Manolis Kellis - Manolis Kellis
Manolis Kellis | |
---|---|
Manolis Kellis na Americká společnost lidské genetiky (ASHG) setkání v Orlandu na Floridě 19. října 2017 | |
narozený | 13. března 1977 |
Alma mater | Massachusetts Institute of Technology (PhD) |
Známý jako | ZAKÓDOVAT |
Ocenění | |
Vědecká kariéra | |
Pole | |
Teze | Výpočetní komparativní genomika: geny, regulace, evoluce. (2003) |
Doktorský poradce | |
webová stránka | compbio |
Manolis Kellis (narozen 1977, řecký: Μανώλης Καμβυσέλλης) je profesorem Počítačová věda na Massachusetts Institute of Technology (MIT) v oblasti Výpočetní biologie a člen Široký institut MIT a Harvard.[3] Je vedoucím skupiny výpočetní biologie na MIT[4] a je hlavním vyšetřovatelem v Laboratoř informatiky a umělé inteligence (CSAIL) ve společnosti MIT.[5]
Kellis je známý svými příspěvky k genomika, lidská genetika, epigenomika, genová regulace, a evoluce genomu. Vedl NIH Plán epigenomiky plánu[6] snaha o vytvoření komplexní mapy lidského epigenomu,[7][8][9] srovnávací analýza 29 savců k vytvoření komplexní mapy konzervovaných prvků v lidském genomu,[10][11] the ZAKÓDOVAT, GENCODE a projekty modENCODE charakterizující geny, nekódující prvky a obvody lidského genomu a modelové organismy.[12][13][14] Hlavní náplní jeho práce je porozumění účinkům genetických variací na lidské nemoci,[15] s přispěním k obezitě,[16][17][18] cukrovka,[19] Alzheimerova choroba,[20][21][22] schizofrenie,[23] a rakovina.[24]
Vzdělání a časná kariéra
Kellis se narodil v Řecku, přestěhoval se s rodinou do Francie, když mu bylo 12 let, a do USA přišel v roce 1993.[25] Získal svůj PhD z MIT, kde pracoval Eric Lander, zakládající ředitel Broad Institute, a Bonnie Berger, profesor na MIT[26] a získal cenu Sprowls za nejlepší doktorskou práci v oboru výpočetní techniky,[27] a první pařížské stipendium na Kanellakis.[28] Před výpočetní biologií pracoval na umělé inteligenci, rozpoznávání skic a obrazů, robotice a výpočetní geometrii na MIT a na Výzkumné centrum Xerox Palo Alto.[26]
Výzkum a kariéra
Od července 2018 je Manolis Kellis autorem 187 publikací v časopisech[29] které byly citovány 68 380krát.[1] Pomohl řídit několik velkých genomických projektů, včetně projektu Roadmap Epigenomics,[30][7] the Encyklopedie prvků DNA Projekt (ENCODE),[31] projekt Genotype Tissue-Expression (GTEx).[15]
Srovnávací genomika
Kellis začal srovnávat genomy kvasinkových druhů jako postgraduální student MIT. V rámci této práce, která byla publikována v Příroda v roce 2003,[32] vyvinul výpočetní metody k určení vzorů podobnosti a rozdílu mezi blízce příbuznými genomy. Cílem bylo vyvinout metody pro porozumění genomům za účelem jejich aplikace na lidský genom.
Obrátil se z kvasinek na mouchy a nakonec na savce, přičemž porovnával více druhů, aby prozkoumal geny, jejich kontrolní prvky a jejich deregulaci u lidských nemocí.[33] Kellis vedl několik srovnávacích genomických projektů u lidí,[33] savci,[34][10] mouchy,[35][36] a droždí.[37]
Epigenomika
Kellis spolu vedl vládou financovaný projekt NIH ke katalogizaci lidského epigenomu. Řekl to během rozhovoru s MIT Technology Review[33] "Pokud je genom knihou života, je epigenom úplnou sadou poznámek a záložek."[33] Jeho laboratoř nyní používá tuto mapu k dalšímu pochopení základních procesů a nemocí u lidí.
