie pro stanovení stavu methylace jednotlivých cytosinů v rostlinných genomech pomocí sekvenčních technologií a použil je ke kvantifikaci toho, jak se vzor methylace lišil u různých jedinců stejného druhu.[3][4] Stejnou technologii použil k mapování segregace odlišně methylovaných oblastí v rekombinantních inbredních populacích sóji, přičemž nalezení základního genetického haplotypu důsledně nepředpovídalo, který metylační stav rodičů bude v daném genotypu pozorován.[5] Ukázal, že ztráta rostliny Chromomethylase 3 methyltransferáza ruší metylaci genového těla a že k této ztrátě opakovaně došlo u volně žijících druhů rostlin.[6]

Jeho výzkumná skupina pracuje na použití epigenetické variace k úpravě fenotypu rostlin. Pracují s přirozeně se vyskytujícími epimutacemi, ale také vyvinuli sady epi-RIL, které mají identickou DNA, ale odlišnou methylaci DNA.[1][7] Použitím lidského enzymu mohou odstranit methylaci ze specificky zaměřených genů v rostlinách a probudit geny, které v genomu dlouho spaly.[8][9]

Pracuje také na aplikaci profilování epigenomu k objevu nekódujících regulačních sekvencí u různých druhů rostlin.[1] Jeho laboratoř identifikovala cis-regulační prvky v kukuřici, které řídí expresi genů, které se nacházejí v genomu na velké vzdálenosti.[10] Kombinují se ATAC-seq s třídění jader aktivovaných fluorescencí identifikovat umístění otevřených oblastí chromatinu a transkripční faktor vazebná místa v rostlinných genomech.[11]

Uznání

  • Pew Biomedical Scholar (2015)[3]
  • Hans Fischer Fellow, Technical University of Munich (2018)[12]

Reference

  1. ^ A b C d E https://www.genetics.uga.edu/directory/bob-schmitz
  2. ^ https://news.uga.edu/bob-schmitz/
  3. ^ A b https://www.pewtrusts.org/es/projects/pew-biomedical-scholars/directory-of-pew-scholars/2015/robert-schmitz
  4. ^ Schmitz, Robert J .; Schultz, Matthew D .; Urich, Mark A .; Nery, Joseph R .; Pelizzola, Mattia; Libiger, Ondrej; Alix, Andrew; McCosh, Richard B .; Chen, Huaming; Schork, Nicholas J .; Ecker, Joseph R. (2013). „Vzory populační epigenomické rozmanitosti“. Příroda. 495 (7440): 193–198. Bibcode:2013Natur.495..193S. doi:10.1038 / příroda1168. PMC  3798000. PMID  23467092.
  5. ^ Schmitz, R. J .; Ahoj.; Valdes-Lopez, O .; Khan, S.M .; Joshi, T .; Urich, M. A .; Nery, J. R .; Diers, B .; Xu, D .; Stacey, G .; Ecker, J. R. (2013). „Dědičnost variant methylace cytosinu v celém epigenomu v rekombinantní inbrední populaci“. Výzkum genomu. 23 (10): 1663–1674. doi:10,1101 / gr.152538.112. PMC  3787263. PMID  23739894.
  6. ^ Bewick, Adam J .; Ji, Lexiang; Niederhuth, Čad E .; Ochotný, Eva-Maria; Hofmeister, Brigitte T .; Shi, Xiuling; Wang, Li; Lu, Zefu; Rohr, Nicholas A .; Hartwig, Benjamin; Kiefer, Christiane; Deal, Roger B .; Schmutz, Jeremy; Grimwood, Jane; Stroud, Hume; Jacobsen, Steven E .; Schneeberger, Korbinian; Zhang, Xiaoyu; Schmitz, Robert J. (2016). „O původu a evolučních důsledcích metylace DNA genového těla“. Sborník Národní akademie věd. 113 (32): 9111–9116. doi:10.1073 / pnas.1604666113. PMC  4987809. PMID  27457936.
  7. ^ Hofmeister, Brigitte T .; Lee, Kevin; Rohr, Nicholas A .; Hall, David W .; Schmitz, Robert J. (2017). „Stabilní dědičnost metylace DNA umožňuje vytváření epigenotypových map a studium vzorů dědičnosti epiallele bez genetické variace“. Genome Biology. 18 (1): 155. doi:10.1186 / s13059-017-1288-x. PMC  5559844. PMID  28814343.
  8. ^ https://news.uga.edu/uga-researchers-develop-new-method-improve-crops/
  9. ^ Ji, Lexiang; Jordan, William T .; Shi, Xiuling; Hu, Lulu; On, Chuan; Schmitz, Robert J. (2018). "TET zprostředkovaná epimutageneze methylomu Arabidopsis thaliana". Příroda komunikace. 9 (1): 895. Bibcode:2018NatCo ... 9..895J. doi:10.1038 / s41467-018-03289-7. PMC  5832761. PMID  29497035.
  10. ^ Ricci, William A .; Lu, Zefu; Ji, Lexiang; Marand, Alexandre P .; Ethridge, Christina L .; Murphy, Nathalie G .; Noshay, Jaclyn M .; Galli, Mary; Mejía-Guerra, María Katherine; Colomé-Tatché, Maria; Johannes, Frank; Rowley, M. Jordan; Corces, Victor G .; Zhai, Jixian; Scanlon, Michael J .; Buckler, Edward S .; Gallavotti, Andrea; Springer, Nathan M .; Schmitz, Robert J .; Zhang, Xiaoyu (2019). „Rozšířené cis-regulační prvky s dlouhým dosahem v genomu kukuřice“. Přírodní rostliny. 5 (12): 1237–1249. doi:10.1038 / s41477-019-0547-0. PMC  6904520. PMID  31740773.
  11. ^ Lu, Zefu; Hofmeister, Brigitte T .; Vollmers, Christopher; Dubois, Rebecca M .; Schmitz, Robert J. (2017). "Kombinace ATAC-seq s tříděním jader pro objevení cis-regulačních oblastí v rostlinných genomech". Výzkum nukleových kyselin. 45 (6): e41. doi:10.1093 / nar / gkw1179. PMC  5389718. PMID  27903897.
  12. ^ https://www.ias.tum.de/active-fellows/schmitz-robert-j/

externí odkazy