NeuroLex - NeuroLex - Wikipedia
 | Tento článek má několik problémů. Prosím pomozte vylepši to nebo diskutovat o těchto otázkách na internetu diskusní stránka. (Zjistěte, jak a kdy tyto zprávy ze šablony odebrat) (Zjistěte, jak a kdy odstranit tuto zprávu šablony)
|
 | |
|---|---|
| Obsah | |
| Popis | Dynamický lexikon neurovědeckých pojmů v a Sémantická wiki |
| Typy dat zajat | Neurovědy |
| Kontakt | |
| Autoři | Maryann Martone, Stephen Larson a další |
| Přístup | |
| webová stránka | https://scicrunch.org/scicrunch/interlex/dashboard |
| Smíšený | |
| Licence |  Creative Commons Attribution 3.0 Unported License |
NeuroLex je dynamický Lexikon z neurovědy koncepty.[1] Je strukturován jako sémantická wiki, použitím Sémantická MediaWiki. NeuroLex je podporován Informační rámec pro neurovědy projekt.
Přehled
Účelem NeuroLex je pomoci zlepšit způsob, jakým neurologové komunikují o svých datech, aby informační systémy, jako je NIF, mohly snáze najít data a poskytnout účinnější prostředky pro integraci dat, ke kterým dochází napříč distribuovanými prostředky. Jedním z velkých překážek integrace dat v neurovědě je nekonzistentní používání terminologie v databázích a dalších zdrojích, jako je literatura. Když člověk používá stejné výrazy k označení různých věcí, nemůže snadno klást otázky, které se rozprostírají napříč více prostředky. Například pokud tři databáze obsahují informace o tom, co geny jsou vyjádřeny v kůra, ale všichni používají různé definice mozková kůra, pak je nelze snadno srovnat.
Využití v rámci Neuroscience Information Framework
NIF umožňuje zjišťování a přístup k veřejným výzkumným datům a nástrojům po celém světě prostřednictvím otevřeného síťového prostředí. Financováno NIH Plán výzkumu neurověd,[2] NIF umožňuje vědcům a studentům objevovat globální neurovědecké webové zdroje, které překračují tradiční hranice - od experimentálních, klinických a translačních neurovědeckých databází po znalostní báze, atlasy a genetické / genomické zdroje.
Na rozdíl od obecných vyhledávačů poskytuje NIF hlubší přístup k cílenější sadě zdrojů, které jsou relevantní pro neurovědu, vyhledávací strategie přizpůsobené neurovědě a přístup k obsahu, který je tradičně „skrytý“ před webové vyhledávače. Rámec je dynamickým soupisem neurovědeckých databází, anotovaných a integrovaných do jednotného systému biomedicínská terminologie (tj. NeuroLex). NIF podporuje koncepčně založené dotazy na více stupnicích biologické struktury a více úrovních biologické funkce, což usnadňuje hledání a porozumění výsledkům.
Jako součást NIF je poskytováno vyhledávací rozhraní k mnoha různým zdrojům neurovědeckých informací a dat. Aby bylo toto hledání efektivnější, NIF buduje ontologie, které pomáhají organizovat koncepty neurovědy do hierarchií kategorií, např. s uvedením, že a neuron je buňka. To umožňuje uživatelům provádět efektivnější vyhledávání a také organizovat a porozumět vráceným informacím. Důležitým doplňkem této činnosti je však jasně definovat všechny termíny, které se používají k popisu dat, např. Anatomické termíny, techniky, organismus jména.
Obsah
Počáteční položky v NeuroLexu byly vytvořeny z ontologií NIFSTD, které zahrnovaly dřívější slovní zásobu BIRNLex. V současné době obsahuje koncepty, které pokrývají hrubou anatomii, buňky nervový systém, subcelulární struktury, nemoci, funkce a techniky. NIF žádá o vstup komunity, aby přidal další obsah a opravil, co tam je.
Viz také
Poznámky a odkazy
- ^ Počáteční obsah tohoto článku byl upraven z projektu NeuroLex, který je licencován pod a Licence Creative Commons Attribution.
