NIPBL - NIPBL

NIPBL
Identifikátory
Aliasy	NIPBL, CDLS, CDLS1, IDN3, IDN3-B, Scc2, kohezinový faktor zatížení, NIPBL kohezinový faktor zatížení
Externí ID	OMIM: 608667 MGI: 1913976 HomoloGene: 15850 Genové karty: NIPBL
Umístění genu (člověk)
Chr.	Chromozom 5 (lidský)
Konec	37,066,413 bp
Umístění genu (myš)
Chr.	Chromozom 15 (myš)
Konec	8,444,463 bp
Genová ontologie
Molekulární funkce	• vazba mediátorového komplexu; • chromo stínová vazba domény; • vazba N-konce proteinu; • vazba histon-deacetylázy; • vazba chromatinu; • vazba na C-konec proteinu; • GO: 0001948 vazba na proteiny;
Buněčná složka	• Nakládací komplex SMC; • nukleoplazma; • chromatin; • extracelulární exosom; • buněčné jádro; • komplex integrátorů; • nukleární chromozom; • nukleární chromatin; • chromozóm; • Komplex načítání kohezinu Scc2-Scc4;
Biologický proces	• pozitivní regulace histonové deacetylace; • morfogeneze přední končetiny; • morfogeneze očí; • regulace embryonálního vývoje; • poznání; • morfogeneze dělohy; • buněčná odpověď na rentgen; • regulace vývojového růstu; • morfogeneze srdce; • morfogeneze výtokového traktu; • pozitivní regulace osifikace; • negativní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • smyslové vnímání zvuku; • buněčná odpověď na stimul poškození DNA; • udržování populace kmenových buněk; • morfogeneze ucha; • lokalizace buněčných proteinů; • vývoj srdce; • vývoj mozku; • vývojový růst; • morfogeneze zevních genitálií; • regulace vlasového cyklu; • pozitivní regulace růstu mnohobuněčných organismů; • morfogeneze embryonálního zažívacího traktu; • vývoj žlučníku; • regulace genové exprese; • embryonální kraniální kostra morfogeneze; • embryonální morfogeneze viscerokranu; • buněčný cyklus; • vývoj metanephros; • negativní regulace transkripce, DNA-šablony; • diferenciace tukových buněk; • udržování soudržnosti mitotických sesterských chromatid; • embryonální přední končetiny morfogeneze; • čelit morfogenezi; • pozitivní regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • regulace transkripce z promotoru RNA polymerázy II; • pozitivní regulace migrace neuronů; • transkripce, chráněná DNA; • regulace transkripce, DNA-šablony; • vývoj mnohobuněčných organismů; • soudržnost mitotických sesterských chromatid; • oprava dvojitého vlákna; • kondenzace mitotických chromozomů; • vytvoření soudržnosti mitotických sesterských chromatid; • kondenzace rDNA; • stanovení lokalizace proteinu na chromatinu; • transkripční aktivace smyčkami promotor-enhancer; • nakládání kohezinu; • pozitivní regulace zatížení mitotickým kohezinem; • oprava dvouvláknového zlomu pocházející z replikace prostřednictvím výměny sesterských chromatid;
	Zdroje:Amigo / QuickGO
Ortology
	25836
	71175
	ENSG00000164190
	ENSMUSG00000022141
	Q6KC79
	Q6KCD5
	NM_015384; NM_133433
	NM_027707; NM_201232
	NP_056199; NP_597677
	NP_081983; NP_957684
	Wikidata
Zobrazit / upravit člověka	Zobrazit / upravit myš

Niped-B-like protein (NIPBL), také známý jako SCC2 nebo delangin je protein že u lidí je kódován NIPBL gen.^[5] NIPBL je vyžadován pro přidružení uživatele kohesin s DNA a je hlavní podjednotkou komplexu pro nakládání s cohesinem.^[6] Heterozygotní mutace v NIPBL představuje odhadem 60% případů Syndrom Cornelia de Lange.^[7]

Struktura a interakce

Struktura SCC4 (zelená) v komplexu s SCC2 N-terminální doménou (modrá) z nadějných kvasinek (Hinshaw et al., 2015)

NIPBL je velký protein ve tvaru háku HEAT se opakuje.^[8] NIPBL tvoří komplex s MAU2 (Scc4 v nadějných kvasnicích) známý jako komplex s obsahem kohesinu.^[9] Jak tento název napovídá, NIPBL a MAU2 jsou potřebné pro počáteční spojení kohezinu s DNA.

