Philip Awadalla - Philip Awadalla

Philip Awadalla
narozený
Philip Awadalla

(1969-11-07) 7. listopadu 1969 (věk 51)
Národnostkanadský
Alma mater
Ocenění
  • Quebecský vědecký objev roku (2011)
  • Cena kanadské společnosti pro klinické vyšetřování pro mladé vyšetřovatele (2012)
  • Akademie věd Jižní Afriky Distinguished Scholar (2016)
Vědecká kariéra
Instituce
Teze (2001)
Doktorský poradceDeborah Charlesworth
Ostatní akademičtí poradci
  • Kermit Ritland
  • Charles Langley
webová stránkapawadallalab.org

Philip Awadalla je profesorem lékařský a populační genetika na Ontario Institute for Cancer Research a Ústav molekulární genetiky Lékařské fakulty, University of Toronto. Je národním vědeckým ředitelem[1][2] Kanadského partnerství pro zdraví zítřka (CanPath), dříve Projekt kanadského partnerství pro zítřek (CPTP)[3][4]a výkonný ředitel Ontario Health Study.[5] Je také výkonným vědeckým ředitelem Genome Canada Genome Technology Platform, Canadian Data Integration Center.[6][7] Profesor Awadalla byl výkonným vědeckým ředitelem CARTaGENE biobank,[8][9][10] člen regionální kohorty CPTP,[3] od roku 2009 do roku 2015 a v současné době je vědeckým poradcem pro tuto a další vědecké a průmyslové platformy. Na OICR je ředitelem výpočetní biologie.

Kariéra

Philip Awadalla dokončil svůj Ph.D na University of Edinburgh, Skotsko pod dohledem Deborah Charlesworth v roce 2001. Poté dokončil a Killam Trust Společenstvo a Wellcome Trust postgraduální stipendia pod dohledem Sarah Otto na University of British Columbia (2001) a Charles Langley na University of California, Davis (USA) (2001-2003).[Citace je zapotřebí ]

V roce 2004 byla Awadalla jmenována docentkou na Katedře genetiky a Centra pro Bioinformatika (vedené Bruce Weir ) v Státní univerzita v Severní Karolíně. Jeho práce tam zahrnovala identifikaci potenciálních genetických cílů pro vakcíny Plasmodium falciparum, hlavní parazit malárie.[11][12] To zahrnovalo první genetické mapy a mapování genů rezistence na léky u malárie.[13][14]

V roce 2007 se stal docentem na katedře pediatrie na Université de Montréal, a v roce 2009 se stal výkonným vědeckým ředitelem CARTaGENE Biobank of Québec. Jeho výzkum se zaměřil na vývoj genomických platforem nové generace na podporu výzkumu pediatrických chorob a objevu vzácných mutací.[15][16]. Awadalla objevil vztah histon methylačního faktoru kódovaného genem PRDM9 a dětská kukla akutní lymfoblastická leukémie.[17][16]

Výzkum Awadally (s Matthewem Hurlesem z Wellcome Trust Sanger Institute) jako první přímo odhadl počet mutací přenesených jednotlivými rodiči na lidské potomky, což je méně, než se původně odhadovalo.[18][19] Mezi další objevy patří metylace RNA ve velkém měřítku a její genetická kontrola v lidských mitochondriích[20] a dopad velikosti populace na negativní výběr u lidí.[21][22] Tým Awadalla také jako první ukázal dopad znečištění ovzduší na genovou expresi a onemocnění mezi tisíci jedinců v populaci Quebecu.[23][24]

Awadalla je součástí řady programů spolupráce, včetně analytických a funkčních analytických skupin Projekt 1000 genomů[25] a program Pan Cancer Analysis of Whole Genomes.[Citace je zapotřebí ]