Obezita
Kellis a kolegové pomocí epigenomických dat zkoumali mechanický základ nejsilnější genetické asociace s obezitou.[16] Ukázali, že tento mechanismus funguje v tukových buňkách lidí i myší, a podrobně popsali, jak změny v příslušných genomových oblastech způsobují posun od rozptylování energie jako tepla (termogeneze ) k ukládání energie jako tuku.[18] Úplné pochopení tohoto jevu může vést k léčbě lidí, jejichž „pomalý metabolismus“ způsobuje nadměrné přibývání na váze.[17]
Alzheimerova choroba
Kellis, Li-Huei Tsai a další na MIT použili epigenomické značení v lidských a myších mozcích ke studiu mechanismů vedoucích k Alzheimerova choroba Nemoc.[20] Ukázali, že aktivace a zánět imunitních buněk, které jsou již dlouho spojeny se stavem, nejsou pouze výsledkem neurodegenerace, jak tvrdí někteří vědci. U myší, které byly vyvinuty tak, aby vyvinuly příznaky podobné Alzheimerově chorobě, zjistili, že imunitní buňky se začínají měnit ještě před pozorováním nervových změn[21]
Exprese genotypové tkáně (GTEx)
Kellis je členem projektu Genotype-Tissue Expression (GTEx), jehož cílem je objasnit základ predispozice k onemocnění. Jedná se o projekt sponzorovaný NIH, který se snaží charakterizovat genetické variace v lidských tkáních s rolemi při cukrovce, srdečních onemocněních a rakovině.[15]
K dnešnímu dni jeho laboratoř vyvinula specifické odborné znalosti v oblasti obezity,[17] cukrovka,[19] Alzheimerova choroba,[20] schizofrenie,[23] a rakovina.[24]
Výuka
Kromě svého výzkumu, Kellis několik let spoluučil MIT požadovaný úvodní vysokoškolský titul algoritmus kurzy 6.006: Úvod do algoritmů a 6.046: Návrh a analýza algoritmů[38][39] s prof. Ron Rivest, Erik Demaine, Piotr Indyk, Srinivas Devadas a další.
Učí také a výpočetní biologie kurz na MIT s názvem „Výpočetní biologie: Genomy, sítě, evoluce“.[40] Kurz (6,047 / 6,878) je zaměřen na pokročilé vysokoškoláky a studenty raného postgraduálního studia, kteří se snaží naučit základy algoritmické a strojové výuky výpočetní biologie a být také vystaveni současným hranicím výzkumu, aby se stali aktivními praktiky v oboru.[41] Začal 6.881: Computational Personal Genomics: Making sense of complete genomes.[42] Tento kurz je zaměřen na prozkoumání výpočetních výzev spojených s interpretací toho, jak rozdíly v sekvenci mezi jednotlivci vedou k fenotypovým rozdílům, jako je genová exprese, predispozice k onemocnění nebo reakce na léčbu.[43]
Ceny a vyznamenání
Kellis přijal USA Ocenění Presidential Early Career Award pro vědce a inženýry (PECASE),[44] the Ocenění CAREER National Science Foundation,[45] A Společenstvo pro výzkum Sloan,[46] the Gregor Mendel Medaile za mimořádné úspěchy ve vědě Mendelovy přednášky výbor, cena Niki za aténské informační technologie (AIT) za vědu a inženýrství,[47] cenu Ruth and Joel Spira Teaching Award,[48] a cena George M. Sprowlse za nejlepší Ph.D. diplomová práce z informatiky na MIT.[27] Byl jmenován jedním z Top 35 inovátorů do 35 let společnosti Technology Review za výzkum komparativní genomiky[49]
Vystoupení v médiích
- Dekódování genomické revoluce, TEDx Cambridge, 2013 „MIT Computational Biolog Manolis Kellis nám umožňuje nahlédnout do budoucnosti návštěvy ordinace lékaře a pomocí vlastních genetických mutací ukazuje, jak revoluce v genomice odkrývá léčbu, která by mohla transformovat medicínu, jak ji známe“[50]
- Regulační genomika a epigenomika komplexních nemocí, Welcome Trust, 2014 “Manolis Kellis, Massachusetts Institute of Technology, USA, přednáší jednu z hlavních přednášek na Epigenomice běžných nemocí (28. – 31. Října 2014), kterou pořádá Wellcome Genome Campus Tým pokročilých kurzů a vědeckých konferencí v Churchill College, Cambridge[51]
- Manolis Kellis Reddit Zeptejte se mě na cokoli (AMA) Série Reddit Science AMA: „Jsem Manolis Kellis, profesor výpočetní techniky na MIT, který studuje lidský genom, aby se dozvěděl o příčinách obezity, Alzheimerovy choroby, rakoviny a dalších stavů. lidské zdraví".
Reference
- ^ A b Manolis Kellis publikace indexované podle Google Scholar
- ^ Kamvysselis, Manolis (2003). Výpočetní komparativní genomika: geny, regulace, evoluce (Disertační práce). MIT. hdl:1721.1/7999. OCLC 53277177.
- ^ „Manolis Kellis | MIT CSAIL“. www.csail.mit.edu. Citováno 2018-07-19.
- ^ „MIT Computational Biology Group“. Vedoucí laboratoře skupiny výpočetní biologie MIT. Citováno 2018-07-19.
- ^ Kellis, Manolis. "Lidé | MIT CSAIL". www.csail.mit.edu. Citováno 2018-07-19.
- ^ „Project Epigenomics Project - Home“. www.roadmapepigenomics.org. Citováno 2018-07-24.
- ^ A b Kundaje, Anshul; Meuleman, Wouter; Ernst, Jason; Bilenky, Misha; Yen, Angela; Heravi-Moussavi, Alireza; Kheradpour, Pouya; Zhang, Zhizhuo; Kellis, Manolis (2015). „Integrativní analýza 111 referenčních lidských epigenomů“. Příroda. 518 (7539): 317–330. Bibcode:2015Natur.518..317.. doi:10.1038 / příroda14248. ISSN 0028-0836. PMC 4530010. PMID 25693563.
- ^ „Vědci generují referenční mapu lidského epigenomu“. Zprávy MIT. Citováno 2018-07-18.
- ^ „Vědci generují referenční mapu lidského epigenomu“. Zprávy MIT. Citováno 2018-07-19.
- ^ A b Lindblad-Toh, Kerstin; Garber, Manuel; Zuk, nebo; Lin, Michael F .; Parker, Brian J .; Washietl, Stefan; Kheradpour, Pouya; Ernst, Jason; Kellis, Manolis (2011). „Mapa lidského evolučního omezení s vysokým rozlišením využívající 29 savců“. Příroda. 478 (7370): 476–482. Bibcode:2011Natur.478..476.. doi:10.1038 / příroda10530. ISSN 0028-0836. PMC 3207357. PMID 21993624.
- ^ „Analýza 29 savců odhalila genomickou„ temnou hmotu'". Zprávy MIT. Citováno 2018-07-21.
- ^ Kellis, Manolis; Wold, Barbara; Snyder, Michael P .; Bernstein, Bradley E .; Kundaje, Anshul; Marinov, Georgi K .; Ward, Lucas D .; Birney, Ewan; Crawford, Gregory E. (2014-04-29). „Definování funkčních prvků DNA v lidském genomu“. Sborník Národní akademie věd. 111 (17): 6131–6138. Bibcode:2014PNAS..111.6131K. doi:10.1073 / pnas.1318948111. ISSN 0027-8424. PMC 4035993. PMID 24753594.
- ^ Ernst, Jason; Kheradpour, Pouya; Mikkelsen, Tarjei S .; Shoresh, Noam; Ward, Lucas D .; Epstein, Charles B .; Zhang, Xiaolan; Wang, Li; Issner, Robbyn (2011-03-23). "Mapování a analýza dynamiky stavu chromatinu u devíti typů lidských buněk". Příroda. 473 (7345): 43–49. Bibcode:Natur.473 ... 43E. 2011. doi:10.1038 / nature09906. ISSN 0028-0836. PMC 3088773. PMID 21441907.
- ^ Konsorcium, ModENCODE; Roy, Sushmita; Ernst, Jason; Kharchenko, Peter V .; Kheradpour, Pouya; Negre, Nicolas; Eaton, Matthew L .; Landolin, Jane M .; Bristow, Christopher A. (2010-12-24). "Identifikace funkčních prvků a regulačních obvodů pomocí Drosophila modENCODE". Věda. 330 (6012): 1787–1797. Bibcode:2010Sci ... 330.1787R. doi:10.1126 / science.1198374. ISSN 0036-8075. PMC 3192495. PMID 21177974.
- ^ A b C „Kellis povede tým MIT v nové fázi projektu GTEx k objasnění základů predispozice k onemocnění“. Zprávy MIT. Citováno 2018-07-19.
- ^ A b "Identifikace genového přepínače, který zkazí tukové buňky". Věda | AAAS. 2015-08-19. Citováno 2018-07-19.
- ^ A b C „Gen pro spalování tuků může pomoci při hubnutí“. Čas. Citováno 2018-07-19.
