OTUD4 - OTUD4

OTUD4
Identifikátory
Aliasy	OTUD4, DUBA6, HIN1, HSHIN1, OTU deubiquitináza 4
Externí ID	OMIM: 611744 MGI: 1098801 HomoloGene: 35370 Genové karty: OTUD4
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 4 (lidský)
Konec	145,180,589 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 8 (myš)
Konec	79,677,724 bp
Exprese RNA vzor
	; ; ; ;
	Další údaje o referenčních výrazech
Genová ontologie
Molekulární funkce	• thiol-závislá ubiquitin-specifická proteázová aktivita; • aktivita peptidázy; • aktivita peptidázy cysteinového typu; • GO: 0001948 vazba na proteiny; • aktivita hydrolázy; • Vazba RNA; • GO: Aktivita molekulárního adaptéru 0032947; • Lys63 specifická deubiquitinázová aktivita;
Buněčná složka	• buněčná složka; • buněčné jádro; • cytoplazma;
Biologický proces	• deubikvitinace spojená s proteinem K48; • proteolýza; • proces imunitního systému; • negativní regulace signální dráhy receptoru podobného mýtnému; • vrozený imunitní systém; • deubikvitinace spojená s proteinem K63; • pozitivní regulace demetylace DNA; • regulace deubikvitinace spojené s proteinem K48; • negativní regulace interleukin-1 zprostředkované signální dráhy; • deubikvitinace bílkovin;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	54726
	73945
	ENSG00000164164
	ENSMUSG00000036990
	Q01804
	B2RRE7
	NM_001102653; NM_017493; NM_199324; NM_001366057; NM_001366058
	NM_001081164; NM_001256033
	NP_001096123; NP_059963; NP_001352986; NP_001352987
	NP_001074633; NP_001242962
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Protein obsahující doménu OTU 4 je protein že u lidí je kódován OTUD4 gen.^[5]^[6]^[7]

Pro tento gen byly nalezeny dvě alternativně sestříhané varianty transkriptu kódující odlišné izoformy. Menší proteinová izoforma kódovaná kratší variantou transkriptu se nachází pouze v buňkách infikovaných HIV-1.^[7]

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000164164 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000036990 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ Raineri I, Senn HP (únor 1993). „Inzerce HIV-1 promotoru odhalena selektivní detekcí transkriptů chimerního proviru-hostitelského genu“. Nucleic Acids Res. 20 (23): 6261–6. doi:10.1093 / nar / 20.23.6261. PMC 334514. PMID 1475186.
^ Krop I, Maguire P, Lahti-Domenici J, Lodeiro G, Richardson A, Johannsdottir HK, Nevanlinna H, Borg A, Gelman R, Barkardottir RB, Lindblom A, Polyak K (květen 2003). „Nedostatek methylace HIN-1 u nádorů prsu spojených s BRCA1 a„ BRCA1 podobných “. Cancer Res. 63 (9): 2024–7. PMID 12727813.
^ ^A ^b „Entrez Gene: OTUD4 OTU doména obsahující 4“.

Další čtení

Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (1997). „Normalizace a odčítání: dva přístupy k usnadnění objevování genů“. Genome Res. 6 (9): 791–806. doi:10,1101 / gr. 6.9.791. PMID 8889548.
Kikuno R, Nagase T, Ishikawa K a kol. (1999). „Predikce kódujících sekvencí neidentifikovaných lidských genů. XIV. Kompletní sekvence 100 nových cDNA klonů z mozku, které kódují velké proteiny in vitro“. DNA Res. 6 (3): 197–205. doi:10.1093 / dnares / 6.3.197. PMID 10470851.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. (2003). „Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších cDNA sekvencí plné délky“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073 / pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T a kol. (2004). „Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky“. Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038 / ng1285. PMID 14702039.
Brill LM, Salomon AR, Ficarro SB a kol. (2004). „Robustní fosfoproteomické profilování míst fosforylace tyrosinu z lidských T buněk pomocí imobilizované kovové afinitní chromatografie a tandemové hmotnostní spektrometrie“. Anální. Chem. 76 (10): 2763–72. doi:10.1021 / ac035352d. PMID 15144186.
Beausoleil SA, Jedrychowski M, Schwartz D a kol. (2004). „Rozsáhlá charakterizace jaderných fosfoproteinů z buněk HeLa“. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 101 (33): 12130–5. doi:10.1073 / pnas.0404720101. PMC 514446. PMID 15302935.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA a kol. (2004). „Stav, kvalita a rozšíření projektu cDNA NIH v plné délce: Sbírka genů savců (MGC)“. Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10,1101 / gr. 2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
Rush J, Moritz A, Lee KA a kol. (2005). "Imunoafinitní profil fosforylace tyrosinu v rakovinných buňkách". Nat. Biotechnol. 23 (1): 94–101. doi:10.1038 / nbt1046. PMID 15592455. S2CID 7200157.
Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y a kol. (2006). „Diverzifikace transkripční modulace: identifikace a charakterizace domnělých alternativních promotorů lidských genů ve velkém měřítku“. Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10,1101 / gr. 4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
Beausoleil SA, Villén J, Gerber SA a kol. (2006). „Přístup založený na pravděpodobnosti pro vysoce výkonnou analýzu fosforylace proteinů a lokalizaci místa“. Nat. Biotechnol. 24 (10): 1285–92. doi:10.1038 / nbt1240. PMID 16964243. S2CID 14294292.
Olsen JV, Blagoev B, Gnad F a kol. (2006). „Globální, in vivo a místně specifická dynamika fosforylace v signálních sítích“. Buňka. 127 (3): 635–48. doi:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.
Ewing RM, Chu P, Elisma F a kol. (2007). „Mapování interakcí lidských proteinů a proteinů ve velkém měřítku hmotnostní spektrometrií“. Mol. Syst. Biol. 3 (1): 89. doi:10.1038 / msb4100134. PMC 1847948. PMID 17353931.

Tento článek o gen na lidský chromozom 4 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000164164 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000036990 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[pmid1475186-5] Raineri I, Senn HP (únor 1993). „Inzerce HIV-1 promotoru odhalena selektivní detekcí transkriptů chimerního proviru-hostitelského genu“. Nucleic Acids Res. 20 (23): 6261–6. doi:10.1093 / nar / 20.23.6261. PMC 334514. PMID 1475186.

[pmid12727813-6] Krop I, Maguire P, Lahti-Domenici J, Lodeiro G, Richardson A, Johannsdottir HK, Nevanlinna H, Borg A, Gelman R, Barkardottir RB, Lindblom A, Polyak K (květen 2003). „Nedostatek methylace HIN-1 u nádorů prsu spojených s BRCA1 a„ BRCA1 podobných “. Cancer Res. 63 (9): 2024–7. PMID 12727813.

[entrez-7] A ^b „Entrez Gene: OTUD4 OTU doména obsahující 4“.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]