- ^ The Plán NIH pro výzkum neurovědy je společným úsilím mezi 16 instituty, středisky a úřady NIH, které podporují neurovědecký výzkum. Spojením zdrojů a odborných znalostí Blueprint podporuje vývoj nových nástrojů, vzdělávacích příležitostí a dalších zdrojů, které mají pomoci neurologům v základním i klinickém výzkumu. Přečtěte si více o plánu Archivováno 2009-01-30 na Wayback Machine.
Další čtení
NIF byl uveden ve zvláštním čísle Neuroinformatika, publikováno v září 2008:
- Bug WJ, Ascoli GA, Grethe JS, Gupta A, Fennema-Notestine C, Laird AR, Larson SD, Rubin D, Shepherd GM, Turner JA, Martone ME (září 2008). „Slovník NIFSTD a BIRNLex: budování komplexní ontologie pro neurovědy“. Neuroinformatika. 6 (3): 175–94. doi:10.1007 / s12021-008-9032-z. PMC 2743139. PMID 18975148. Archivovány od originál 12. února 2009.
- Gardner D, Akil H, Ascoli GA, Bowden DM, Bug W, Donohue DE, Goldberg DH, Grafstein B, Grethe JS, Gupta A, Halavi M, Kennedy DN, Marenco L, Martone ME, Miller PL, Müller HM, Robert A „Shepherd GM, Sternberg PW, Van Essen DC, Williams RW (září 2008). „Informační rámec pro neurovědy: prostředí dat a znalostí pro neurovědu“. Neuroinformatika. 6 (3): 149–60. doi:10.1007 / s12021-008-9024-z. PMC 2661130. PMID 18946742.
- Gardner D, Goldberg DH, Grafstein B, Robert A, Gardner EP (září 2008). „Terminologie pro objevování neurovědy: syntaxe více stromů a sémantika odvozená od vyšetřovatelů“. Neuroinformatika. 6 (3): 161–74. doi:10.1007 / s12021-008-9029-7. PMC 2663521. PMID 18958630.
- Gupta A, Bug W, Marenco L, Qian X, Condit C, Rangarajan A, Müller HM, Miller PL, Sanders B, Grethe JS, Astakhov V, Shepherd G, Sternberg PW, Martone ME (září 2008). „Federovaný přístup k heterogenním informačním zdrojům v Neuroscience Information Framework (NIF)“. Neuroinformatika. 6 (3): 205–17. doi:10.1007 / s12021-008-9033-r. PMC 2689790. PMID 18958629.
- Halavi M, Polavaram S, Donohue DE, Hamilton G, Hoyt J, Smith KP, Ascoli GA (září 2008). „NeuroMorpho.Org implementace digitální neurovědy: husté pokrytí a integrace s NIF“. Neuroinformatika. 6 (3): 241–52. doi:10.1007 / s12021-008-9030-1. PMC 2655120. PMID 18949582.
- Marenco L, Ascoli GA, Martone ME, Shepherd GM, Miller PL (září 2008). „Zprostředkovatel NIF LinkOut: webový prostředek k usnadnění federované integrace dat pomocí identifikátorů NCBI“. Neuroinformatika. 6 (3): 219–27. doi:10.1007 / s12021-008-9025 let. PMC 2704600. PMID 18975149.
- Marenco L, Li Y, Martone ME, Sternberg PW, Shepherd GM, Miller PL (září 2008). „Problémy s návrhem pilotního konceptu založeného dotazovacího rozhraní pro neuroinformatický informační rámec“. Neuroinformatika. 6 (3): 229–39. doi:10.1007 / s12021-008-9035-9. PMC 2664632. PMID 18953674.
- Müller HM, Rangarajan A, Teal TK, Sternberg PW (září 2008). „Textpresso pro neurovědu: hledání úplného textu tisíců neurovědeckých výzkumných prací“. Neuroinformatika. 6 (3): 195–204. doi:10.1007 / s12021-008-9031-0. PMC 2666735. PMID 18949581.