OMPdb - OMPdb
![]() | |
---|---|
Obsah | |
Popis | β-hlaveň proteiny vnější membrány. |
Organismy | Gramnegativní bakterie |
Kontakt | |
Výzkumné centrum | University of Athens |
Laboratoř | Oddělení buněčné biologie a biofyziky |
Autoři | Konstantinos D Tsirigos, Pantelis G. Bagos a Stavros J. Hamodrakas |
Primární citace | Tsirigos a kol. (2011)[1] |
Datum vydání | 2011 |
Přístup | |
webová stránka | http://www.ompdb.org |
OMPdb je vyhrazená databáze, která obsahuje beta barel (β-barel) proteiny vnější membrány z Gramnegativní bakterie.[1] Takové proteiny jsou zodpovědné za širokou škálu důležitých funkcí, jako je pasivní příjem živin, aktivní transport velkých molekul, sekrece bílkovin, stejně jako přilnavost na hostitelské buňky, kterými bakterie vystavují své virulence aktivita.
Jejich biologický význam spolu s neadekvátní anotací a klasifikací nalezenou ve veřejných databázích vyžaduje potřebu intenzivních studií a přesného sběru dat týkajících se proteinů β-barelu.
Informace obsažené v OMPdb se skládají z sekvence údaje, jakož i anotace strukturálních charakteristik (např transmembránové segmenty ), odkazy na literaturu a odkazy na jiné veřejné databáze, funkce, které jsou celosvětově jedinečné. Nabízíme také informace týkající se existence a 3D struktura daného proteinu, pokud je uložen v databázi PDB. Seznam proteinových položek s vyřešenou 3D strukturou lze také nalézt na každé stránce pro vstup do rodiny, je-li to relevantní.
Spolu s databází kolekce profilů Skryté Markovovy modely, pocházející hlavně z PFAM[2] byla také sestavena databáze, která byla prokázána jako charakteristická pro proteiny vnější membrány β-barelu. Tato sada, pokud se používá v kombinaci s nedávno představenou PRED-TMBB2[3] Algoritmus bude sloužit jako silný nástroj z hlediska diskriminace a klasifikace nových proteinů β-barelu a analýz celých proteomů.
Webové rozhraní OMPdb nabízí uživateli nejen možnost prohlížet dostupná data, ale také zadávat pokročilé dotazy pro textové vyhledávání v rámci proteinových záznamů v databázi nebo provádět vyhledávání proteinů a domén. Nejaktuálnější verzi databáze lze stáhnout v různých formátech (plochý text, XML formát nebo raw FASTA sekvence).
Na stránce pro stahování si může uživatel stáhnout kompletní datový soubor proteinů β-barelu, který je sestaven po pravidelných aktualizacích PDBTM[4] databáze, OPM[5] databáze a seznam membránových proteinů známé 3D struktury z Stephen White laboratoř v UC Irvine.
Během 11. – 12. Srpna 2014 se OMPdb účastnil ústupu proteinové bioinformatiky a komunitních zdrojů v EU Wellcome Trust Conference Center, spojilo hlavní výzkumníky několika specializovaných zdrojů bílkovin, jakož i vědců z databází proteinů z velkých bioinformatických center. Během tohoto setkání byly diskutovány některé běžné klíčové výzvy spojené s vytvářením a údržbou těchto zdrojů, spolu s různými přístupy k jejich řešení.[6] Důležitým výsledkem bylo vytvoření sítě specializovaných proteinových zdrojů, jejímž cílem je zlepšit koordinaci činností jejích členských zdrojů.[7]
Reference
- ^ A b Tsirigos, Konstantinos D; Bagos Pantelis G; Hamodrakas Stavros J (leden 2011). „OMPdb: databáze {beta} -barel proteinů vnější membrány z gramnegativních bakterií“. Nucleic Acids Res. Anglie. 39 (Problém s databází): D324-31. doi:10.1093 / nar / gkq863. PMC 3013764. PMID 20952406.
- ^ Finn, Robert D .; Coggill, Penelope; Eberhardt, Ruth Y .; Eddy, Sean R .; Mistry, Jaina; Mitchell, Alex L .; Potter, Simon C .; Punta, Marco; Qureshi, Matloob (01.01.2016). „Databáze proteinových rodin Pfam: směrem k udržitelnější budoucnosti“. Výzkum nukleových kyselin. 44 (D1): D279–285. doi:10.1093 / nar / gkv1344. ISSN 1362-4962. PMC 4702930. PMID 26673716.
- ^ Tsirigos, Konstantinos D .; Elofsson, Arne; Bagos, Pantelis G. (01.09.2016). „PRED-TMBB2: vylepšená predikce topologie a detekce proteinů vnější membrány beta-barelu“. Bioinformatika. 32 (17): i665 – i671. doi:10.1093 / bioinformatika / btw444. ISSN 1367-4811. PMID 27587687.
- ^ Kozma, Dániel; Simon, István; Tusnády, Gábor E. (01.01.2013). "PDBTM: Proteinová datová banka transmembránových proteinů po 8 letech". Výzkum nukleových kyselin. 41 (Problém s databází): D524–529. doi:10.1093 / nar / gks1169. ISSN 1362-4962. PMC 3531219. PMID 23203988.
- ^ Lomize, Mikhail A .; Pogozheva, Irina D .; Joo, Hyeon; Mosberg, Henry I .; Lomize, Andrei L. (01.01.2012). „Databáze OPM a webový server PPM: prostředky pro umístění proteinů v membránách“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D370–376. doi:10.1093 / nar / gkr703. ISSN 1362-4962. PMC 3245162. PMID 21890895.
- ^ Holliday, Gemma L .; Bairoch, Amos; Bagos, Pantelis G .; Chatonnet, Arnaud; Craik, David J .; Finn, Robert D .; Henrissat, Bernard; Landsman, David; Manning, Gerard (01.06.2015). „Klíčové výzvy pro vytváření a údržbu speciálních zdrojů bílkovin“. Proteiny. 83 (6): 1005–1013. doi:10,1002 / prot. 24803. ISSN 1097-0134. PMC 4446195. PMID 25820941.
- ^ Babbitt, Patricia C .; Bagos, Pantelis G .; Bairoch, Amos; Bateman, Alex; Chatonnet, Arnaud; Chen, Mark Jinan; Craik, David J .; Finn, Robert D .; Gloriam, David (01.01.2015). „Vytvoření sítě specializovaných zdrojů bílkovin: zpráva ze schůzky pro bioinformatiku bílkovin a komunitní zdroje ustoupit“. Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2015: bav063. doi:10.1093 / databáze / bav063. ISSN 1758-0463. PMC 4499208. PMID 26284514.
externí odkazy
![]() | Tento Biologická databáze související článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |