LocDB - LocDB
 | |
|---|---|
| Obsah | |
| Popis | experimentální anotace lokalizace |
| Organismy | Homo sapiens Arabidopsis thaliana |
| Kontakt | |
| Výzkumné centrum | Columbia University |
| Laboratoř | Ústav biochemie a molekulární biofyziky |
| Autoři | Shruti Rastogi |
| Primární citace | Rastogi a spol. (2011)[1] |
| Datum vydání | 2010 |
| Přístup | |
| Datový formát | Databáze MySQL |
| webová stránka | http://www.rostlab.org/services/locDB |
| webová služba URL | http://www.rostlab.org/services/locDB/search.php |
| Smíšený | |
| Verze | Verze 1.0 |
LocDB[1] je odborně upravená databáze, která shromažďuje experimentální anotace pro subcelulární lokalizaci proteinů v Homo sapiens (člověk) a Arabidopsis thaliana (Plevel). Databáze také obsahuje předpovědi subcelulární lokalizace z řady nejmodernějších predikčních metod pro všechny proteiny s experimentálními informacemi.
Proteiny jsou základní funkční složky buněk. Jsou zodpovědní za transformaci genetické informace do fyzické reality. Tyto makromolekuly zprostředkovávají regulaci genů, enzymatickou katalýzu, buněčný metabolismus, replikaci DNA a transport živin, rozpoznávání a přenos signálů. Interpretace tohoto množství dat k objasnění funkce proteinů v postgenomické éře je zásadní výzvou. K dnešnímu dni i pro nejvíce studované organismy, jako jsou kvasinky, zůstává asi čtvrtina bílkovin necharakterizovaná. Hlavní překážkou při experimentálním určování funkce bílkovin je to, že studie vyžadují obrovské zdroje. Rozdíl mezi množstvím sekvencí uložených v databázích a experimentální charakterizací odpovídajících proteinů tedy stále roste. Bioinformatika hraje ústřední roli při překlenutí této mezery mezi sekvenční funkcí a vývojem nástrojů pro rychlejší a efektivnější predikci funkce bílkovin. Toto úložiště účinně vyplňuje mezeru mezi experimentálními anotacemi a předpovědi a poskytuje větší a spolehlivější datovou sadu pro testování nových metod predikce.[1]
Viz také
Reference
- ^ A b C Rastogi, Shruti; Rost Burkhard (leden 2011). "LocDB: experimentální anotace lokalizace pro Homo sapiens a Arabidopsis thaliana". Nucleic Acids Res. Anglie. 39 (Problém s databází): D230-4. doi:10.1093 / nar / gkq927. PMC 3013784. PMID 21071420.
 | Tento Biologická databáze související článek je a pahýl. Wikipedii můžete pomoci pomocí rozšiřovat to. |