Reference

  1. ^ „Největší kanadská platforma pro výzkum zdraví spolupracuje s Torontskou univerzitou na urychlení výzkumu rakoviny a chronických onemocnění“. www.newswire.ca. Citováno 2018-07-22.
  2. ^ „U of T vybráno jako vědecký partner největší kanadské platformy pro výzkum zdraví pro urychlení výzkumu rakoviny a chronických onemocnění“. www.dlsph.utoronto.ca. Citováno 2018-07-22.
  3. ^ A b http://www.partnershipfortomorrow.ca/
  4. ^ Dummer, Trevor J. B .; Awadalla, Philip; Boileau, Catherine; Craig, Camille; Fortier, Isabel; Goel, Vivek; Hicks, Jason M. T .; Jacquemont, Sébastien; Knoppers, Bartha Maria (11.6.2018). „Projekt Canadian Partnership for Tomorrow: pankanadská platforma pro výzkum prevence chronických nemocí“. CMAJ. 190 (23): E710 – E717. doi:10,1503 / cmaj.170292. ISSN  0820-3946. PMC  5995593. PMID  29891475.
  5. ^ https://www.ontariohealthstudy.ca/
  6. ^ „Archivovaná kopie“ (PDF). Archivovány od originál dne 2015-09-18. Citováno 2015-10-20.CS1 maint: archivovaná kopie jako titul (odkaz)
  7. ^ „Kanadské centrum pro integraci dat dostává nové finanční prostředky na pomoc výzkumníkům v oblasti rakoviny převádět nálezy na pacienty“. Zprávy OICR. 2018-01-25. Citováno 2018-07-22.
  8. ^ http://www.cartagene.qc.ca/
  9. ^ ICI.Radio-Canada.ca, Zone Aucun thème sélectionné -. „Uklidnění, mais sûrement, já'ADN humain!“. Radio-Canada.ca (francouzsky). Citováno 2018-07-22.
  10. ^ „Projekt biobank v Quebecu se rozšiřuje | CBC News“. CBC. Citováno 2018-07-22.
  11. ^ Mu, J .; Awadalla, P .; Duan, J .; McGee, K. M .; Keebler, J .; Seydel, K .; McVean, G. A. T .; Su, X. Z. (2006). „Varianta celého genomu a identifikace cílů vakcín v genomu Plasmodium falciparum“. Genetika přírody. 39 (1): 126–130. doi:10.1038 / ng1924. PMID  17159981.
  12. ^ Smith, Zach (22. ledna 2007). „NCSU evoluční genetik zkoumá kousnutí malárie“. Trojúhelníkový obchodní deník. Citováno 7. května 2013.
  13. ^ Idaghdour, Y .; Quinlan, J .; Goulet, J. -P .; Berghout, J .; Gbeha, E .; Bruat, V .; De Malliard, T .; Grenier, J. -C .; Gomez, S .; Gros, P .; Rahimy, M. C .; Sanni, A .; Awadalla, P. (2012). „Feature Article: Evidence for aditive and interaction effects of host genotype andinfection in malria“. Sborník Národní akademie věd. 109 (42): 16786–16793. doi:10.1073 / pnas.1204945109. PMC  3479498. PMID  22949651.
  14. ^ Mu, Jianbing; et al. (2010). "Plasmodium falciparum skenuje celý genom pro pozitivní výběr, rekombinační horká místa". Genetika přírody. 42 (3): 268–271. doi:10,1038 / ng.528. PMC  2828519. PMID  20101240.
  15. ^ Awadalla, Philip; et al. (2010). „Přímé měření rychlosti de novo mutací v kohortách autismu a schizofrenie“. American Journal of Human Genetics. 87 (3): 316–324. doi:10.1016 / j.ajhg.2010.07.019. PMC  2933353. PMID  20797689.
  16. ^ A b Hussin, Julie; et al. (2012). „Vzácné alelické formy PRDM9 spojené s dětskou leukémií“. Výzkum genomu. 23 (3): 419–430. doi:10,1101 / gr.144188.112. PMC  3589531. PMID  23222848.
  17. ^ Smith, Zach (26. prosince 2012). „Tento týden ve výzkumu genomu“. Web genomu. Citováno 7. května 2013.
  18. ^ Conrad, D. F .; Keebler, J. E. M .; Depristo, M. A .; Lindsay, S. J .; Zhang, Y .; Casals, F .; Idaghdour, Y .; Hartl, C. L .; Torroja, C .; Garimella, K. V .; Zilversmit, M .; Cartwright, R .; Rouleau, G. A .; Daly, M .; Stone, E. A .; Hurles, M. E.; Awadalla, P .; 1000 Genomes, P. (2011). „Rozdíly v rychlosti genomu v rámci lidských rodin a mezi nimi“. Genetika přírody. 43 (7): 712–714. doi:10,1038 / ng.862. PMC  3322360. PMID  21666693.
  19. ^ „Rodinný genetický výzkum odhaluje rychlost lidské mutace“. Věda denně. 13. června 2011. Citováno 6. května 2013.
  20. ^ Hodgkinson, Alan; Idaghdour, Youssef; Gbeha, Elias; Grenier, Jean-Christophe; Hip-Ki, Elodie; Bruat, Vanessa; Goulet, Jean-Philippe; Malliard, Thibault de; Awadalla, Philip (2014-04-25). "Genomická analýza s vysokým rozlišením variace sekvence lidské mitochondriální RNA". Věda. 344 (6182): 413–415. doi:10.1126 / science.1251110. ISSN  0036-8075. PMID  24763589.
  21. ^ Casals, Ferran; Hodgkinson, Alan; Hussin, Julie; Idaghdour, Youssef; Bruat, Vanessa; Maillard, Thibault de; Grenier, Jean-Cristophe; Gbeha, Elias; Hamdan, Fadi F. (2013-09-26). „Sekvenování celého Exome odhaluje rychlou změnu ve frekvenci vzácných funkčních variant v zakládající populaci lidí“. Genetika PLOS. 9 (9): e1003815. doi:10.1371 / journal.pgen.1003815. ISSN  1553-7404. PMC  3784517. PMID  24086152.
  22. ^ Hussin, Julie G; Hodgkinson, Alan; Idaghdour, Youssef; Grenier, Jean-Christophe; Goulet, Jean-Philippe; Gbeha, Elias; Hip-Ki, Elodie; Awadalla, Philip (2015-02-16). „Rekombinace ovlivňuje akumulaci škodlivých a s chorobami souvisejících mutací v lidských populacích.“ Genetika přírody. 47 (4): 400–404. doi:10,1038 / ng. 3216. ISSN  1061-4036. PMID  25685891.
  23. ^ Favé, Marie-Julie; Lamaze, Fabien C .; Soave, David; Hodgkinson, Alan; Gauvin, Héloïse; Bruat, Vanessa; Grenier, Jean-Christophe; Gbeha, Elias; Skead, Kimberly (06.03.2018). „Interakce genů od prostředí v městských populacích modulují rizikové fenotypy“. Příroda komunikace. 9 (1): 827. doi:10.1038 / s41467-018-03202-2. ISSN  2041-1723. PMC  5840419. PMID  29511166.
  24. ^ „Genetická studie obyvatel Quebeku zjistila, že znečištění ovzduší převyšuje původ. Zeměkoule a pošta. Citováno 2018-07-22.
  25. ^ Konsorcium projektu 1000 genomů (2012). „Integrovaná mapa genetické variace od 1092 lidských genomů“. Příroda. 491 (7422): 56–65. doi:10.1038 / příroda 11632. PMC  3498066. PMID  23128226.

externí odkazy