SHIFTCOR - SHIFTCOR
| Obsah | |
|---|---|
| Popis | Pro opětovné odkazování na chemický posun bílkovin |
| Typy dat zajat | Zadávání dat: Přiřazení chemických posunů ve formátu BMRB nebo SHIFTY a odpovídající 3D proteinové struktuře (formát PDB); Výstup dat: Přiřazení chemického posunu korigované podle referencí |
| Kontakt | |
| Výzkumné centrum | University of Alberta |
| Laboratoř | Dr. David Wishart |
| Primární citace | [1] |
| Přístup | |
| webová stránka | http://shiftcor.wishartlab.com/ |
| Smíšený | |
| Kurátorská politika | Ručně upraveno (poslední aktualizace: 2003) |
SHIFTCOR (Shift Correction) je volně dostupný webový server a také samostatný počítačový program pro odkazování na chemický posun bílkovin.[1] Chemický posun odkazování je v biomolekulárních oblastech obzvláště rozšířeným problémem NMR až 25% stávajících NMR chemický posun nesprávně odkazované úkoly.[1] Některé z těchto problémů s odkazováním mohou vést k systematickým chybám mezi 1,0 až 2,5 ppm (zejména u chemických posunů 13C a 15N). Chyby tohoto rozsahu mohou způsobit zmatek při jakémkoli pokusu o srovnání přiřazení mezi proteiny nebo strukturální interpretaci chemické směny. Určit, které proteiny jsou nesprávně přiřazeny nebo nesprávně odkazovány, může být náročné, stejně jako oprava chyb, jakmile jsou nalezeny. Program SHIFTCOR byl navržen tak, aby pomohl s jejich identifikací a opravou chemický posun odkazování na problémy. Konkrétně porovnává, identifikuje, opravuje a znovu odkazuje na páteř 1H, 13C a 15N chemické směny peptidů a proteinů porovnáním pozorovaných chemické směny s předpokládaným chemické směny odvozeno od 3D struktury (pomocí PDB souřadnice) sledovaného proteinu (proteinů) [1][1]. Předpovězeno chemické směny se počítají pomocí ShiftX program.[2] Program SHIFTCOR se původně používal ke konstrukci databáze správně odkazovaných přiřazení chemických posunů proteinů nazývaných RefDB.[1] RefDB je webová databáze více než 2 000 správně přiřazených přiřazení chemického posunu proteinu. Zatímco je původně k dispozici pouze jako samostatný program, SHIFTCOR byl od té doby vydán pro obecné použití jako webový server.
Viz také
- Chemický posun
- NMR
- Protein
- Databáze struktury proteinů
- Opětovné přiřazení proteinového chemického posunu
- Sekundární struktura bílkovin
- Predikce chemického posunu bílkovin
- Index chemického posunu
- Proteinová NMR
Reference
- ^ A b C d E Zhang, H; Neal, S .; Wishart, D.S. (2003). „RefDB: Databáze rovnoměrně odkazovaných chemických posunů proteinů“. J. Biomol. NMR. 25 (3): 173–195. doi:10.1023 / A: 1022836027055. PMID 12652131.
- ^ Neal, S; Nip, A .; Zhang, H .; Wishart, D.S. (2003). "Rychlý a přesný výpočet chemických posunů proteinů 1H, 13C a 15N". J. Biomol. NMR. 26 (3): 215–240. doi:10.1023 / A: 1023812930288. PMID 12766419.