METTL26 - METTL26
METTL26 | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Identifikátory | |||||||||||||||||||||||||
Aliasy | METTL26, C16orf13, JFP2, chromozom 16 otevřený čtecí rámec 13, methyltransferáza jako 26 | ||||||||||||||||||||||||
Externí ID | MGI: 1915597 HomoloGene: 16917 Genové karty: METTL26 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Ortology | |||||||||||||||||||||||||
Druh | Člověk | Myš | |||||||||||||||||||||||
Entrez | |||||||||||||||||||||||||
Ensembl |
| ||||||||||||||||||||||||
UniProt | |||||||||||||||||||||||||
RefSeq (mRNA) |
| ||||||||||||||||||||||||
RefSeq (protein) |
| ||||||||||||||||||||||||
Místo (UCSC) | Chr 16: 0,63 - 0,64 Mb | n / a | |||||||||||||||||||||||
PubMed Vyhledávání | [2] | [3] | |||||||||||||||||||||||
Wikidata | |||||||||||||||||||||||||
|
METTL26, dříve označeno C16orf13, je kódující protein gen pro Methyltransferase Like 26, také známý jako JFP2.[4] Ačkoli funkce tohoto genu není známa, různé údaje ukázaly, že je exprimován ve vysokých hladinách v různých rakovinných tkáních.[5][6] Nadměrná exprese tohoto genu byla také spojena s následky onemocnění u lidí.[7]
Gen

METTL26 se nachází na krátkém rameni chromozomu 16 u lidí, ve třináctém otevřený čtecí rámec.[8] Existuje pět variant transkriptu tohoto genu, pojmenovaných 1, 2, 3, 4 a 7. Nejdelší cDNA přepis (varianta přepisu 1) obsahuje 854 párů bází.[9] Tento přepis se skládá ze šesti exonů, z nichž všechny přispívají k hlavní nadrodině obsažené v proteinu, k nadčeleď methyltransferázy.[10] Primární transkript tohoto genu je dlouhý 1 919 párů bází.[11]
Distribuce druhů

Za použití Dotletový program, a tečkovaný graf byla vytvořena porovnáním lidského genu s jeho šimpanzím ortologem.
Graf ukazuje zachování sekvence na začátku a na konci genu, což naznačuje zachování a podobnost v 5 'a 3' nepřeložené regiony.
Tato sekvenční podobnost v 5 'UTR a 3' UTR nepřesahuje savčí druhy a nevykazuje téměř žádnou podobnost v Dot Plot lidského genu se vzdáleně příbuznými druhy, jako je například Xenopus tropicalis.
Zarovnání více sekvencí provedeno pomocí SDSC Biology Workbench [12] odhaluje malou sekvenční podobnost mezi druhy vzdáleněji příbuznými než primáti v upstream oblasti genu. Blízko začátku transkripčního místa v lidském genu C16orf13 existuje vysoká konzervace mezi primáty, u kterých byla k dispozici data z upstream, konkrétně ortology genů C16orf13 u člověka, orangutana a opice rhesus. Vysoká podobnost sekvencí mezi primáty je evidentní v celé promotorové oblasti, 5 'UTR a genu C16orf13.
Níže uvedený graf ukazuje vybrané genové ortology pro variantu 1 transkriptu C16orf13. Tato data jsou shromažďována z NCBI VÝBUCH.
Druh | Organismus Obecný název | Gen Obecný název | NCBI přístupové číslo | Sekvenční identita | Očekávaná hodnota | Sekvenční délka (bp) | Čas od rozchodu s lidmi, MYA (Data z TimeTree.org ) |
Homo sapiens | Člověk | C16orf13 | NM_032366.3 | 100% | 0 | 854 | 0 |
Pan troglodyty | Šimpanz | LOC467858 | NM_032366.3 | 98% | 0 | 784 | 6.4 |
Canis lupus familiaris | Pes | C6H16orf13 | XM_547214.3 | 88% | 0 | 865 | 94.4 |
Mus musculus | Myš | 0610011F06 Rik | NM_026686.2 | 86% | 0 | 825 | 92.4 |
Xenopus (Silurana) tropicalis | Západní drápá žába | c16orf13 | NM_001039734.1 | Hledání BLAST nenašlo žádnou významnou podobnost | Hledání BLAST nenašlo žádnou významnou podobnost | 993 | 371.2 |
Distribuce tkání
Profil lidského výrazu z NCBI UniGene naznačuje, že tento gen má rozšířenou expresi v mnoha různých tkáních v těle.[13] Tento profil exprese naznačuje, že tento gen je „udržovacím genem“, který má důležité účinky ve všech buňkách bez ohledu na tkáň. Nejvyšší úrovně exprese se jeví v nadledvinách, plicích a příštítných tělísek.[14] Kromě těchto nejvyšších tří existuje mnoho dalších míst, kde je gen exprimován ve vysokých úrovních. Zdá se, že neexistuje skutečná podobnost v několika tkáních, kde není gen exprimován. Zdá se, že tato data exprese neposkytují žádné vodítka ke specifické funkci, kromě toho, že naznačují, že gen je zapojen do funkce „úklidu“ téměř všech buněk.
