Polynucleobacter asymbiotus - Polynucleobacter asymbioticus - Wikipedia

Polynucleobacter asymbiotus
Vědecká klasifikace
Království:
Bakterie
Kmen:
Proteobakterie
Třída:
Betaproteobakterie
Objednat:
Burkholderiales
Rodina:
Burkholderiaceae
Rod:
Polynucleobacter
Druh:
P. asymbiotus
Binomické jméno
Polynucleobacter asymbiotus
Hahn a kol. 2016
Typ kmene
QLW-P1DMWA-1, DSM 18221, CIP 109841[1]
Synonyma

Polynucleobacter nezbytarius subsp. asymbiotus, Polynucleobacter sp. QLW-P1DMWA-1, kmen QLW-P1DMWA-1

Polynucleobacter asymbiotus je aerobní, kataláza - a oxidáza -pozitivní, chemo-organotrofní, nemobilní, volně žijící bakterie rodu Polynucleobacter. Typový kmen byl izolován z malého rybníka umístěného v Rakouské Alpy v oblasti Salzburg [2] a popsán jako nový poddruh druhu Polynucleobacter nezbytarius v roce 2009.[3] Klasifikaci typového kmene bránila skutečnost, že jeho nejbližší popsaný příbuzný reprezentoval obligátní endosymbionty, tj. P. nezbytarius, není k dispozici jako čistá kultura vhodná pro standardní testy (hybridizační experimenty DNA-DNA) pro vymezení prokaryotických druhů. Proto byl kmen předběžně umístěn do poddruhu P. nezbytarius subsp. asymbiotus. Pozdější sekvenování genomu typového kmene[4] odhalilo, že kmen představoval nový druh v rodu Polynucleobacter. Proto byla jeho taxonomická hodnost pozvednuta z poddruhu na úroveň druhů.[5] Kmeny P. asymbiotus přebývají jako planktonové organismy v kyselých sladkých vodách bohatých na huminy.[6] Srovnávací analýzy genomu to odhalily P. asymbiotus představuje atypický člen rodiny Burkholderiaceae pokud jde o jeho malou velikost genomu a pasivní životní styl.[7] Nedávná studie použila sbírku 37 P. asymbiotus kmeny izolované z různých rybníků nacházejících se ve větší oblasti rakouských Alp za účelem získání vhledu do vývoje Polynucleobacter bakterie.[8]

Reference

  1. ^ Kmenové informace o Polynucleobacter nezbytarius subsp. asymbiotus
  2. ^ Hahn, M.W., Pöckl, M. a Wu, Q.L. (2005) Nízká vnitrodruhová rozmanitost v a Polynucleobacter populace podskupiny početně dominující bakterioplankton sladkovodního rybníka. Appl. Environ. Microbiol. 71: 4539–4547.
  3. ^ Hahn, M.W., Lang, E., Brandt, U., Wu, Q.L. a Scheuerl, T. (2009) Upravený popis rodu Polynucleobacter a druh P. nezbytarius a návrh dvou poddruhů, P. nezbytarius poddruh nezbytnost subsp. listopad. a P. nezbytarius subsp. asymbiotus subsp. listopad. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 59: 2002-2009.
  4. ^ Meincke, L., A. Copeland, A. Lapidus, S. Lucas, KW Berry, T. Glavina Del Rio, N. Hammon, E. Dalin, H. Tice, S. Pitluck, P. Richardson, D. Bruce, L. Goodwin, C. Han, R. Tapia, JC Detter, J. Schmutz, T. Brettin, F. Larimer, M. Land, L. Hauser, NC Kyrpides, N. Ivanova, M. Göker, T. Woyke , QL Wu, M. Pöckl, MW Hahn a H.-P. Klenk (2012). Kompletní sekvence genomu Polynucleobacter nezbytarius subsp. asymbiotus kmen typu (QLW-P1DMWA-1T). Standards in Genomic Sciences 6: 74-83.
  5. ^ Hahn M. W., Schmidt J., Pitt A., Taipale S. J., Lang E. (2016). Reklasifikace čtyř Polynucleobacter nezbytarius kmeny jako Polynucleobacter asymbiotus Hřeben. listopad., Polynucleobacter duraquae sp. listopad., Polynucleobacter yangtzensis sp. listopadu a Polynucleobacter sinensis sp. listopadu a upravený popis druhu Polynucleobacter nezbytarius. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 66: 2883–2892.
  6. ^ Hoetzinger M., Hahn M.W., Jezberová J., Schmidt J., Koll U. (2017). Mikrodiverzifikace pelagic Polynucleobacter druh je poháněn hlavně získáváním genomových ostrovů z částečně mezidruhového genofondu. Appl. Environ. Microbiol. 83: 3 e02266-16
  7. ^ Hahn, MW, Scheuerl, T., Jezberová, J., Koll, U., Jezbera, J., Šimek, K., Vannini, C., Petroni, G. a QL Wu (2012) Pasivní, ale úspěšná cesta planktonového života: Genomická a experimentální analýza ekologie volně žijící populace Polynucleobacter. PLoS ONE 7 (3): e32772.
  8. ^ Hoetzinger M., Hahn M.W., Jezberová J., Schmidt J., Koll U. (2017). Mikrodiverzifikace pelagic Polynucleobacter druh je poháněn hlavně získáváním genomových ostrovů z částečně mezidruhového genofondu. Appl. Environ. Microbiol. 83: 3 e02266-16

externí odkazy