Nicolas Le Novère - Nicolas Le Novère

Nicolas Le Novère
VIB-ABLS-2016-cropped.jpg
narozený (1969-03-12) 12. března 1969 (věk 51)
Alma mater
Známý jakoDatabáze biomodelů, SBGN, SBML, MIRIAM
Vědecká kariéra
Pole
Instituce
Akademičtí poradci

Nicolas Le Novère je britský a francouzština biolog. Jeho výzkum se zaměřuje na modelování signální dráhy a vývoj nástrojů ke sdílení matematické modely.

Vzdělávání

Le Novère získal jeho Baccalauréat na Prytanée národní militaire. Získal titul MSc (1993) v oboru biologie a biochemie od École Normale Supérieure, BSc v buněčné biologii a fyziologii (1991), a PhD v oboru molekulární a buněčné Farmakologie (1998) z Pierre a Marie Curie University.[1] V letech 1999 až 2001 byl a Postdoktorandský kolega na Univerzita v Cambridge (SPOJENÉ KRÁLOVSTVÍ).

Výzkum

První část kariéry Le Novère v laboratoři Jean-Pierre Changeux na Pasteurův institut, byl zaměřen na studium Nikotinové acetylcholinové receptory v mozku. Rekonstruoval jejich fylogenezi,[2] předpovídal[3] a modelovali jejich strukturu.[4] Zkoumal také roli podjednotky alfa6 v dopaminergních neuronech mesencephalonu.[5][6]

Během svého postdoktorandského studia ve skupině Dennis Bray na Univerzita v Cambridge, modeloval molekulární sítě, které jsou základem bakterií chemotaxe.[7][8] Společnost Le Novère se poté zapojila do vývojových standardů, o které se dělí matematické modely jako SBML,[9] z nichž se později stal redaktorem.

V roce 2003 společnost Le Novère vybudovala výzkumnou skupinu v Evropský bioinformatický institut (EMBL-EBI). Skupina studovala signální dráhy základní synaptická plasticita, zejména alosterické senzory vápníku.[10][11][12]Souběžně jeho skupina koordinovala vývoj konzistentního souboru standardů v systémové biologii, včetně grafické notace SBGN,[13] pokyny MIRIAM[14] a MIASE,[15] jazyky SED-ML[16] a PharmML a ontologie[17] tak jako Systémová biologie Ontologie. Také vytvořil Databáze biomodelů[18] a Identifiers.org[19] URI.

Le Novère přesunul svoji skupinu do Babraham Institute od roku 2012 do roku 2018.

Byl pomocným redaktorem časopisů Biologie systémů BMC a NPJ Systems Biology and Applications do září 2018. Od roku 2017 do roku 2018 je vedoucím sekce sekce Systems and Network Biology of the Faculty of 1000.

Senior člen Mezinárodní společnost pro výpočetní biologii, působil v jejím představenstvu od roku 2017 do roku 2018.

Přesvědčení

V září 2018 byl Le Novère odsouzen na 8 měsíců (pozastaven na 2 roky), když připustil stahování neslušných snímků dítěte a držení extrémního pornografického obrazu. [20][21][22] Následně byl propuštěn z Babrahamova institutu, kde pracoval.