- ^ A b Claussnitzer, Melina; Dankel, Simon N .; Kim, Kyoung-Han; Quon, Gerald; Meuleman, Wouter; Haugen, Christine; Glunk, Viktoria; Sousa, Isabel S .; Kellis, Manolis (03.09.2015). „Obvody s obezitou podle FTO a zhnědnutí tuků u lidí“. New England Journal of Medicine. 373 (10): 895–907. doi:10.1056 / nejmoa1502214. ISSN 0028-4793. PMC 4959911. PMID 26287746.
- ^ A b Onengut-Gumuscu, Suna; Chen, Wei-Min; Burren, Oliver; Cooper, Nick J; Quinlan, Aaron R; Mychaleckyj, Josyf C; Farber, Emily; Bonnie, Jessica K; Kellis, Manolis (03.03.2015). „Jemné mapování lokusů citlivosti na diabetes 1. typu a důkazy pro kolokaci kauzálních variant pomocí zesilovačů lymfoidních genů“. Genetika přírody. 47 (4): 381–386. doi:10,1038 / ng. 3245. ISSN 1061-4036. PMC 4380767. PMID 25751624.
- ^ A b C Gjoneska, Elizabeta; Pfenning, Andreas R .; Mathys, Hansruedi; Quon, Gerald; Kundaje, Anshul; Tsai, Li-Huei; Kellis, Manolis (2015). „Zachované epigenomické signály u myší a lidí odhalují imunitní základ Alzheimerovy choroby“. Příroda. 518 (7539): 365–369. Bibcode:2015 Natur.518..365G. doi:10.1038 / příroda14252. ISSN 0028-0836. PMC 4530583. PMID 25693568.
- ^ A b "Epigenomika progrese Alzheimerovy choroby". Zprávy MIT. Citováno 2018-07-19.
- ^ „Manolis Kellis - léčí Alzheimerův fond“. Vyléčit Alzheimerův fond. Citováno 2018-07-19.
- ^ A b Manolis, Kellis; Mark, Daly; Kevin, Eggan; Alkes, cena. „Grant NIH, síťová predikce a validace kauzálních genů a variant schizofrenie“. Grantome.
- ^ A b Hornshøj, Henrik; Nielsen, Morten Muhlig; Sinnott-Armstrong, Nicholas A .; Świtnicki, Michał P .; Juul, Malene; Madsen, Tobias; Sallari, Richard; Kellis, Manolis; Ørntoft, Torben (11.01.2018). „Screening rakoviny proti mutacím v nekódujících prvcích s konzervací a specifičností rakoviny odhaluje korelace s expresí a přežitím“. NPJ Genomic Medicine. 3 (1): 1. doi:10.1038 / s41525-017-0040-5. ISSN 2056-7944. PMC 5765157. PMID 29354286.
- ^ „Jak se dostat ke kořeni genetiky“. Zprávy MIT. Citováno 2018-07-19.
- ^ A b „Centrum pro výzkum genomu Manolisa Kellise MIT“ (PDF). Archivovány od originál (PDF) dne 22. 8. 2018. Citováno 2018-07-19.
- ^ A b "Všechny ceny | MIT CSAIL". csail.mit.edu. Citováno 2018-07-19.
- ^ "Společenstva Kanellakis | MIT EECS". www.eecs.mit.edu. Citováno 2018-07-19.
- ^ pubmeddev. „Manolis Kellis - PubMed - NCBI“. www.ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2018-07-19.
- ^ „Výzkumníci podporovaní NIH mapují epigenom více než 100 typů tkání a buněk“. Národní instituty zdraví (NIH). 2015-07-03. Citováno 2018-07-19.
- ^ Kellis, Manolis; Wold, Barbara; Snyder, Michael P .; Bernstein, Bradley E .; Kundaje, Anshul; Marinov, Georgi K .; Ward, Lucas D .; Birney, Ewan; Crawford, Gregory E. (2014-04-29). „Definování funkčních prvků DNA v lidském genomu“. Sborník Národní akademie věd Spojených států amerických. 111 (17): 6131–6138. Bibcode:2014PNAS..111.6131K. doi:10.1073 / pnas.1318948111. ISSN 0027-8424. PMC 4035993. PMID 24753594.
