Represe prvku genové exprese tepelného šoku (ROSE) - Repression of heat shock gene expression (ROSE) element

Represe prvku genové exprese tepelného šoku (ROSE)
RF00435.jpg
Identifikátory
SymbolRŮŽE
RfamRF00435
Další údaje
RNA typCis-reg; termoregulátor
DoményBakterie
TAKSO: 0000204
PDB strukturPDBe
Reprezentace 3D struktury microROSE RNA. To je odvozeno z řešení NMR struktura prvku microROSE.[1]

The represi prvku genové exprese tepelného šoku (ROSE) je RNA element nalezen v 5 'UTR některých proteinů tepelného šoku mRNA. Element ROSE je RNA teploměr který negativně reguluje tepelný šok genová exprese. Sekundární struktura je považována za pozměněnou teplotou, jedná se tedy o teploměr RNA. Tato struktura blokuje přístup k ribosomové vazebné místo při normálních teplotách. Během tepelného šoku se však struktura uvolní ribozom vazebné místo a umožnění exprese.[2][3]

Částečná struktura tohoto RNA elementu byla stanovena pomocí NMR.[1]

RŮŽE1 a RŮŽEAT2

RŮŽE1 a RŮŽEAT2 jsou konkrétní příklady prvků ROSE.[4] RŮŽE1 se nachází v Bradyrhizobium japonicum zatímco RŮŽEAT2 je úzce související prvek z Agrobacterium tumefaciens. Oba prvky RNA mají podobné sekundární struktury s RŮŽÍ1 mít navíc sponka do vlasů.[4] Všechny prvky ROSE obsahují charakteristické „vypouklé G“ naproti Sekvence Shine-Dalgarno vazebný web, bez toho nukleotid RNA teploměr ztrácí svoji teplotní citlivost.[5]

IpbA

Exprese proteinu tepelného šoku IpbA u druhů Pseudomonas je řízen RNA teploměrem typu ROSE. Tento teploměr se skládá pouze ze dvou haiprinů. Inhibuje to překlad IpbA při nízkých teplotách a umožňuje translaci při zvýšení teploty.[6]

rhlA a lsdI RŮŽOVÉ prvky

Pseudomonas aeruginosa snímání kvora -závislé faktory virulence lze termoregulovat. Teploměr ROSE v 5'UTR rhlA a RŮŽOVÝ teploměr v 5'UTR lasI blokovat překlad při nižších teplotách.[7]

Viz také

Reference

  1. ^ A b Chowdhury S, Maris C, Allain FH, Narberhaus F (2006). "Molekulární základna pro snímání teploty pomocí RNA teploměru". EMBO J.. 25 (11): 2487–2497. doi:10.1038 / sj.emboj.7601128. PMC  1478195. PMID  16710302.
  2. ^ Nocker, A; Hausherr T; Balsiger S; Krstulovic NP; Hennecke H; Narberhaus F (2001). „Termosenzor na bázi mRNA řídí expresi genů rhizobiálního tepelného šoku“. Nucleic Acids Res. 29 (23): 4800–4807. doi:10.1093 / nar / 29.23.4800. PMC  96696. PMID  11726689.
  3. ^ Balsiger, S; Ragaz C; Baron C; Narberhaus F (2004). „Replikonově specifická regulace malých genů tepelného šoku v Agrobacterium tumefaciens“. J Bacteriol. 186 (20): 6824–6829. doi:10.1128 / JB.186.20.6824-6829.2004. PMC  522190. PMID  15466035.
  4. ^ A b Narberhaus F, Waldminghaus T, Chowdhury S (leden 2006). "RNA teploměry". FEMS Microbiol. Rev. 30 (1): 3–16. doi:10.1111 / j.1574-6976.2005.004.x. PMID  16438677. Archivovány od originál dne 05.01.2013. Citováno 2010-07-20.
  5. ^ Nocker A, Hausherr T, Balsiger S, Krstulovic NP, Hennecke H, Narberhaus F (prosinec 2001). „Termosenzor na bázi mRNA řídí expresi genů rhizobiálního tepelného šoku“. Nucleic Acids Res. 29 (23): 4800–4807. doi:10.1093 / nar / 29.23.4800. PMC  96696. PMID  11726689. Citováno 2010-07-20.
  6. ^ Krajewski, SS; Nagel, M; Narberhaus, F (2013). "Krátké RNA teploměry podobné ROSE řídí syntézu IbpA u druhů Pseudomonas". PLOS ONE. 8 (5): e65168. doi:10.1371 / journal.pone.0065168. PMC  3669281. PMID  23741480.
  7. ^ Grosso-Becerra, María Victoria; Croda-García, Gerardo; Merino, Enrique; Servín-González, Luis; Mojica-Espinosa, Raúl; Soberón-Chávez, Gloria (2014-10-28). „Regulace faktorů virulence Pseudomonas aeruginosa dvěma novými teploměry RNA“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 111 (43): 15562–15567. doi:10.1073 / pnas.1402536111. ISSN  1091-6490. PMC  4217398. PMID  25313031.

Další čtení

externí odkazy