PLOD3 - PLOD3

PLOD3
Identifikátory
Aliasy	PLOD3, LH3, prokolagen-lysin, 2-oxoglutarát 5-dioxygenáza 3
Externí ID	OMIM: 603066 MGI: 1347008 HomoloGene: 843 Genové karty: PLOD3
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 7 (lidský)
Konec	101,218,420 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 5 (myš)
Konec	136,996,648 bp
Exprese RNA vzor
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba iontů železa; • Vazba na kyselinu L-askorbovou; • aktivita dioxygenázy; • vazba kovových iontů; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • aktivita oxidoreduktázy působící na spárované dárce se začleněním nebo snížením molekulárního kyslíku; • aktivita prokolagen galaktosyltransferázy; • aktivita oxidoreduktázy; • aktivita prokolagen-lysinu 5-dioxygenázy; • aktivita prokolagen glukosyltransferázy; • katalytická aktivita; • aktivita transferázy; • aktivita transferázy, přenos glykosylových skupin;
Buněčná složka	• drsná membrána endoplazmatického retikula; • membrána endoplazmatického retikula; • membrána; • extracelulární exosom; • endoplazmatické retikulum; • Golgiho aparát; • trans-Golgiho síť; • extracelulární matrix; • extracelulární oblast; • extracelulární; • lumen endoplazmatického retikula; • hrubé endoplazmatické retikulum; • extracelulární matrix obsahující kolagen;
Biologický proces	• lokalizace bílkovin; • morfogeneze plic; • organizace kolagenových vláken; • morfogeneze epidermis; • morfogeneze endotelových buněk; • vazodilatace; • v embryonálním vývoji dělohy; • sestava bazální membrány; • buněčná odpověď na hormonální stimul; • vývoj neurální trubice; • oxidačně-redukční proces; • glykosylace vázaná na protein O; • proces biosyntézy hydroxylysinu; • hydroxylace peptidyl-lysinu; • metabolický proces kolagenu; • metabolismus;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	8985
	26433
	ENSG00000106397
	ENSMUSG00000004846
	O60568
	Q9R0E1
	NM_001084
	NM_011962
	NP_001075
	NP_036092
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Prokolagen-lysin, 2-oxoglutarát 5-dioxygenáza 3 je enzym že u lidí je kódován PLOD3 gen.^[5]^[6]^[7]

Protein kódovaný tímto genem je vázán na membránu homodimerní enzym, který je lokalizován na cisterny drsné endoplazmatické retikulum. Enzym (kofaktory železo a askorbát ) katalyzuje hydroxylaci lysyl zbytky podobné kolagenu peptidy. Výsledné hydroxylysylové skupiny jsou vazebnými místy pro sacharidy v kolagen a proto jsou rozhodující pro stabilitu mezimolekulárních zesíťování. Někteří pacienti s Ehlers-Danlosův syndrom typu VIB mají nedostatky v aktivitě lysylhydroxylázy.^[7]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000106397 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000004846 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Passoja K, Rautavuoma K, Ala-Kokko L, Kosonen T, Kivirikko KI (září 1998). „Klonování a charakterizace třetí izoformy lidské lysylhydroxylázy“. Proc Natl Acad Sci U S A. 95 (18): 10482–10486. doi:10.1073 / pnas.95.18.10482. PMC 27920. PMID 9724729.
^ Valtavaara M, Szpirer C, Szpirer J, Myllyla R (červen 1998). "Primární struktura, tkáňová distribuce a chromozomální lokalizace nové izoformy lysylhydroxylázy (lysylhydroxyláza 3)". J Biol Chem. 273 (21): 12881–12886. doi:10.1074 / jbc.273.21.12881. PMID 9582318.
^ ^A ^b „Entrez Gene: PLOD3 procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase 3“.

Další čtení

Salo AM, Wang C, Sipilä L a kol. (2006). „Lysylhydroxyláza 3 (LH3) modifikuje proteiny v extracelulárním prostoru, nový mechanismus pro remodelaci matrice“. J. Cell. Physiol. 207 (3): 644–653. doi:10,1002 / jcp.20596. PMID 16447251. S2CID 19594208.
Otsuki T, Ota T, Nishikawa T a kol. (2007). "Signální sekvence a klíčové slovo trap in silico pro výběr lidských cDNA plné délky kódujících sekreci nebo membránové proteiny z knihoven cDNA opatřených oligo". DNA Res. 12 (2): 117–126. doi:10.1093 / dnares / 12.2.117. PMID 16303743.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T a kol. (2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–1178. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Mammalian Gene Collection (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–2127. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Hillier LW, Fulton RS, Fulton LA a kol. (2003). „Sekvence DNA lidského chromozomu 7“. Příroda. 424 (6945): 157–164. doi:10.1038 / nature01782. PMID 12853948.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–16903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Wang C, Luosujärvi H, Heikkinen J a kol. (2003). "Třetí aktivita pro lysylhydroxylázu 3: galaktosylace hydroxylysylových zbytků v kolagenech in vitro". Matrix Biol. 21 (7): 559–566. doi:10.1016 / S0945-053X (02) 00071-9. PMID 12475640.
Rautavuoma K, Takaluoma K, Passoja K a kol. (2002). „Charakterizace tří fragmentů, které tvoří monomery izoenzymů lidské lysylhydroxylázy 1–3. 30-kDa N-koncový fragment není pro aktivitu lysylhydroxylázy vyžadován.“. J. Biol. Chem. 277 (25): 23084–23091. doi:10,1074 / jbc.M112077200. PMID 11956192.
Ruotsalainen H, Vanhatupa S, Tampio M a kol. (2001). "Kompletní genomová struktura myší lysylhydroxylázy 2 a lysylhydroxylázy 3 / kolagen glukosyltransferázy". Matrix Biol. 20 (2): 137–146. doi:10.1016 / S0945-053X (01) 00130-5. PMID 11334715.
Heikkinen J, Risteli M, Wang C a kol. (2000). „Lysylhydroxyláza 3 je multifunkční protein s aktivitou kolagenové glukosyltransferázy“. J. Biol. Chem. 275 (46): 36158–36163. doi:10,1074 / jbc.M006203200. PMID 10934207.
Rautavuoma K, Passoja K, Helaakoski T, Kivirikko KI (2000). „Complete exon-intron organization of the gen for human lysyl hydroxylase 3 (LH3)“. Matrix Biol. 19 (1): 73–79. doi:10.1016 / S0945-053X (99) 00058-X. PMID 10686427.

Tento článek o gen na lidský chromozom 7 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000106397 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000004846 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid9724729-5] Passoja K, Rautavuoma K, Ala-Kokko L, Kosonen T, Kivirikko KI (září 1998). „Klonování a charakterizace třetí izoformy lidské lysylhydroxylázy“. Proc Natl Acad Sci U S A. 95 (18): 10482–10486. doi:10.1073 / pnas.95.18.10482. PMC 27920. PMID 9724729.

[pmid9582318-6] Valtavaara M, Szpirer C, Szpirer J, Myllyla R (červen 1998). "Primární struktura, tkáňová distribuce a chromozomální lokalizace nové izoformy lysylhydroxylázy (lysylhydroxyláza 3)". J Biol Chem. 273 (21): 12881–12886. doi:10.1074 / jbc.273.21.12881. PMID 9582318.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: PLOD3 procollagen-lysine, 2-oxoglutarate 5-dioxygenase 3“.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]