- ^ Kellis, Manolis; Patterson, Nick; Endrizzi, Matthew; Birren, Bruce; Lander, Eric S. (2003). "Sekvenování a srovnání druhů kvasinek za účelem identifikace genů a regulačních prvků". Příroda. 423 (6937): 241–254. Bibcode:2003 Natur.423..241K. doi:10.1038 / nature01644. ISSN 0028-0836. PMID 12748633. S2CID 1530261.
- ^ A b C d Schaffer, Amanda. „Anotace knihy života“. Recenze technologie MIT. Citováno 2018-07-19.
- ^ Xie, Xiaohui; Lu, červen; Kulbokas, E. J .; Golub, Todd R .; Mootha, Vamsi; Lindblad-Toh, Kerstin; Lander, Eric S .; Kellis, Manolis (2005-02-27). "Systematický objev regulačních motivů v lidských promotorech a 3 'UTRs porovnáním několika savců". Příroda. 434 (7031): 338–345. Bibcode:2005 Natur.434..338X. doi:10.1038 / nature03441. ISSN 0028-0836. PMC 2923337. PMID 15735639.
- ^ Lin, Michael F .; Carlson, Joseph W .; Crosby, Madeline A .; Matthews, Beverley B .; Yu, Charles; Park, Soo; Wan, Kenneth H .; Schroeder, Andrew J .; Kellis, Manolis (2007). „Přehodnocení katalogu genů kódujících bílkoviny Drosophila melanogaster pomocí 12 genomů mušek“. Výzkum genomu. 17 (12): 1823–1836. doi:10,1101 / gr. 6679507. ISSN 1088-9051. PMC 2099591. PMID 17989253.
- ^ Stark, Alexander; Lin, Michael F .; Kheradpour, Pouya; Pedersen, Jakob S .; Díly, Leopold; Carlson, Joseph W .; Crosby, Madeline A .; Rasmussen, Matthew D .; Kellis, Manolis (2007). „Objev funkčních prvků ve 12 genomech Drosophila pomocí evolučních podpisů“. Příroda. 450 (7167): 219–232. Bibcode:2007 Natur.450..219S. doi:10.1038 / nature06340. ISSN 0028-0836. PMC 2474711. PMID 17994088.
- ^ Kellis, Manolis; Birren, Bruce W .; Lander, Eric S. (03.03.2004). "Důkaz a evoluční analýza duplikace starověkého genomu v kvasinkách Saccharomyces cerevisiae". Příroda. 428 (6983): 617–624. Bibcode:2004 Natur.428..617K. doi:10.1038 / nature02424. ISSN 0028-0836. PMID 15004568. S2CID 4422074.
- ^ "6.006: Úvod do algoritmů - Massachusetts Institute of Technology". courses.csail.mit.edu. Citováno 2018-07-19.
- ^ „Domovská stránka třídy 6.046 / 18.410“. stellar.mit.edu. Citováno 2018-07-20.
- ^ „Domů třídy 6.047 / 6.878“. stellar.mit.edu. Citováno 2018-07-19.
- ^ „Výpočetní biologie“. MIT OpenCourseWare. Citováno 2018-07-19.
- ^ "6.881 Výpočetní osobní genomika: smysl pro úplné genomy | MIT EECS". www.eecs.mit.edu. Citováno 2018-07-19.
- ^ „Computational Personal Genomics: Making Sense of Complete Genomes“. MIT OpenCourseWare. Citováno 2018-07-19.
- ^ „Aaronson, Kellis příjemcem ceny PECASE 2010 | MIT EECS“. www.eecs.mit.edu. Citováno 2018-07-19.
- ^ „Hledání cen NSF: Cena # 0644282 - KARIÉRA: Srovnávací genomika a objev biologických signálů v lidském genomu“. www.nsf.gov. Citováno 2018-07-19.
- ^ „Členové nadace Sloan“. sloan.org. Citováno 2018-07-19.
- ^ „Kellis vyhrává cenu Niki | MIT CSAIL“. www.csail.mit.edu. Citováno 2018-07-19.
- ^ "MIT School of Engineering |» Teaching Awards ". Mit Engineering. Citováno 2018-07-19.
- ^ Recenze technologie MIT. „Inovátor do 35 let: Manolis Kellis, 29 let“. Recenze technologie MIT. Citováno 2018-07-19.
- ^ „Dekódování genomické revoluce | TEDxCambridge“. TEDxCambridge. Citováno 2018-07-19.
- ^ Wellcome Genome Campus Courses and Conferences (2016-02-25), Regulační genomika a epigenomika komplexních onemocnění - Manolis Kellis, vyvoláno 2018-07-19