Metavirus - Metavirus - Wikipedia

Metavirus
Klasifikace virů E
(bez hodnocení):Virus
Oblast:Riboviria
Království:Pararnavirae
Kmen:Artverviricota
Třída:Revtraviricetes
Objednat:Ortervirales
Rodina:Metaviridae
Rod:Metavirus

Metavirus je rod viry v rodině Metaviridae. Oni jsou retrotranspozony které napadají eukaryotický hostitelský genom a mohou se replikovat pouze poté, co virus infikoval hostitele.[1] Tyto genetické prvky existují k infikování a replikaci ve svém hostitelském genomu a jsou odvozeny z předků, které nesouvisejí s jejich hostitelem. Metavirus může k přenosu používat několik různých hostitelů a bylo zjištěno, že je přenosný vajíčkem a pylem některých rostlin.[2]

Metavirus obsahuje pět rodin Ty3 / Gypsy prvek s jedním nebo dvěma otevřené čtecí rámce; tyto rodiny jsou mdg1, mdg3, blastopie, 412, a Micropia.[3] Každá z pěti rodin obsahuje jeden nebo dva otevřené rámce pro čtení, gag3 a / nebo pol3.[4] Existují důkazy na podporu toho, že deprivace aminokyselin v genomu hostitelského elementu často způsobila posun rámců směrem k Ty3 živel.[5] Metavirus odpovídá Ogre / Tat genová linie.[6]

Morfologie

Druhy Metavirus jsou jednovláknové RNA retrotranspozony. Mají ikosaedrální a lineární konformaci a nejsou uzavřeny v obálce.[7] Jejich průměr je přibližně 50 nm a obvykle mají délku 42 až 52 nm.[7] Tyto genetické prvky obsahují jádro a kapsidu.

Druh

Jsou uznávány následující druhy:[8]

Vývoj

Kvůli jejich vysoké rychlosti mutací a rekombinací a jejich schopnosti chování horizontální přenos genů, evoluční historie mnoha retroelementů může být obtížné dohledat (Benachenhou et al., 2013).[9] Vědci se často dívají na genomy Metavirus srovnávat sekvence nukleových kyselin se sekvencemi jiných virů, konstruovat linie a navrhovat společné předky.

Několik taxonů Metavirus mají genomovou sekvenci, která je homologní s jinými rody Metaviridae a naznačuje společný předek a / nebo koevoluci.[10] Vědci často hledají důkaz kapsidových proteinů Metavirus vývoj.[11] Hodně z rodu Metavirus zůstává nevyřešen a je v současné době zkoumán.

Studie

Mascagni a kol. (2017) provedli výzkum za účelem nalezení homologů a identifikace pramenů u slunečnicových druhů. V experimentu byla DNA extrahována z různých helianthus Druhy a genomy retrotranspozonů byly identifikovány pomocí BLASTX analýza. Fylogenetické stromy byly konstruovány metodou shlukování sousedních spojů a byl vytvořen bioinformatický kanál umožňující genomickou analýzu. Dva prvky, TAK URČITĚ a Vrtulník, byly identifikovány a umístěny do Cikán a Copia superrodiny, resp.[12] To znamená, že TAK URČITĚ prvek patří do Cikán skupina, z Ogre / Tat linie rodu Metavirus.[12] Další analýza vedla Mascagni et al. (2017) k identifikaci mutací a k závěru, že Metavirus linie se vyvinula dříve Sirevirus. Mascagni a kol. (2017) také našli důkazy, že TAK URČITĚ prvky a Vrtulník prvky hybridizovaly, potenciál pro nové linie.

Nefedova a Kim (2009), provedli studii o Drosophila melanogaster dále identifikovat linie rodu Metavirus. Homology byly identifikovány z dříve extrahované DNA retrotranspozonů a Drosophila melanogaster a byly postaveny fylogenetické stromy.[13] Metaviry mají env gen, což jim umožňuje být infekční, což Nefedova a Kim (2009) dospěli k závěru, že byly získány z horizontálního přenosu genů z bakulovirů.[13] Metavirus obsahuje roo prvek, o kterém se předpokládá, že byl získán přenosem genu z Errantivirus, nebo více pravděpodobné, dva rody sdílejí a společný předek.[13]

Reference

  1. ^ Siebert, C (2006). „Neinteligentní design“ (PDF). Objevit.
  2. ^ Singh, R; Finnie, R (září 1973). „Přenos semen bramborové vřetenové hlízy Metavirus vajíčkem Scopolia sinensis“. Kanadský časopis o chorobách rostlin. 53: 153–154.
  3. ^ Nefedova, Lidia; Kim, Alexander. „Mechanismy transpozice LTR-retroelementů: Poučení z Drosophilia melanogaster“. Viry. 9: 1–10.
  4. ^ Levy, Camille; et al. (2013). „Vakcína podobná virům vyvolává zkříženou ochranu proti lidským metapneumovirovým infekcím u myší“. Vakcína. 31 (25): 2778–2785. doi:10.1016 / j.vakcina.2013.03.051. PMID  23583815.
  5. ^ Turkel, Sezai (červen 2016). "Aminokyselinové hladovění zvyšuje naprogramovaný ribozomální posun rámu u metaviru Ty3 Saccharomyces cerevisiae". Pokroky v biologii. 2016: 1–6. doi:10.1155/2016/1840782.
  6. ^ Neumann, P; Pozařková, D; Macas, J (2003). "Vysoce hojný hrachový LTR retrotransposon Ogre je konstitutivně transkribován a částečně sestříhán". Molekulární biologie rostlin. 53 (3): 399–410. doi:10.1023 / B: PLAN.0000006945.77043.ce. PMID  14750527.
  7. ^ A b Menees, Thomas (2018). Springerův index virů. Springer Nature. str. 843–849.
  8. ^ „Virus Taxonomy: 2019 Release“. talk.ictvonline.org. Mezinárodní výbor pro taxonomii virů. Citováno 30. dubna 2020.
  9. ^ Benachenhou, Farid; Sperber, Göran O .; Bongcam-Rudloff, Erik; Andersson, Göran; Boeke, Jef D .; Blomberg, Jonas (2013). "Zachovaná struktura a odvozená evoluční historie dlouhých terminálních opakování (LTR)". Mobilní DNA. 4 (1): 5. doi:10.1186/1759-8753-4-5. PMC  3601003. PMID  23369192.
  10. ^ Koonin, M; Dolja, V; Krupovic, M (2015). „Počátky a vývoj virů eukaryot: nejvyšší modularita“. Virologie. doi:10.1016 / j.virol.2015.02.039.
  11. ^ Gong, Z; Han, G (2018). „Retroprvky hmyzu poskytují nové poznatky o původu virů hepatitidy B“. Molekulární biologie a evoluce. 35 (9): 2254–2259. doi:10.1093 / molbev / msy129. PMID  29924338.
  12. ^ A b Mascagni, Farid (2017). „Různé historie dvou vysoce variabilních retrotranspozonů LTR u druhů slunečnice“ (PDF). Gen. 634: 5–14. doi:10.1016 / j.gene.2017.08.014. hdl:11568/885451. PMID  28867564.
  13. ^ A b C Nefedove, L (2009). "Molekulární fylogeneze a systematika drosophila retrotranspozonů a retrovirů". Molekulární biologie. 43 (5): 747–756. doi:10.1134 / S0026893309050069.

externí odkazy