Cohesin je považován za prostředníka interakce zesilovač-promotor a generovat Topologicky přidružená doména. Kromě zprostředkování soudržnosti a regulace architektury DNA je pro opravu DNA vyžadován komplex kohezinu homologní rekombinace. Vzhledem k tomu, že NIPBL je vyžadován pro asociaci cohesinu s DNA, předpokládá se, že NIPBL je také vyžadován pro všechny tyto procesy. Důsledkem je, že inaktivace Nipbl vede ke ztrátě topologicky asociovaných domén^[10] a soudržnost.^[11]

NIPBL se váže dynamicky chromatin hlavně prostřednictvím sdružení s kohesin.^[12] Pohyb NIPBL uvnitř chromatinu je v souladu s mechanismem zahrnujícím skákání mezi chromozomální kohezinové kroužky. U NIPBL byla také prokázána funkce nezávislá na kohezinu v regulaci genové exprese.^[13]^[14]

Klinický význam

Mutace v tomto genu vedou k Cornelia de Lange syndrom (CdLS), porucha charakterizovaná dysmorfickými rysy obličeje, zpožděním růstu, defekty redukce končetin a mentální retardací.^[5] Protože tyto mutace jsou obvykle heterozygotní, CdLS je způsobeno snížením množství Nipbl, nikoli úplnou ztrátou. Pokusy na buňkách pacientů a myší naznačují, že snížení je o méně než polovinu.^[15] Není známo, proč snížení exprese Nipbl vede k CdLS.

Reference

^ ^A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000164190 - Ensembl, Květen 2017
^ ^A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000022141 - Ensembl, Květen 2017
^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
^ ^A ^b „Entrez Gene: Nipped-B homolog (Drosophila)“.
^ Ciosk R, Shirayama M, Shevchenko A, Tanaka T, Toth A, Shevchenko A, Nasmyth K (2000). „Vazba Cohesinu na chromozomy závisí na samostatném komplexu skládajícím se z proteinů Scc2 a Scc4“. Molekulární buňka. 5 (2): 243–54. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80420-7. PMID 10882066.
^ Rohatgi S, Clark D, Kline AD, Jackson LG, Pie J, Siu V, Ramos FJ, Krantz ID, Deardorff MA (červenec 2010). „Faciální diagnostika mírné a variantní CdLS: poznatky z dysmorfologického průzkumu“. American Journal of Medical Genetics. Část A. 152A (7): 1641–53. doi:10,1002 / ajmg.a.33441. PMC 4133091. PMID 20583156.
^ Kikuchi S, Borek DM, Otwinowski Z, Tomchick DR, Yu H (listopad 2016). "Krystalová struktura kohezinového nakladače Scc2 a pohled na kohezinopatii". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 113 (44): 12444–12449. doi:10.1073 / pnas.1611333113. PMC 5098657. PMID 27791135.
^ Nasmyth K (říjen 2011). „Cohesin: catenase se samostatnými vstupními a výstupními branami?“. Přírodní buněčná biologie. 13 (10): 1170–7. doi:10.1038 / ncb2349. PMID 21968990. S2CID 25382204.
^ Schwarzer W, Abdennur N, Goloborodko A, Pekowska A, Fudenberg G, Loe-Mie Y, Fonseca NA, Huber W, Haering C, Mirny L, Spitz F (15. prosince 2016). „Odstranění kohezinu jsou odhaleny dva nezávislé režimy organizace chromozomů“. str. 094185. bioRxiv 10.1101/094185.
^ Ciosk R, Shirayama M, Shevchenko A, Tanaka T, Toth A, Shevchenko A, Nasmyth K (únor 2000). „Vazba Cohesinu na chromozomy závisí na samostatném komplexu skládajícím se z proteinů Scc2 a Scc4“. Molekulární buňka. 5 (2): 243–54. doi:10.1016 / s1097-2765 (00) 80420-7. PMID 10882066.
^ Rhodes J, Mazza D, Nasmyth K, Uphoff S (2017). "Scc2 / Nipbl chmel mezi chromozomálními kohezinovými kroužky po načtení". eLife. 6. doi:10 7554 / eLife. 30000. PMC 5621834. PMID 28914604.
^ Zuin J, Franke V, van Ijcken WF, van der Sloot A, Krantz ID, van der Reijden MI, Nakato R, Lenhard B, Wendt KS (únor 2014). „Role nezávislá na kohezinu pro NIPBL u promotérů poskytuje informace o CdLS“. Genetika PLOS. 10 (2): e1004153. doi:10.1371 / journal.pgen.1004153. PMC 3923681. PMID 24550742.
^ van den Berg DL, Azzarelli R, Oishi K, Martynoga B, Urbán N, Dekkers DH, Demmers JA, Guillemot F (leden 2017). „Nipbl interaguje se Zfp609 a komplexem integrátorů k regulaci migrace kortikálních neuronů“. Neuron. 93 (2): 348–361. doi:10.1016 / j.neuron.2016.11.047. PMC 5263256. PMID 28041881.
^ Kawauchi S, Calof AL, Santos R, Lopez-Burks ME, Young CM, Hoang MP, Chua A, Lao T, Lechner MS, Daniel JA, Nussenzweig A, Kitzes L, Yokomori K, Hallgrimsson B, Lander AD (září 2009) . „Vady více orgánových systémů a transkripční dysregulace u myši Nipbl (+/-), model syndromu Cornelia de Lange“. Genetika PLOS. 5 (9): e1000650. doi:10.1371 / journal.pgen.1000650. PMC 2730539. PMID 19763162.

