RefDB (chemie) - RefDB (chemistry)

The Re-referenced Protein Chemical shift Database (RefDB) ^[1] je NMR spektroskopie databáze pečlivě opravených nebo znovu odkazovaných chemické směny, odvozený z BioMagResBank (BMRB) (obr. 1). Databáze byla sestavena pomocí struktury chemický posun výpočetní program (nazývaný SHIFTX) pro výpočet očekávaného protein (1) H, (13) C a (15) N chemické směny z rentgen nebo NMR koordinovat data dříve přiřazených proteinů hlášených v BMRB. Porovnání se automaticky provádí programem s názvem SHIFTCOR. Databáze RefDB aktuálně poskytuje opravené reference chemický posun údaje o více než 2 000 přiřazených peptidy a bílkoviny. Data z databáze naznačují, že téměř 25% záznamů BMRB s (13) C protein přiřazení a 27% záznamů BMRB s (15) N protein úkoly vyžadují významné chemický posun referenční úpravy. Navíc téměř 40% protein Zdá se, že položky uložené v BioMagResBank mají alespoň jednu chybu přiřazení. Uživatelé si mohou stáhnout, prohledávat nebo procházet databázi řadou metod dostupných na webových stránkách RefDB. RefDB poskytuje standard chemický posun zdroj pro biomolekulární NMR spektroskopisty, kteří chtějí odvodit nebo vypočítat chemický posun trendy v peptidy a bílkoviny.

Rozsah a přístup

Veškerá data v RefDB jsou nechráněná nebo jsou odvozena z nechráněného zdroje. Je volně přístupný a dostupný komukoli. Kromě toho je téměř každá datová položka plně vysledovatelná a výslovně odkazuje na původní zdroj. Data RefDB jsou k dispozici prostřednictvím veřejného webového rozhraní a ke stažení.

Funkce

Všechno chemické směny v RefDB byly výpočtově znovu odkazovány na DSS (společný NMR chemický posun Standard).^[1] RefDB je neustále aktualizovaný zdroj, který používá webové roboty k dotazování na veřejné databáze (BMRB, GenBank, Proteinová datová banka ) a načítat údaje o přiřazení, sekvenci a struktuře každý týden. Poté použije řadu rutin pro kontrolu dat (pomocí klíčových slov k odstranění paramagnetických nebo denaturovaných proteinů), po nichž následuje řada výpočtů k identifikaci a opravě chemický posun odkazování na chyby. RefDB je plně webová databáze, ukládá data ve dvou standardních formátech (NMR-STAR a Shifty), provádí automatizovanou aktualizaci, kontrolu a validaci dat a poskytuje otevřený přístup k výstupním datům ve plně stahovatelném formátu plochého souboru i v hypertextově propojené procházitelné tabulce (viz obr. 2). RefDB také podporuje dotazy na klíčová slova a sekvenční vyhledávání (pomocí local VÝBUCH ). RefDB se obvykle aktualizuje každý týden. Databáze RefDB je spolu s přidruženým softwarem volně dostupná na http://refdb.wishartlab.com a na webových stránkách BMRB.^[1]

Protokoly

RefDB byl připraven pomocí kombinace tří různých počítačových programů. Počítá první program (SHIFTX) páteř 1H, 13C a 15N chemické směny z 3D dat souřadnic proteinu. Druhý program (SHIFTCOR ) porovnává vypočítané posuny s pozorovanými posuny, vyhodnocuje jakékoli statisticky významné rozdíly a provádí nezbytné korekce chemických posunů. Třetí program (UPDATE) automaticky načítá nově uložená data BMRB spolu s jakýmikoli odpovídajícími daty PDB. UPDATE také směruje data na SHIFTCOR a připojí „opravený“ soubor chemického posunu do databáze RefDB.^[1]

Co poskytuje RefDB

• Stahovatelná databáze 2162 referenčních proteinů chemický posun soubory
• Komplexní seznam záznamů BMRB a znovu odkazovaných záznamů BMRB s odpovídajícími záznamy PDB (viz obr. 2)
• Souhrn všech položek RefDB oddělených tabulátory
• Informace o sekundární struktuře pro každou proteinovou sekvenci v posunutém formátu
• Statistické informace
  • Referenční chyby (v ppm) atomů páteře
  • Průměrné hodnoty chemického posunu páteře pro přiřazení sekundární struktury (alfa-šroubovice, beta a cívka)

Viz také

• Chemický posun
• SHIFTCOR
• Databáze struktury proteinů
• Opětovné přiřazení proteinového chemického posunu
• Sekundární struktura bílkovin
• Predikce chemického posunu bílkovin
• Index chemického posunu
• Proteinová NMR

Reference

Obecné odkazy

• Wishart, DS (únor 2011). "Interpretace údajů o chemickém posunu bílkovin". Pokrok ve spektroskopii nukleární magnetické rezonance. 58: 62–87. doi:10.1016 / j.pnmrs.2010.07.004. PMID  21241884.
• Wishart, DS; Případ DA (2001). "Využití chemických posunů při stanovení makromolekulární struktury". Metody v enzymologii. 338: 3–34. doi:10.1016 / s0076-6879 (02) 38214-4. PMID  11460554.
• Wang, L; Eghbalnia HR; Bahrami A; Markley JL (květen 2005). "Lineární analýza rozdílů chemických posunů uhlíku-13 a její aplikace na detekci a opravu chyb v odkazování a identifikaci spinového systému". Journal of Biomolecular NMR. 32: 13–22. doi:10.1007 / s10858-005-1717-0. PMID  16041479.