Protomer - Protomer

v strukturní biologie, a protomer je strukturální jednotka oligomerní protein. Je to nejmenší jednotka složená z alespoň dvou různých proteinových řetězců, které tvoří větší hetero-oligomer spojením dvou nebo více kopií této jednotky.

Termín zavedl Chetverin[1] vytvořit nomenklaturu v Na / K-ATPáza enzym jednoznačný. Tento enzym se skládá ze dvou podjednotek, velké katalytické podjednotky, alfa a menší glykoproteinové podjednotky, beta (plus proteolipid, nazývaný γ-podjednotka). V té době nebylo jasné, kolik z nich spolupracuje. Navíc, když lidé mluvili o a dimer, nebylo jasné, zda mají na mysli αβ nebo (αβ)2. Chetverin navrhl nazvat αβ protomerem a (αβ)2 diprotomer.

Protomers obvykle zařídit cyklická symetrie tvořit uzavřené bodová skupina symetrie.

v chemie, tzv protomer je molekula, která se zobrazí tautomerismus kvůli poloze protonu.[2][3]

Příklady

Hemoglobin je heterotetramer skládající se ze čtyř podjednotek (dvě α a dvě β). Strukturálně a funkčně je však hemoglobin popsán lépe jako (αβ)2, tak tomu říkáme dimer dvou αβ-protomerů, tj. diprotomer.[4]

Aspartát karbamoyltransferáza má α6β6 složení podjednotky. Šest αβ-protomerů je uspořádáno v D3 symetrie.

Virový kapsid jsou často složeny z protomerů.

Příklady v chemie zahrnout tyrosin a Kyselina 4-aminobenzoová. První může být deprotonován za vzniku aniontů karboxylátu a fenoxidu,[5] a později mohou být protonovány na amino nebo karboxylových skupinách.[6]

Reference

  1. ^ Chetverin, A.B. (1986). „Důkazy pro diprotomerní strukturu Na, K-ATPázy: přesné stanovení koncentrace proteinu a kvantitativní analýza koncové skupiny“. FEBS Lett. 196: 121–125. doi:10.1016/0014-5793(86)80225-3. PMID  3002859.
  2. ^ P. M. Lalli, B. A. Iglesias, H. E. Toma, G. F. de Sa, R. J. Daroda, J. C. Silva Filho, J. E. Szulejko, K. Araki a M. N. Eberlin, J. Mass Spectrom., 2012, 47, 712–719.
  3. ^ C. Lapthorn, T. J. Dines, B. Z. Chowdhry, G. L. Perkins a F. S. Pullen, Rapid Commun. Mass Spectrom., 2013, 27,2399–2410.
  4. ^ Buxbaum, E. (2007). Základy struktury a funkce bílkovin. New York: Springer. 105–120. ISBN  978-0-387-26352-6.
  5. ^ J. Am. Chem. Soc., 2009, 131 (3), s. 1174–1181
  6. ^ J. Phys. Chem. A, 2011, 115 (26), s. 7625–7632

externí odkazy