Tento článek včlení text z United States National Library of Medicine, který je v veřejná doména.

Tento článek o gen na lidský chromozom 5 je pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.

[refGRCh38Ensembl-1] A ^b ^C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000164190 - Ensembl, Květen 2017

[refGRCm38Ensembl-2] A ^b ^C GRCm38: Vydání souboru 89: ENSMUSG00000022141 - Ensembl, Květen 2017

[3] „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[4] „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.

[entrez-5] A ^b „Entrez Gene: Nipped-B homolog (Drosophila)“.

[Ciosk_2000-6] Ciosk R, Shirayama M, Shevchenko A, Tanaka T, Toth A, Shevchenko A, Nasmyth K (2000). „Vazba Cohesinu na chromozomy závisí na samostatném komplexu skládajícím se z proteinů Scc2 a Scc4“. Molekulární buňka. 5 (2): 243–54. doi:10.1016 / S1097-2765 (00) 80420-7. PMID 10882066.

[7] Rohatgi S, Clark D, Kline AD, Jackson LG, Pie J, Siu V, Ramos FJ, Krantz ID, Deardorff MA (červenec 2010). „Faciální diagnostika mírné a variantní CdLS: poznatky z dysmorfologického průzkumu“. American Journal of Medical Genetics. Část A. 152A (7): 1641–53. doi:10,1002 / ajmg.a.33441. PMC 4133091. PMID 20583156.

[8] Kikuchi S, Borek DM, Otwinowski Z, Tomchick DR, Yu H (listopad 2016). "Krystalová struktura kohezinového nakladače Scc2 a pohled na kohezinopatii". Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 113 (44): 12444–12449. doi:10.1073 / pnas.1611333113. PMC 5098657. PMID 27791135.

[9] Nasmyth K (říjen 2011). „Cohesin: catenase se samostatnými vstupními a výstupními branami?“. Přírodní buněčná biologie. 13 (10): 1170–7. doi:10.1038 / ncb2349. PMID 21968990. S2CID 25382204.

[10] Schwarzer W, Abdennur N, Goloborodko A, Pekowska A, Fudenberg G, Loe-Mie Y, Fonseca NA, Huber W, Haering C, Mirny L, Spitz F (15. prosince 2016). „Odstranění kohezinu jsou odhaleny dva nezávislé režimy organizace chromozomů“. str. 094185. bioRxiv 10.1101/094185.

[11] Ciosk R, Shirayama M, Shevchenko A, Tanaka T, Toth A, Shevchenko A, Nasmyth K (únor 2000). „Vazba Cohesinu na chromozomy závisí na samostatném komplexu skládajícím se z proteinů Scc2 a Scc4“. Molekulární buňka. 5 (2): 243–54. doi:10.1016 / s1097-2765 (00) 80420-7. PMID 10882066.

[pmid28914604-12] Rhodes J, Mazza D, Nasmyth K, Uphoff S (2017). "Scc2 / Nipbl chmel mezi chromozomálními kohezinovými kroužky po načtení". eLife. 6. doi:10 7554 / eLife. 30000. PMC 5621834. PMID 28914604.

[13] Zuin J, Franke V, van Ijcken WF, van der Sloot A, Krantz ID, van der Reijden MI, Nakato R, Lenhard B, Wendt KS (únor 2014). „Role nezávislá na kohezinu pro NIPBL u promotérů poskytuje informace o CdLS“. Genetika PLOS. 10 (2): e1004153. doi:10.1371 / journal.pgen.1004153. PMC 3923681. PMID 24550742.

[14] van den Berg DL, Azzarelli R, Oishi K, Martynoga B, Urbán N, Dekkers DH, Demmers JA, Guillemot F (leden 2017). „Nipbl interaguje se Zfp609 a komplexem integrátorů k regulaci migrace kortikálních neuronů“. Neuron. 93 (2): 348–361. doi:10.1016 / j.neuron.2016.11.047. PMC 5263256. PMID 28041881.

[15] Kawauchi S, Calof AL, Santos R, Lopez-Burks ME, Young CM, Hoang MP, Chua A, Lao T, Lechner MS, Daniel JA, Nussenzweig A, Kitzes L, Yokomori K, Hallgrimsson B, Lander AD (září 2009) . „Vady více orgánových systémů a transkripční dysregulace u myši Nipbl (+/-), model syndromu Cornelia de Lange“. Genetika PLOS. 5 (9): e1000650. doi:10.1371 / journal.pgen.1000650. PMC 2730539. PMID 19763162.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]

[15]