Reference

  1. ^ „Nicolas Le Novere CV“. Citováno 25. července 2015.
  2. ^ Le Novère N, Changeux JP (1995). „Molekulární vývoj nikotinového acetylcholinového receptoru: příklad multigenové rodiny v excitovatelných buňkách“. Journal of Molecular Evolution. 40 (2): 155–172. doi:10.1007 / BF00167110. PMID  7699721.
  3. ^ Le Novère N, Corringer PJ, Changeux JP (1999). „Vylepšené předpovědi sekundární struktury pro podjednotku nikotinového receptoru. Začlenění dostupnosti rozpouštědla a experimentálních dat do 2D reprezentace“. Biofyzikální deník. 76 (5): 2329–2345. doi:10.1016 / S0006-3495 (99) 77390-X. PMC  1300207. PMID  10233052.
  4. ^ Le Novère N, Grutter T, Changeux JP (2002). "Modely extracelulární domény nikotinových receptorů a agonistických a Ca ++ vazebných míst". Sborník Národní akademie věd USA. 99 (5): 3210–5. doi:10.1073 / pnas.042699699. PMC  122498. PMID  11867716.
  5. ^ Le Novère N, Zoli M, Changeux JP (1996). „Neuronální nikotinový receptor a6 podjednotka mRNA je selektivně koncentrována v katecholaminergních jádrech mozku potkana“. European Journal of Neuroscience. 8 (11): 2428–2439. doi:10.1111 / j.1460-9568.1996.tb01206.x. PMID  8950106.
  6. ^ Le Novère N, Zoli M, Léna C, Ferrari R, Picciotto MR, Merlo-Pich E, Changeux JP (1999). „Zapojení podjednotky nikotinového receptoru a6 do lokomoce vyvolané nikotinem, prokázáno in vivo infuzí antisense oligonukleotidu“. NeuroReport. 10 (12): 2497–2501. doi:10.1097/00001756-199908200-00012. PMID  10574359.
  7. ^ Shimizu TS, Le Novère N, Levin MD, Beavil AJ, Sutton BJ, Bray D (2000). "Molekulární model mřížky signálních proteinů zapojených do bakteriální chemotaxe". Přírodní buněčná biologie. 2 (11): 792–796. doi:10.1038/35041030. PMID  11056533.
  8. ^ Duke, T. A. J .; Le Novère, N .; Bray, D. (2001). „Konformační šíření v kruhu bílkovin: stochastický přístup k allostery“. Journal of Molecular Biology. 308 (3): 541–553. doi:10.1006 / jmbi.2001.4610. PMID  11327786.
  9. ^ Hucka, M .; Finney, A .; Sauro, H. M .; Bolouri, H .; Doyle, J. C .; Kitano, H.; Arkin, A. P .; Bornstein, A. P .; Bray, B. J .; Cornish-Bowden, D .; Cuellar, A .; Dronov, A. A .; Gilles, S .; Ginkel, E. D .; Gor, M .; Goryanin, V .; Hedley, I. I .; Hodgman, W. J .; Hofmeyr, T. C .; Hunter, J. -H .; Juty, P. J .; Kasberger, N. S .; Kremling, J. L .; Kummer, A .; Le Novère, U .; Loew, N .; Lucio, L. M .; Mendes, P.; Minch, P .; Mjolsness, E. (2003). „Systémový biologický značkovací jazyk (SBML): médium pro reprezentaci a výměnu modelů biochemických sítí“. Bioinformatika. 19 (4): 524–531. doi:10.1093 / bioinformatika / btg015. PMID  12611808.
  10. ^ Stefan MI, Edelstein SJ, Le Novère N (2008). „Alosterický model kalmodulinu vysvětluje diferenciální aktivaci PP2B a CaMKII“. Sborník Národní akademie věd. 105 (31): 10768–10773. doi:10.1073 / pnas.0804672105. PMC  2504824. PMID  18669651.
  11. ^ Li L, Stefan MI, Le Novère N (2012). "Frekvence vstupu vápníku, doba trvání a amplituda rozdílně modulují relativní aktivaci kalcineurinu a CaMKII". PLOS ONE. 7 (9): e43810. doi:10.1371 / journal.pone.0043810. PMC  3433481. PMID  22962589.
  12. ^ Lai M, Brun D, ​​Edelstein SJ, Le Novère N (2015). „Modulace kalmodulinových laloků různými cíli: alosterický model s polokoncentrovanými konformačními přechody“. PLoS výpočetní biologie. 11 (1): e1004063. doi:10.1371 / journal.pcbi.1004063. PMC  4303274. PMID  25611683.
