Databáze výrazů pro profilování více Omics - Multi-Omics Profiling Expression Database

MOPED
Obsah
Popis	MOPED umožňuje objevy prostřednictvím důsledně zpracovávaných multiemických dat
Kontakt
Výzkumné centrum	Dětský výzkumný ústav v Seattlu
Autoři	Roger Higdon
Primární citace	Higdon R, et al.
Datum vydání	2012
Přístup
webová stránka	MOPED

The Databáze výrazů pro profilování více Omics (MOPED) je rozšiřující se multi-omics zdroj, který podporuje rychlé procházení transkriptomika a proteomika informace z veřejně dostupných studií o EU modelové organismy a lidé.^[2]

Prostředí pro systematický výzkum proteinů

MOPED je navržen tak, aby zjednodušil srovnání a sdílení dat pro větší výzkumnou komunitu. MOPED využívá standardizovaný analytický kanál SPIRE^[3] jedinečným způsobem poskytnout údaje o absolutní a relativní expresi na úrovni proteinu, možnosti metaanalýzy a kvantitativní data. Zpracovaná data transkriptomiky relativní exprese byla získána z Gene Expression Omnibus (GEO). Data lze vyhledávat u konkrétních proteinů a genů, procházet je na základě organismu, tkáně, lokalizace a stavu a třídit je podle falešného objevu a exprese. MOPED umožňuje uživatelům vizualizovat jejich vlastní výrazová data a porovnávat je s existujícími studiemi. Dále MOPED odkazuje na různé databáze proteinů a metabolických cest, včetně GeneCards, Panther, Entrez, UniProt, KEGG, SEED a Reactome. Identifikátory proteinů a genů jsou integrovány z GeneCards (s křížovým odkazem na MOPED), Genbank, RefSeq, UniProt, WormBase a Saccharomyces Genome Database (SGD). Aktuální verze MOPEDu (MOPED 2.5, 2014) obsahuje přibližně 5 milionů celkových záznamů včetně ~ 260 experimentů a ~ 390 podmínek. MOPED je vyvíjen a podporován týmem Kolker na adrese Dětský výzkumný ústav v Seattlu.

Databáze modelové exprese proteinů v organismu

MOPED byl dříve známý jako Model Organism Protein Expression Database, než změnil svůj název na Multi-Omics Profiling Expression Database.

Reference

^ Higdon R; Stewart E; Stanberry L; Haynes W; Choiniere J; Montague E; Anderson N; Yandl Y; Janko I; Broomall W; Fishilevich S; Lancet D; Kolker N; Eugene Kolker. (Leden 2014). „MOPED umožňuje objevy prostřednictvím důsledně zpracovávaných proteomických dat“. J Proteome Res. 13 (1): 107–113. doi:10.1021 / pr400884c. PMC 4039175. PMID 24350770.
^ Kolker E, Higdon R, Haynes W, Welch D, Broomall W, Lancet D, Stanberry L, Kolker N (leden 2012). „MOPED: Model Organism Protein Expression Database“. Nucleic Acids Res. 40 (Problém s databází): D1093–9. doi:10.1093 / nar / gkr1177. PMC 3245040. PMID 22139914.
^ Kolker E, Higdon R, Morgan P, Sedensky M, Welch D, Bauman A, Stewart E, Haynes W, Broomall W, Kolker N (prosinec 2011). "SPIRE: Systematické výzkumné prostředí pro bílkoviny". J. Proteomika. 75 (1): 122–6. doi:10.1016 / j.jprot.2011.05.009. PMID 21609792.

Další čtení

Stelzer G, Dalah I, Stein TI, Satanower Y, Rosen N, Nativ N, Oz-Levi D, Olender T, Belinky F, Bahir I, Krug H, Perco P, Mayer B, Kolker E, Safran M, Lancet D ( Října 2011). „Lidská genomika in-silico s genovými kartami“. Hučení. Genomika. 5 (6): 709–17. doi:10.1186/1479-7364-5-6-709. PMC 3525253. PMID 22155609.

[pmid24350770-1] Higdon R; Stewart E; Stanberry L; Haynes W; Choiniere J; Montague E; Anderson N; Yandl Y; Janko I; Broomall W; Fishilevich S; Lancet D; Kolker N; Eugene Kolker. (Leden 2014). „MOPED umožňuje objevy prostřednictvím důsledně zpracovávaných proteomických dat“. J Proteome Res. 13 (1): 107–113. doi:10.1021 / pr400884c. PMC 4039175. PMID 24350770.

[2] Kolker E, Higdon R, Haynes W, Welch D, Broomall W, Lancet D, Stanberry L, Kolker N (leden 2012). „MOPED: Model Organism Protein Expression Database“. Nucleic Acids Res. 40 (Problém s databází): D1093–9. doi:10.1093 / nar / gkr1177. PMC 3245040. PMID 22139914.

[3] Kolker E, Higdon R, Morgan P, Sedensky M, Welch D, Bauman A, Stewart E, Haynes W, Broomall W, Kolker N (prosinec 2011). "SPIRE: Systematické výzkumné prostředí pro bílkoviny". J. Proteomika. 75 (1): 122–6. doi:10.1016 / j.jprot.2011.05.009. PMID 21609792.

[1]

[2]

[3]