Polbase - Polbase

Polbase
Obsah
PopisKomplexní databáze pokrývající různé aspekty DNA polymeráz
Typy dat
zajat		Biologie, biochemie a struktura DNA polymeráz
OrganismySeznam organismů Polbase
Kontakt
Výzkumné centrumNew England Biolabs
AutořiBrad Langhorst a Nicole Nichols
Primární citacePMID  21993301
Přístup
webová stránkaPolbase

Polbase (Databáze DNA polymerázy) je otevřené úložiště DNA polymeráza informace.[1] Polbase zachycuje informace z publikovaného výzkumu aktivity polymerázy a předkládá je v kontextu související práce. Polbase indexuje více než 5 000 referencí [2] od padesátých let do současnosti a zahrnuje stovky polymeráz a jejich příbuzných mutantů. Model spolupráce společnosti Polbase umožňuje vyšetřovatelům polymerázy dokončit, opravit a ověřit zastoupení Polbase v jejich práci.

Obsah

Polbase obsahuje seznam známých polymeráz roztříděných podle organismu, rodiny polymeráz a vybraných vlastností. Každá indexovaná polymeráza má vlastní stránku se snímky, která obsahuje odkazy na všechny její informace v databázi. Všechny výsledky v Polbase jsou uloženy s příslušnými experimentálními podrobnostmi, aby byly uvedeny do kontextu. Pokud jsou k dispozici informace o struktuře, Polbase odkazuje na polymerázu Proteinová datová banka (PDB) vstup. Všechny informace shromážděné v Polbase jsou spojeny s původní publikací, kde byly hlášeny.

Funkce

  • Polymerázy podle rodiny, organismu a vlastností[3]
  • Hledání podle autora, organismu, názvu polymerázy, vlastnosti atd.[4]
  • Prohlížení podle odkazu[5]
  • Prohlížení podle autora[6]
  • Prohlížení podle organismu[7]

Informační zdroje

Polbase čerpá informace z různých zdrojů včetně PubMed, PDB a přímo od vyšetřovatelů polymerázy.

Propojení

Polbase je propojena s různými dalšími databázemi. Tyto zahrnují:

Dějiny

Polbase začala v březnu 2009 s grantem z programu SBIR NIH[8] a byl poprvé představen veřejnosti na zasedání MIT o DNA a mutagenezi [9]V březnu 2010 byla Polbase představena širšímu publiku na konferenci Evolving Polymerases 2010.[10]Polbase byl také představen ve více technických detailech na Rocky 2010 ISMB Conference.[11][12]Polbase je podrobněji popsán v vydání databáze Nucleic Acids Research Database 2012.

Polbase byla postavena v New England Biolabs Brad Langhorst a Nicole Nichols s pomocí zakládajících spolupracovníků Lindy Reha-Krantze, Billa Jacka, Cathy Joyce, Stu Linna, Stefana Sarafianose, Sama Wilsona a Rogera Woodgate.

Reference

  1. ^ Langhorst, Bradley W .; Jack, William E .; Reha-Krantz, Linda; Nichols, Nicole M. (2011). „Polbase: Repozitář biochemických, genetických a strukturních informací o DNA polymerázách“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D381–7. doi:10.1093 / nar / gkr847. PMC  3245023. PMID  21993301.
  2. ^ Seznam referencí Polbase[není nutný primární zdroj ]
  3. ^ Polymerázy v Polbase[není nutný primární zdroj ]
  4. ^ Vyhledávání Polbase[není nutný primární zdroj ]
  5. ^ Odkazy Polbase[není nutný primární zdroj ]
  6. ^ Autoři v Polbase[není nutný primární zdroj ]
  7. ^ Seznam organismu Polbase[trvalý mrtvý odkaz ][není nutný primární zdroj ]
  8. ^ Grant NIH SBIR ## 1R44GM087021
  9. ^ Polbase na DRAM Archivováno 2012-03-28 na Wayback Machine
  10. ^ Konference o vývoji polymeráz 2010 Archivováno 2012-03-28 na Wayback Machine
  11. ^ Abstrakt z konferencí ISMB Rocky 2010
  12. ^ Harmonogram konference Rocky 2010

externí odkazy