Prostředí pro systematický výzkum proteinů - Systematic Protein Investigative Research Environment
| Obsah | |
|---|---|
| Popis | nástroj pro analýzu proteomiky na bázi webové hmotnostní spektrometrie (MS) |
| Kontakt | |
| Výzkumné centrum | Dětský výzkumný ústav v Seattlu |
| Laboratoř | Laboratoř bioinformatiky a vysoce výkonné analýzy |
| Autoři | Eugene Kolker |
| Primární citace | Kolker, et al.[1] |
| Datum vydání | 2011 |
| Přístup | |
| webová stránka | SPIRE |
Prostředí pro systematický výzkum proteinů (SPIRE) poskytuje webové experimenty specifické hmotnostní spektrometrie (SLEČNA) proteomika analýza za účelem identifikace proteinů a peptidů a analýza exprese a relativní exprese bez označení. SPIRE poskytuje webové rozhraní a generuje výsledky v interaktivních i jednoduchých datových formátech.
Metodologie
Spireovy analýzy jsou založeny na experimentálním designu, který generuje míra falešných objevů a místní míry falešných objevů (FDR, LFDR) a integrují metody open-source vyhledávání a analýzy dat. Kombinováním X! Tandem, OMSSA a SpectraST SPIRE může produkovat zvýšení ID proteinů (50-90%) oproti současným kombinacím skórování a jednotlivých vyhledávačů a zároveň poskytuje přesný mnohostranný odhad chyb. SPIRE kombinuje své výsledky analýzy s údaji o proteinové funkci, drahách a expresi proteinu z modelových organismů.
Integrace s dalšími informacemi
SPIRE také spojuje výsledky s veřejně dostupnými proteomickými daty prostřednictvím svého Databáze výrazů pro profilování více Omics (MOPED). SPIRE může poskytnout analýzu a anotaci pro ID proteinu dodaného uživatelem a data exprese. Uživatelé mohou do datových souborů nahrávat data (odpovídajícím způsobem standardizovaná) nebo zasílat poštu.
Reference
- ^ Kolker E, Higdon R, Morgan P, Sedensky M, Welch D, Bauman A, Stewart E, Haynes W, Broomall W, Kolker N (prosinec 2011). "SPIRE: Systematické výzkumné prostředí pro bílkoviny". J. Proteomika. 75 (1): 122–6. doi:10.1016 / j.jprot.2011.05.009. PMID 21609792.
Další čtení
- Stelzer G, Dalah I, Stein TI, Satanower Y, Rosen N, Nativ N, Oz-Levi D, Olender T, Belinky F, Bahir I, Krug H, Perco P, Mayer B, Kolker E, Safran M, Lancet D ( Října 2011). „Lidská genomika in-silico s genovými kartami“. Hučení. Genomika. 5 (6): 709–17. doi:10.1186/1479-7364-5-6-709. PMC 3525253. PMID 22155609.
- Kolker E, Higdon R, Haynes W, Welch D, Broomall W, Lancet D, Stanberry L, Kolker N (leden 2012). „MOPED: Model Organism Protein Expression Database“. Nucleic Acids Res. 40 (Problém s databází): D1093–9. doi:10.1093 / nar / gkr1177. PMC 3245040. PMID 22139914.