Genové sousedství


Gen C16orf13 je lokalizován blízko konce chromozomu 16 a potenciálně podléhá delečním mutacím.
Okolní geny genu C16orf13 zahrnují hypotetický protein LOC100287175 a LOC100138285 vpravo a RAB40C a WFIKKN1 vlevo. Tento gen je umístěn na řetězci minus spolu s LOC100138285. Ostatní okolní geny jsou na kladném řetězci orientovány opačně. Genenové sousedství je znázorněno na níže uvedeném schématu, původně z NCBI Gene.
Protein
Protein, který tento gen kóduje, je známý jako UPF0585, kde UPF signalizuje neznámou funkci proteinu. Existuje pět izoforem tohoto proteinu, což odpovídá pěti sestřihovým variantám genu.[15] Izoformy jsou pojmenovány a, b, c, d a g[15] Jak bylo uvedeno výše, konzervativní doména detekovaná při BLAST hledání této aminokyselinové sekvence je a nadrodina methyltransferázy.
Zachování
Zarovnání více sekvencí provedeno pomocí proteinových nástrojů v SDSC Biology Workbench [12] odhaluje určitou podobnost sekvencí mezi vzdáleně příbuznými proteinovými ortology, již od archaeí, v oblasti známé kódování domény methyltransferázy. Část nadrodiny methyltransferázy proteinu se jeví mnohem konzervovanější mezi mnoha blízce příbuznými ortologickými proteiny v různých druzích druhů.
Distribuce druhů
C16orf13 má homology u mnoha druhů, včetně vzdálených ortologů u hub a rostlin.[16][17] O tomto proteinu nejsou známy žádné paralogy[18][19] Tento gen a jeho protein jsou velmi vysoce konzervované u primátů a savců, zejména ve funkční doméně methyltransferázy.
Níže uvedený graf ukazuje vybrané proteinové ortology pro variantu 1 transkriptu C16orf13. Tyto údaje jsou shromažďovány z NCBI VÝBUCH.
Druh | Organismus Obecný název | Běžný název bílkovin | NCBI přístupové číslo | Sekvenční identita | Očekávaná hodnota | Sekvenční délka (aa) | Čas od rozchodu s lidmi, MYA (Data z TimeTree.org ) |
Homo sapiens | Člověk | UPF0585, izoforma a | NP_115742.3 | 100% | 0 | 204 | 0 |
Pan troglodyty | Šimpanz | LOC467858 | XP_001154838.1 | 98% | 1E-150 | 204 | 6.4 |
Canis lupus familiaris | Pes | LOC490093 | XP_547214.3 | 91% | 4E-141 | 204 | 94.4 |
Mus musculus | Myš | 0610011F06 Rik | NP_080962.1 | 87% | 5E-134 | 204 | 92.4 |
Xenopus (Silurana) tropicalis | Západní drápá žába | UPF0585 protein C16orf13 homolog | NP_001034823.2 | 58% | 1E-82 | 203 | 371.2 |
Předpokládané vlastnosti

Sekundární strukturu proteinu lze předpovědět pomocí algoritmů k předpovědi výskytu alfa helixů a beta listů v proteinu. Analýza proteinové struktury byla provedena pomocí algoritmů CHOFAS, GOR4 a PELE v SDSC Biology Workbench.[20] Analýzy byly kombinovány a zahrnuty do sousedního diagramu. Byly zahrnuty pouze struktury, které se objevily ve více než jednom výstupu.
Interakce
Existuje několik známých interakcí pro tento protein. V databázi GeneCards nebyly nalezeny žádné interakce[8] nebo v databázi MINT.[21] Hledání STRING vedlo ke dvěma genovým výstupům.[22] Tyto dvě genové interakce však patří do kategorie důkazů o sousedství genů, což nutně nenaznačuje, že tyto geny interagují žádným smysluplným způsobem, nebo jsou dokonce exprimovány současně. V současné době neexistují žádné silné důkazy pro interakce s tímto proteinem.
