PDLIM5 - PDLIM5

PDLIM5
Dostupné struktury
PDB	Hledání ortologu: PDBe RCSB
Seznam id kódů PDB
	2UZC, 2DAR
Identifikátory
Aliasy	PDLIM5, ENH, ENH1, LIM, L9, PDZ a LIM doména 5
Externí ID	OMIM: 605904 MGI: 1927489 HomoloGene: 21289 Genové karty: PDLIM5
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 4 (lidský)
Konec	94,668,227 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 3 (myš)
Konec	142,395,696 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• GO: 0001948 vazba na proteiny; • vazba kovových iontů; • vazba N-konce proteinu; • aktinová vazba; • vazba aktininu; • vazba protein kinázy C.; • vazba kadherinu zapojená do adheze mezi buňkami; • svalová vazba alfa-aktininu;
Buněčná složka	• cytoplazma; • buněčné spojení; • neuronová projekce; • postsynaptická membrána; • buněčná membrána; • synapse; • aktinový cytoskelet; • membrána; • GO: 0097483, GO: 0097481 postsynaptická hustota; • cytosol; • stresové vlákno; • Z disk; • vláknitý aktin;
Biologický proces	• regulace morfogeneze dendritické páteře; • regulace sestavy synapsí; • buněčná adheze; • buněčný růst zapojený do vývoje buněk srdečního svalu; • vývoj srdce; • organizace aktinového cytoskeletu; • vývoj svalové struktury;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	10611
	56376
	ENSG00000163110
	ENSMUSG00000028273
	Q96HC4
	Q8CI51
NM_001011513; NM_001011515; NM_001011516; NM_001256425; NM_001256426;
	NM_001256427; NM_001256428; NM_001256429; NM_006457
NM_001190852; NM_001190853; NM_001190854; NM_001190855; NM_001190856;
	NM_001190857; NM_019808; NM_019809; NM_022554
NP_001011513; NP_001011515; NP_001011516; NP_001243354; NP_001243355;
	NP_001243356; NP_001243357; NP_001243358; NP_006448
NP_001177781; NP_001177782; NP_001177783; NP_001177784; NP_001177785;
	NP_001177786; NP_062782; NP_062783; NP_072048
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

PDZ a LIM doménový protein 5 je protein že u lidí je kódován PDLIM5 gen.^[5]^[6]

Protein kódovaný tímto genem je protein domény LIM. LIM domény jsou cysteinové bohaté dvojité zinkové prsty složené z 50 až 60 aminokyselin, které se účastní interakcí protein-protein. Proteiny obsahující LIM doménu jsou skeletem pro tvorbu multiproteinových komplexů. Proteiny se podílejí na organizaci cytoskeletu, specifikaci buněčné linie, vývoji orgánů a onkogenezi. Kódovaný protein je také členem Enigma třídy proteinů, rodiny proteinů, které mají 100-aminokyselinovou PDZ doménu na N konci a 1 až 3 LIM domény na C konci. Pro tento gen bylo nalezeno několik variant transkriptu kódujících různé izoformy, i když ne všechny byly plně charakterizovány.^[6]

Interakce

Bylo prokázáno, že PDLIM5 komunikovat s PRKCB1.^[7]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000163110 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000028273 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Wu M, Li Y, Ji C, Xu J, Zheng H, Zou X, Gu S, Lou Y, Xie Y, Mao Y (září 2004). „Klonování a identifikace nového lidského genu PDLIM5, homologu proteinu neuronového vlákna spojeného s AD (AD7c-NTP)“. DNA sekv. 15 (2): 144–7. doi:10.1080/10425170310001656756. PMID 15346770. S2CID 36916587.
^ ^A ^b „Entrez Gene: PDLIM5 PDZ a LIM doména 5“.
^ Kuroda, S; Tokunaga C; Kiyohara Y; Higuchi O; Konishi H; Mizuno K; Gill G N; Kikkawa U (prosinec 1996). „Protein-protein interakce LIM domén se zinkovým prstem s proteinkinázou C“. J. Biol. Chem. 271 (49): 31029–32. doi:10.1074 / jbc.271.49.31029. ISSN 0021-9258. PMID 8940095.

