Motiv MAEB RNA - MAEB RNA motif

The Motiv MAEB RNA (Prvek spojený s metabolismem v Burkholderia RNA motiv) je konzervovaný kmenová smyčka RNA struktura přítomná v mnoha druzích rodu Burkholderia.^[1] Kmenové smyčky MAEB se obvykle vyskytují v blocích opakování, obvykle u 2–6 po sobě jdoucích případů kmenových smyček MAEB oddělených krátkou a konzervovanou linkerovou sekvencí. V jednom bloku bylo pozorováno až 12 po sobě následujících kmenových smyček MAEB.

Většina bloků MAEB je umístěna v předpokládaném 5 'UTR následných genů. Ze 141 bloků po sobě následujících kmenových smyček MAEB je 132 umístěno v možném 5 'UTR. Proto je pravděpodobné, že kmenové smyčky MAEB odpovídají a cis-regulační prvek. Bylo zjištěno, že geny zjevně regulované MAEB mají obecně roli v primárních metabolismus tj. syntéza, katabolismus nebo transport malých molekul; několik genů asociovaných s MAEB se účastní dalších funkcí, jako např signální transdukce, pohyblivost nebo replikace. Motiv je tedy spojen s metabolickou rolí a ve skutečnosti se slabým spojením s systém štěpení glycinem bylo pozorováno.

Byly vzaty v úvahu tři hypotézy o biologické roli MAEB. Jedním z nich je, že kmenová smyčka MAEB je opravdu DNA vazebná doména dimerní protein a že dvě podjednotky tohoto proteinu se vážou na protilehlá vlákna duplexní DNA. Nicméně dva nukleotidy v doplňkových pozicích na 5 'a 3' straně dříku jsou téměř vždy puriny. Pokud je motivem MAEB opravdu krátká doména vázající DNA a její reverzní komplement, pak by 3 'část zdánlivého kmene RNA v této poloze měla obsahovat komplementární pyrimidin, a také být purinem. Proto je nepravděpodobné, že by tato hypotéza byla pravdivá.

Druhá uvažovaná hypotéza je, že MAEB je a opakující se DNA sekvence. Ačkoli opakovaná povaha kmenových smyček MAEB podporuje tento druh role, asociace MAEB s metabolickými geny je nekonzistentní se známými opakujícími se prvky, které jsou obvykle výsledkem sobecké replikace nebo chyb v replikaci. Spíše opakující se povaha kmenových smyček MAEB má pravděpodobně funkční roli buňka.

Třetí pokročilá hypotéza spočívá v tom, že kmenové smyčky MAEB váží protein a mnohonásobný výskyt kmenových smyček MAEB v jedné molekule RNA by umožnil vazbu více proteinů na molekulu RNA. Takové uspořádání je podobné CsrB RNA, která obsahuje zhruba 18 vlásenek, z nichž každá váže jedno CsrA proteinová podjednotka. Skutečná funkce kmenových smyček MAEB zůstává neznámá.

Reference

Tento molekulární nebo buněčná biologie článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to.