Vazba nemoci
Údaje z experimentů s mikročipy spojily nadměrnou expresi tohoto genu s rakovinou v různých tkáních, zejména s rakovinou prsu a žaludku. Kromě toho je pod expresí tohoto genu také spojeno s onemocněním, zejména s onemocněním pojivové tkáně, poruchami výživy a metabolismu a poruchami trávení.[23] The canSAR Workbench databáze odhaluje data z mikročipu, která mohou spojovat nad nebo pod expresi genu C16orf13 s různými karcinomy [24]
Reference
- ^ A b C GRCh38: Vydání souboru 89: ENSG00000130731 - Ensembl, Květen 2017
- ^ „Human PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ „Myš PubMed Reference:“. Národní centrum pro biotechnologické informace, Americká národní lékařská knihovna.
- ^ "C16orf13 - protein UPF0585 C16orf13 - lidský protein (identifikátory)". Nextprot.org. Citováno 2012-05-18.
- ^ „Databáze rakoviny prsu“. Itb.cnr.it. Citováno 2012-05-18.
- ^ Oh JH, Yang JO, Hahn Y, Kim MR, Byun SS, Jeon YJ, Kim JM, Song KS, Noh SM, Kim S, Yoo HS, Kim YS, Kim NS (prosinec 2005). "Transkriptomová analýza lidské rakoviny žaludku". Mamm. Genom. 16 (12): 942–54. doi:10.1007 / s00335-005-0075-2. PMID 16341674. S2CID 69278.
- ^ "Atlas nemoci C16orf13". NextBio. Citováno 2012-05-18.
- ^ A b Databáze lidských genů GeneCards. "C16orf13 Gene - GeneCards | CP013 Protein | CP013 Antibody". Genové karty. Citováno 2012-05-18.
- ^ „Homo sapiens chromozom 16 otevřený čtecí rámec 13 (C16orf13), transkript - nukleotid - NCBI“. Ncbi.nlm.nih.gov. 04.04.2012. Citováno 2012-05-18.
- ^ „Homo sapiens chromozom 16 otevřený čtecí rámec 13 (C16orf13), transkript - nukleotid - NCBI“. Ncbi.nlm.nih.gov. 04.04.2012. Citováno 2012-05-18.
- ^ „Homo sapiens chromozome 16, GRCh37.p5 Primary Assembly - Nucleotide - NCBI“. Ncbi.nlm.nih.gov. 04.04.2012. Citováno 2012-05-18.
- ^ A b „SDSC Biology Workbench“. Workbench.sdsc.edu. Citováno 2012-05-18.
- ^ „Profil EST - Hs.239500“. Ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2012-05-18.
- ^ https://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/ESTProfileViewer.cgi?uglist=Hs.239500
- ^ A b „C16orf13 chromozom 16 otevřený čtecí rámec 13 [Homo sapiens] - gen - NCBI“. Ncbi.nlm.nih.gov. Citováno 2012-05-18.
- ^ Databáze lidských genů GeneCards. "C16orf13 Gene - GeneCards | CP013 Protein | CP013 Antibody". Genové karty. Citováno 2012-05-18.
- ^ „Prohlížeč genomu souboru 67: Homo sapiens - ortology - gen: C16orf13 (ENSG00000130731)“. Useast.ensembl.org. Citováno 2012-05-18.
- ^ Databáze lidských genů GeneCards. "C16orf13 Gene - GeneCards | CP013 Protein | CP013 Antibody". Genové karty. Citováno 2012-05-18.
- ^ „Prohlížeč genomu souboru 67: Homo sapiens - komparativní genomika - gen: C16orf13 (ENSG00000130731)“. Useast.ensembl.org. Citováno 2012-05-18.
- ^ Chou PY, Fasman GD (1978). Predikce sekundární struktury proteinů z jejich aminokyselinové sekvence. Adv. Enzymol. Relat. Oblasti Mol. Biol. Pokroky v enzymologii a souvisejících oblastech molekulární biologie. 47. str. 45–148. doi:10.1002 / 9780470122921.ch2. ISBN 9780470122921. PMID 364941.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ "Databáze HomoMINT". Mint.bio.uniroma2.it. Citováno 2012-05-18.[trvalý mrtvý odkaz ]
- ^ „STRING: funkční asociační sítě proteinů“. String-db.org. Citováno 2012-05-18.
- ^ http://www.nextbio.com/b/search/da/C16orf13?type=gene&id=74059&name=C16orf13&openCategory=146930
- ^ https://cansar.icr.ac.uk/cansar/index2.php?redirect=treport&redirect_value=Q96S19&focus=&context=&goto=&tab=target_report_expression#main_tab_holder:target_report_tab:target_report_expression