Reprezentativní sekvence - Representative sequences
| Tento článek má několik problémů. Prosím pomozte zlepšit to nebo diskutovat o těchto otázkách na internetu diskusní stránka. (Zjistěte, jak a kdy tyto zprávy ze šablony odebrat) | tento článek poskytuje nedostatečný kontext pro ty, kteří danému tématu nejsou obeznámeni. Prosím pomozte vylepšit článek podle poskytuje čtenáři více kontextu. (Říjen 2009) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
(Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony) |
Reprezentativní sekvence jsou krátké regiony uvnitř proteinové sekvence které lze použít k přiblížení evoluční vztahy těchto proteinů nebo organismů, ze kterých pocházejí. Reprezentativní sekvence jsou souvislé subsekvence (obvykle 300 zbytky ) z všudypřítomný, konzervované proteiny, takové, že každý ortologický rodina reprezentativních sekvencí samotných dává a matice vzdálenosti v úzké shodě s konsensuální maticí.[1]
Použití
Proteinové sekvence může poskytnout údaje o biologická funkce a vývoj bílkovin a proteinové domény. Seskupování a vzájemné provázání proteinových sekvencí proto může poskytnout informace o biologických procesech člověka i o evolučním vývoji biologických procesů na Zemi; takový klastry sekvence umožňují efektivní pokrytí prostoru sekvence. Sekvenční klastry mohou zmenšit velkou databázi sekvencí na menší sadu zástupci sekvence, z nichž každý by měl představovat svůj klastr na úrovni sekvence. Zástupci sekvence umožňují efektivní pokrytí původní databáze s menším počtem sekvencí. Je volána databáze zástupců sekvence nepotřebný, protože podobné (nebo redundantní) sekvence byly odstraněny při určité prahové hodnotě podobnosti.
Reference
