Projekt skládání lidského proteinu - Human Proteome Folding Project
The Projekt skládání lidského proteinu (HPF) je společným úsilím mezi New York University (Bonneau Laboratoř) Ústav pro systémovou biologii (ISB) a University of Washington (Pekař Lab) pomocí Rosetta software vyvinutý společností Rosetta Commons.
HPF Fáze 1 použila software Rosetta v4.2x na lidský genom a 89 dalších, počínaje listopadem 2004. Fáze 1 skončila v červenci 2006. HPF Fáze 2 (HPF2) používá software Rosetta v4.8x ve vyšším rozlišení, režim „full atom refinement“, soustředěný na biomarkery rakoviny (proteiny nalezené při hladiny v rakovinných tkáních), lidské vylučované proteiny a malárie.
Fáze 1 probíhala ve dvou distribuované výpočty mřížky: zapnuto United Devices ' grid.org a na Světová komunitní mřížka, an IBM filantropická iniciativa. Fáze 2 projektu probíhala výhradně na World Community Grid; byla ukončena v roce 2013 po více než 9 letech působení IBM.[1]
Ústav pro systémovou biologii použije výsledky výpočtů v rámci svého většího výzkumného úsilí.
Publikace
Malmström, Lars; Riffle, Michael; Strauss, Charlie E. M .; Chivian, Dylan; Davis, Trisha N .; Baker, David; Baker, D (2007), „Přiřazení superrodiny kvasinkovému proteomu prostřednictvím integrace predikce struktury s genovou ontologií“, PLoS Biology, 5 (4): e76, doi:10.1371 / journal.pbio.0050076, PMC 1828141, PMID 17373854
Viz také
Reference
- ^ World Community Grid Post - aktualizace HPF2, červen 2013, vyvoláno 14. července 2015