Další čtení

Sudo K, Chinen K, Nakamura Y (1995). "2058 exprimované sekvenční značky (EST) z knihovny cDNA lidského fetálního plic". Genomika. 24 (2): 276–9. doi:10.1006 / geno.1994.1616. PMID 7698749.
Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). „Normalizace a odčítání: dva přístupy k usnadnění objevování genů“. Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10,1101 / gr. 6.9.791. PMID 8889548.
Kuroda S, Tokunaga C, Kiyohara Y a kol. (1997). "Protein-protein interakce zinkových prstů LIM domén s proteinkinázou C". J. Biol. Chem. 271 (49): 31029–32. doi:10.1074 / jbc.271.49.31029. PMID 8940095.
Ueki N, Seki N, Yano K a kol. (1999). „Izolace, tkáňová exprese a chromozomální přiřazení lidského genového proteinu LIM, vykazující homologii s homologem krysí enigmy (ENH)“. J. Hum. Genet. 44 (4): 256–60. doi:10,1007 / s100380050155. PMID 10429367.
Nakagawa N, Hoshijima M, Oyasu M a kol. (2000). „ENH, obsahující domény PDZ a LIM, protein specifický pro srdce / kosterní sval, se asociuje s cytoskeletálními proteiny prostřednictvím domény PDZ“. Biochem. Biophys. Res. Commun. 272 (2): 505–12. doi:10,1006 / bbrc.2000.2787. PMID 10833443.
Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (2001). „Klonování DNA pomocí in vitro specifické specifické rekombinace“. Genome Res. 10 (11): 1788–95. doi:10,1101 / gr. 143000. PMC 310948. PMID 11076863.
Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R a kol. (2001). „Směrem ke katalogu lidských genů a proteinů: Sekvenování a analýza 500 nových kompletních lidských cDNA kódujících proteiny“. Genome Res. 11 (3): 422–35. doi:10,1101 / gr. GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166.
Simpson JC, Wellenreuther R, Poustka A a kol. (2001). „Systematická subcelulární lokalizace nových proteinů identifikovaných sekvenováním cDNA ve velkém měřítku“. EMBO Rep. 1 (3): 287–92. doi:10.1093 / embo-reports / kvd058. PMC 1083732. PMID 11256614.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002PNAS ... 9916899M. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Maeno-Hikichi Y, Chang S, Matsumura K a kol. (2003). „Komplex PKC epsilon-ENH-kanál specificky moduluje Ca2 + kanály typu N“. Nat. Neurosci. 6 (5): 468–75. doi:10.1038 / nn1041. PMID 12665800. S2CID 19964052.
Iwamoto K, Kakiuchi C, Bundo M a kol. (2004). „Molekulární charakterizace bipolární poruchy porovnáním profilů genové exprese posmrtných mozků hlavních duševních poruch“. Mol. Psychiatrie. 9 (4): 406–16. doi:10.1038 / sj.mp.4001437. PMID 14743183.
Petroziello J, Yamane A, Westendorf L a kol. (2004). „Potlačení subtraktivní hybridizace a profilování exprese identifikuje jedinečnou sadu genů nadměrně exprimovaných u nemalobuněčného karcinomu plic“. Onkogen. 23 (46): 7734–45. doi:10.1038 / sj.onc.1207921. PMID 15334068.
Iwamoto K, Bundo M, Washizuka S a kol. (2004). „Exprese HSPF1 a LIM v lymfoblastoidních buňkách odvozených od pacientů s bipolární poruchou a schizofrenií“. J. Hum. Genet. 49 (5): 227–31. doi:10.1007 / s10038-004-0136-5. PMID 15362566.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Sbírka genů savců (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Wiemann S, Arlt D, Huber W a kol. (2004). „Od ORFeome k biologii: potrubí funkční genomiky“. Genome Res. 14 (10B): 2136–44. doi:10,1101 / gr. 2576704. PMC 528930. PMID 15489336.
Niederländer N, Fayein NA, Auffray C, Pomiès P (2005). "Charakterizace nové lidské izoformy rodiny homologů enigmy specificky exprimovaná v kosterním svalu". Biochem. Biophys. Res. Commun. 325 (4): 1304–11. doi:10.1016 / j.bbrc.2004.10.178. PMID 15555569.
Kato T, Iwayama Y, Kakiuchi C a kol. (2005). „Analýza genové exprese a asociace LIM (PDLIM5) u bipolární poruchy a schizofrenie“. Mol. Psychiatrie. 10 (11): 1045–55. doi:10.1038 / sj.mp.4001719. PMID 16044170.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T a kol. (2005). „Směrem k mapě lidské interakční sítě protein-protein v měřítku proteomu“. Příroda. 437 (7062): 1173–8. Bibcode:2005 Natur.437.1173R. doi:10.1038 / nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Horiuchi Y, Arai M, Niizato K a kol. (2006). "Polymorfismus v genu PDLIM5 spojený s genovou expresí a schizofrenií". Biol. Psychiatrie. 59 (5): 434–9. doi:10.1016 / j.biopsych.2005.07.041. PMID 16213469. S2CID 22930796.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000163110 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000028273 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid15346770-5] Wu M, Li Y, Ji C, Xu J, Zheng H, Zou X, Gu S, Lou Y, Xie Y, Mao Y (září 2004). „Klonování a identifikace nového lidského genu PDLIM5, homologu proteinu neuronového vlákna spojeného s AD (AD7c-NTP)“. DNA sekv. 15 (2): 144–7. doi:10.1080/10425170310001656756. PMID 15346770. S2CID 36916587.

[entrez-6] A ^b „Entrez Gene: PDLIM5 PDZ a LIM doména 5“.

[pmid8940095-7] Kuroda, S; Tokunaga C; Kiyohara Y; Higuchi O; Konishi H; Mizuno K; Gill G N; Kikkawa U (prosinec 1996). „Protein-protein interakce LIM domén se zinkovým prstem s proteinkinázou C“. J. Biol. Chem. 271 (49): 31029–32. doi:10.1074 / jbc.271.49.31029. ISSN 0021-9258. PMID 8940095.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]