  13. ^ Le Novère N, Hucka M, Mi H, Moodie S, Shreiber F, Sorokin A, Demir E, Wegner K, Aladjem M, Wimalaratne S, Bergman FT, Gauges R, Ghazal P, Kawaji H, Li L, Matsuoka Y, Villéger A, Boyd SE, Calzone L, Courtot M, Dogrusoz U, Freeman T, Funahashi A, Ghosh S, Jouraku A, Kim S, Kolpakov F, Luna A, Sahle S, Schmidt E, Watterson S, Goryanin I, Kell DB, Sander C, Sauro H, Snoep JL, Kohn K, Kitano H (2009). „Grafická notace biologie systémů“. Přírodní biotechnologie. 27 (8): 735–741. doi:10.1038 / nbt.1558. hdl:11693/38162. PMID  19668183.
  14. ^ Le Novère N, Finney A, Hucka M, Bhalla USA, Campagne F, Collado-Vides J, Crampin EJ, Halstead M, Klipp E, Mendes P, Nielsen P, Sauro H, Shapiro B, Snoep JL, Spence HD, Wanner BL (2005). „Minimální informace požadované v anotaci biochemických modelů (MIRIAM)“. Přírodní biotechnologie. 23 (12): 1509–1515. doi:10.1038 / nbt1156. PMID  16333295.
  15. ^ Waltemath D, Adams R, Beard DA, Bergmann FT, Bhalla US, Britten R, Chelliah V, Cooling MT, Cooper J, Crampin E, Garny A, Hoops S, Hucka M, Hunter P, Klipp E, Laibe C, Miller A , Moraru I, Nickerson D, Nielsen P, Nikolski M, Sahle S, Sauro HM, Schmidt H, Snoep JL, Tolle D, Wolkenhauer O, Le Novère N (2011). „Minimální informace o simulačním experimentu (MIASE). PLoS výpočetní biologie. 7 (4): e1001122. doi:10.1371 / journal.pcbi.1001122. PMC  3084216. PMID  21552546.
  16. ^ Waltemath D, Adams R, Bergmann FT, Hucka M, Kolpakov F, Miller AK, Moraru II, Nickerson D, Sahle S, Snoep JL, Le Novère N (2011). „Reprodukovatelné výpočtové biologické experimenty se SED-ML - simulační experiment Popis Markup Language“. Biologie systémů BMC. 5: 198. doi:10.1186/1752-0509-5-198. PMC  3292844. PMID  22172142.
  17. ^ Courtot M, Juty N, Knüpfer C, Waltemath D, Zhukova A, Dräger A, Dumontier M, Finney A, Golebiewski M, Hastings J, Hoops S, Keating S, Kell DB, Kerrien S, Lawson J, Lister A, Lu J Machne R, Mendes P, Pocock M, Rodriguez N, Villeger A, Wilkinson DJ, Wimalaratne S, Laibe C, Hucka M, Le Novère N (2011). „Řízené slovníky a sémantika v systémové biologii“. Molekulární biologie systémů. 7: 543. doi:10.1038 / msb.2011.77. PMC  3261705. PMID  22027554.
  18. ^ Le Novère N, Bornstein B, Broicher A, Courtot M, Donizelli M, Dharuri H, Li L, Sauro H, Schilstra M, Shapiro B, Snoep JL, Hucka M (2006). „Databáze biomodelů: bezplatná centralizovaná databáze upravených, publikovaných, kvantitativních kinetických modelů biochemických a buněčných systémů“. Výzkum nukleových kyselin. 34 (90001): D689 – D691. doi:10.1093 / nar / gkj092. PMC  1347454. PMID  16381960.
  19. ^ Juty N, Le Novère N, Laibe C (2012). „Identifiers.org a MIRIAM Registry: prostředky komunity k zajištění trvalé identifikace“. Výzkum nukleových kyselin. 40 (Problém s databází): D580 – D586. doi:10.1093 / nar / gkr1097. PMC  3245029. PMID  22140103.
  20. ^ "Vědec měl film o zneužívání dětí, osm". BBC novinky. 4. září 2018.
  21. ^ Pilgrim, Tom (4. září 2018). „Nejlepší cambridgeský vědec připouští stahování videí o zneužívání dětí“. Cambridge News.
  22. ^ „Uspořádat věci. nlenov.wordpress.com. 20. září 2018. Citováno 24. října 2018.

externí odkazy